傅斯年在《史学方法导论》中说：“史料的发现，足以促成史学之进步，而史学之进步，最赖史料之增加。”认为史料的扩充是史学进步的重要条件。他在《旨趣》中就已指出：从司马迁到司马光，中国史学之所以不断进步，那是因为他们能够使用各种各样的材料，做到“地方上求材料，刻文上抄材料，档库中找材料，传说中辨材料。”“后来史学之所以不再进步，则是由于史料没有扩充，而要扩充史料，关键在于突破文献记载的藩篱，利用自然科学提供的工具，“整理一切可逢着的史料”。他说：“我们不是读书的人，我们只是上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西”，通过寻找史料为史学开辟进步的道路。傅斯年在《史学方法导论》中说：“我们要能得到前人得不到的史料，然后可以超越前人，我们要能使用新得材料于遗传材料上，然后可超越同见这材料的同时人。”最后强调“新材料的发现与应用，实是史学进步的最要条件。”
    傅斯年在《史学方法导论》中说：“史学的工作是整理史料，不是做艺术的建设，不是做疏通的事业，不是去扶持或推倒这个运动或那个主义。”如何整理史料，傅斯年早在《旨趣》中就进行了原则的概括，认为要让史料说话“一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货”，同时还指出：“材料之内，使它发见无遗，材料之外，我们一点也不越过去说。”他十分明确地表明，史学同现实是没有关系的。
    整理史料的基本方法则是比较的方法。傅斯年将王国维的二重证据法，“将地下纸上，打成一片”的主张，陈寅恪诗文证史的方法，胡适在《国学季刊发刊宣言》中提出的：“用比较的研究来帮助国学的材料的整理与解释”上升到理论的高度，在《史学方法导论》中进行了系统的阐发，他指出：“史学的方法是以科学的比较为手段，去处理不同的记载。”
    傅斯年科学的比较方法具体表现为八对性质不同的史料的对勘互证。
    （一）直接史料对间接史料。认为直接材料比较可信可靠，可以拿来补充或校正间接材料。但直接材料零碎散乱，必须靠间接材料“做个预备，做个轮廓，做个界落。”
    （二）官家的记载对民间的记载。二者皆有长处，官书记载有关年月、官职、地理的内容比较确实，私家记载能够说官书不能说的内幕。二者的短处表现为“官家的记载时而失之讳，……私家记载时而失之诬。”因此要取长补短。
    （三）本国的记载对外国的记载。研究边疆少数民族的历史，中外关系史都要利用外国的记载。
    （四）近人的著述对远人的著述。
    （五）经意的记载对不经意的记载。
    （六）本事对旁涉。
    （七）直说与隐喻。
    （八）口说的史料对著文的史料。
    在这种比较方法指导下，傅斯年取得了一系列史学成就，他比较金文、甲骨文与历史文献的不同记载，写出了著名的《性命古训辨证》，用私家记载与正史比较研究明成祖的身世，取得重要突破。
    四、史论、历史哲学、著史都是史学的有机组成部分，他们是不能脱离史学而独立存在的。傅斯年撇开史论、历史哲学、著史，仅从史料的角度谈论史学，这种认识存在明显的失误，并从而导致了他的史学思想与史学实践之间的矛盾。
    其一，傅斯年一方面坚持“史料”是“史学”的主体，另一面他又提出了把历史知识当做“人学”的主张。他在《闲谈历史教科书》中指出，历史课有助于“对于人类及人情之了解，把历史知识当作‘人学’。若能实现这个意思，历史当然不比动物学次要，人性是难于抽象解释的，尤其是人的团体行动。如果借历史说明生命界最近一段的进化论，当然与我们现在生活有关。”这里，傅斯年看到了历史包含了“人类”及“人性”的内容，无法用科学解释的一面。
    傅斯年将历史知识当做“人学”的主张有深刻的渊源。早在1919年他在《新潮》杂志上发表的《对于中国今日谈哲学者之感念》一文中就有明显的透露，他指出：“一切的科学都是应生物学上的自然要求而出，一切知识都是满足人生的手段，一切的行为都是发挥人生的动机。意机主义战胜智慧主义了，人性主义战胜自然主义了。”从此可以看出以研究人类的活动为己任的历史自然要以人生为前提。
    其二，傅斯年一方面极力主张建设客观的史学，另一方面又不否定客观历史及客观历史研究的主观性。傅斯年从精神活动的角度理解历史，认为：“所为历史者，不限一端，则以政治变迁，社会递嬗为主体，试为之解，则人类精神之动作，现于时间，出于记载为历史。”（《中国历史分期之研究》）把历史当成人类精神活动的过程，从这角度出发，傅斯年认为史学达到纯粹的客观是不可能的。另外，傅斯年还看到历史研究者的主体研究者的主观限制。他在《对于中国今日谈哲学者之感念》中指出：“我们是人，我们有人性，用人性去观察世界，所见的所得的自然免不了一层人性的采色，犹之乎戴上蓝眼睛看东西，没有一件不是蓝的，纯粹的客观是不可能的，因而‘唯一的客体’，‘唯一的真理’，‘绝对’等等名词，不成话说了。”在这种认识的基础上，傅斯年对史学的客观性采取存而不论的态度，他在《史料与史学》发刊词中说：“史学可为绝对客观者乎？此问题今姑不置答。”
    傅斯年对史学客观性存而不论的态度，使他一方面从理论上拒绝疏通，认为只要把材料整理好则事实自然显明。但在史学实践中，他并不拒绝疏通。这不仅表现在他的《论所谓五等爵》一文中，而且在他最得意的论著《性命古训辨证》中更不乏大量的疏通与推论。前者通过“分析与疏通”提出了“五名之称，缘自殷商，不可言周制”的结论。后者在中卷和下卷中表现得更为明显。正如劳干所说：“在中卷他推论殷周以来的宗教及哲理，对于‘上帝’观念的产生，及周初‘人道主义’的发现，俱有独到见解。”（《傅孟真先生年谱》）