可见，司马迁对其父的思想是继承的，是相通的。
    但是，如果仅仅认为，司马迁的思想是完全继承其父司马谈的思想，那么，他就不成其为一个伟大的史学家和思想家了，就谈不上是“成一家之言”。司马迁不仅继承了其父的思想，更是有所发展创新。司马迁撰史要“稽其成败兴坏之理”，以探求治道，并要“究天人之际，通古今之变，成一家之言”，就是对其父思想加以发展的突出标志。在这种思想指导下，司马迁用通变的眼光来看待历史、看待社会、看待人与人之间的一切关系。在不少方面，比其父司马谈要略高一筹。试再作一些对比分析：
    司马谈推崇道家，是全盘肯定，而司马迁在推崇的同时，指出道家代表人物老子的一些消极因素，如在《货殖列传》一开头就说：“《老子》曰：至治之极，邻国相望，鸡狗之声相闻，民各甘其食，美其服，安其俗，乐其业，至老死不相往来。必用此为务，輓近世馀民耳目，则几无行矣。“丝毫不隐饰老子思想中的消极一面，明白地予以指出，这比司马谈要辩证得多，大大前进了一步。
    司马谈推崇儒家，主要是推崇孔子作《春秋》，对孔子、先秦儒家思想并没有多少敬重之意，而对秦汉利禄之儒，也没有认识他们的庐山真面目。司马迁认真考察了儒家的创始、发展、演变的历史，对先秦孔子儒十分推崇，而对汉儒是持批判态度的。对孔子以及先秦儒的推崇，不少学者已在评论中论及。对秦汉儒，司马迁写他们为了追求利禄而驰鹜世俗。如“知六艺之归”的李斯、阿顺苟合；被封为博士的儒生叔孙通，“面谀得以亲贵”；白衣至三公的公孙弘，常“阿上意”，外宽内忌。这些儒生失去了先秦儒的真精神，司马迁对他们没有一个是给予充分肯定的。即使是他的老师董仲舒，司马迁也不愿为他立传；写《儒林列传》，并没有多少推崇之意。司马迁并不是如有些评论者所说的盲目崇儒，其是非分明，褒贬得当，亦比其父司马谈进了一步。
    司马迁看问题往往比其父深刻得多，能够看到问题的实质，抓住要害的东西。还是以写法家代表人物为例，对法家的作用，司马谈的看法是：“正君臣上下之分”、尊主卑臣，明分职不得相逾越；而司马迁肯定他们在治国中的重要作用。他写商鞅变法的结果是：“行之十年，秦民大悦，道不拾遗，山无盗贼，家给人足，民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治。”（《商君列传》），其作《商君列传》的用意是：“鞅去卫适秦，能明其术，强霸孝公，后世遵其法。”（《太史公自序》）他写吴起变法的结果是：“明法市令，捐不急之官，废公族疏远者，以抚养战斗之士，要在强兵，破驰说之言纵横者，于是南平北越，北并陈蔡，却三晋，西伐秦。诸侯患楚之强。”（《孙子吴起列传》）写作《吴起列传》的用意是：“非信廉仁勇不能传兵论剑，与道同符，内可以治身，外可以应变，君子比德焉。”（《太史公自序》）并不是如司马谈所说的“可以行一时之计，而不可长用也。”而是认为对于治国有着举足轻重的意义。对其后各家，司马迁也和其父一样，指出他们的长处，也批评他们的缺点。
    四、对历代评论的评论
    从以上的分析中看出，司马谈的思想经过演变发展，由原来的只推崇道家转而变为既推崇道家，又推崇儒家，但其思想根基还是道家的。司马迁继承其父思想，但有新的发展，对儒道两家亦有推崇亦有批评，其思想倾向和其父是基本一致的，是以道家思想为根基，以儒家思想为主干。因而完全可以说，司马迁父子思想是相通的，在相通中略有一些差异，是大同而小异。司马迁的思想是发展了的司马谈思想，并不存在着明显的差异或根本的不同。
    说司马迁父子思想是相通的，从司马迁父子论述各家思想的出发点来看，从他们对儒道各家的思想以及对各家代表人物的评价来看，从他们的理想、志趣、目标来看，都基本上是相通的。说他们相通中略有差异，这是因为他们所受的教育、所处的环境和所受的时代影响都有不同。司马谈卒于元封元年，而司马迁的一生几乎与汉武帝相终始，经历了其父没有经历的汉武帝时代的后二十多年。司马谈所处的汉武帝时代，正是汉帝国处于上升的权威时期；而司马迁却经历了一个时期的全过程，对世事的发展变化更有切身的体会，因而反映出思想上的差异。例如，司马谈临终嘱咐司马迁撰史，主要是记载汉兴以来的“贤主明君忠臣死义之士”；而司马迁在实际撰史中，不仅记载了这些人的正面事迹，更重要的是记载了这些人的种种不义行为，使这些人的种种丑恶嘴脸暴露无遗，更加深化了史书的主题，更加增加了史书的价值。
    基于以上分析，我们再来对历代对司马迁父子思想评论作一点分析。
    先说扬雄及班固父子对司马迁思想的评论，他们把司马谈的《论六家要指》中的片断加到司马迁的头上，分明是张冠李戴，难怪后来评论者纷纷出来辨析。此其一。其二，他们并没有全面系统地考察司马迁在《史记》中的思想观点，而是只凭《太史公自序》中所引用的一些言论就下结论，这种态度是轻率的，其结论也是站不住脚的。其三，这种批评主要根据司马谈的《论六家要指》，如果把这种评论套在司马谈头上，也是不正确的，是用静止的孤立的片面的观点来看问题的，而这种评论实际上是评论司马迁的，更是不符合司马迁的实际的。因此，对这种评论完全有辨正的必要。
    再看列代针对班固这种评论而提出截然相反的意见。首先，这些人认为，扬雄、班固的评论是张冠李戴，先黄老后六经，是其父司马谈的思想，指出这一点是很有必要的，不能把司马迁父子混为一谈。但是不作进一步的研究，其认识是很肤浅的。其二，几乎都一致认为，司马谈是崇道的，司马迁则是尊儒的，并列举了许多事实来说明，其实，《史记》是一部百科全书，随便要说明什么样的观点，从中都能找出论据来。可以这样说，司马谈并非是崇道抑儒，司马迁也不是崇儒抑道，两人的思想基本上是相通的，并不存在“先”与“后”“崇”与“薄”的问题。其三，这些人的辨正有不少仍然站在儒家正统立场上，崇尚儒学而非议道学，因而千方百计把司马迁提到儒家一边来，其出发点也是不可取的。