傅斯年在史学研究中，特别强调研究的客观性，反对假设和推论史事，指出：“把设定当做证明，把设想当做设定，把远若无干的事变做近若有关，把事实惟允许决定的事付之聚讼，都不足以增进新知识，即不足以促成所关学科之发展。”（《〈城子崖〉序》）但在他实际的研究中，似乎深受胡适“大胆假设，小心求证”思想的影响。例如他在《夷夏东西说》中，首先提出中国在三代之前，政治文化的演进中，有东西两个系统，这两个系统互相对峙，互相争斗，在争斗中混合发展，有了这个假定之后，他用大量的资料加以证明，将假设变成了结论。
    其三，傅斯年一方面极力主张用科学的方法整理史料，另一方面又不反对采取艺术的手段著史。他在《闲谈历史教科书》中专门谈了历史教科书的写法。指出：“编写历史教科书，大体上等于修史，才、学、识三难皆在此需用，决不是随便的事。”并且他特别强调，教科书应该有很强的可读性，应尽量使之生动，“增加兴味”，“应该把‘故事’‘传记’的艺术作用，酌量引到教科书的正文中。”又说：“教科书本书总当是一部有形体，有神采，能激发人，能锻炼人的书。”要编成这样“活的教科书”，就必须“将散碎的事件，连贯起来。”“将民族中伟大人物的性格行事……选几个形容出来。”所有这一切，无一能够离开艺术的手法。
    科学思潮的冲击，兰克学派的影响，古史辨派的刺激，使傅斯年提出了“史学只是史料学”的口号，将“史论”“历史哲学”“著史”等排除出“史学”概念之外，仅从史料的角度强调“史学的对象是史料”“史学的进步有赖于史料的增加”“史学的工作是整理史料”，这种理论导致了傅斯年史学思想与史学实践疏离与矛盾，使它纠缠于“史料”与“人学”，“客观”与“主观”，“科学”与“艺术”的矛盾之中，傅斯年是无法摆脱这种困境的。