1926年冬，傅斯年回国。先返乡里省亲，随后即去广州中山大学任教授。他担任文学院院长，还兼任历史、国文两个系的系主任。同时还创办了一个语言历史研究所。
    1928年，中央研究院成立，傅斯年应聘任历史语言研究所所长。“他襄助院长蔡元培先生筹划院务。院内一切制度的确立，和各种方案的制订他都贡献了不少意见，后来中央研究院的发展扩充，他有很大的功劳。”
    傅斯年在历史语言研究所1928年年度报告书中说：“中央研究院设置之意义，本为发达近代科学，非为提倡所谓固有学术。故如以历史语言之学承固有之遗训，不欲新其工具，益其观念，以成与自然科学同列之事业，即不应于中央研究院设置历史语言研究所，使之与天文、地质、物理、化学等同伦。今者决意设置，正以自然科学看待历史语言之学。”又说：“此虽旧域，其命维新。材料与时增加，工具与时扩充，观点与时推进，近代欧洲之历史语言学，其受自然科学之刺激与补助，昭然若揭。以我国此项材料之富，欧洲人为之羡慕无似者，果能改从新路，将来发展，正未有艾。”
    歪打正着，傅斯年在欧洲广学自然科学且有“迷途不返”之势，到头来却为他回国后收拾旧业，为他在历史语言研究的理论和方法方面开扩了新道路。
    自此年（1928年）始，傅斯年任中央研究院历史语言研究所所长，一直到1950年去世。在大陆期间，他曾兼任许多职务，其中有：社会学研究所所长（1933年），中央博物院筹备主任（1933年），代中央研究院干事和总干事（1937年），北京大学代理校长（1945年秋）。1946年胡适由美回国，他才卸去代理北大校长职务。1947年6月， 赴美养病。1948年上半年当选为中央研究院院士。这年8月由美回国。冬天， 历史语言研究所迁台湾。1949年1月，就任台湾大学校长。1950年12月20 日晚11时20分，因脑溢血病逝，享年54岁。
    对傅斯年的一生，会有许多不同的评价。这且俟诸历史吧。我觉得胡适和他自己对他的本性和为人的评估，还是很透的。
    胡适之对傅斯年可以说是相知最深的人。他对傅斯年的品性和才能曾有如下一段评论，他说：“孟真（傅斯年的字）是人间最希有的天才。他的记忆力最强，理解力也最强。他能作最细密的绣花针工夫，他又有最有胆的大刀阔斧本领。他是最能做学问的学人，同时他又是最能办事，最有组织才干的天生领袖人物。他的情感是最有热力，往往带有爆炸性的；同时他又是最温柔、最富于理智、最有条理的一个可爱可亲的人。这都是人世最难得合并在一个人身上的才性，而我们的孟真确能一身兼有这些最难兼有的品性与才能。”（胡适为《傅孟真先生集》写的《序》）
    在这不到200字的一段话里，胡先生用了14 个“最”字来评述傅斯年的品性和才能。胡先生的话，准确而又全面地描绘出一个最稀有天才人物的最难兼有的品性和才能。
    人贵有自知之明，且看傅斯年对他自己的认识和估计。1942年12月，他于大病之后，回到李庄史语所后给胡适的信说：“病中想来，我之性格，虽有长有短，而实在是一个爱国之人，虽也不免好名，然比别人好名少多矣。心地十分淡泊，喜欢田园舒服。在太平之世，必可以学问见长。只是凡遇到公家之事，每每过量热心。此种热心，确出于至诚，而绝非有所为。遇急事胆子也大，非如我平常办事之小心。有时急的强聒不舍，简直是可笑。平日好读老庄，而行为如此。有此性情，故遇有感情冲动之事，心中过分紧张。这种感情冲动，私事甚少，而为公者极多。性情如此，故得此病，更不易治。此等性情，自天外人看来，未知还有趣否？但在中国确算比较少的了。近日又读庄子，竭力自己为自己想开，何必一人怀千古之忧，一身忧国家之难。读来读去，似乎有些进步，此窍还是半通不通的。古人有以天下事为己任之说，一个人如此想，多半是夸大狂，我向不以此言为然。但自己不自觉之间，常在多管闲事，真把别人的事弄成自己的事。此比有此意识者更坏事，以其更真也。我本以不满政治社会，又看不出好路线来之故，而思遁学问，偏不能忘此生民，于是在此门里门外跑来跑去，至于咆哮，出也出不远，进也住不久。此其所以一事无成也。今遭此病，事实上不能容我再这样，只好从此以著书为业。所可惜者，病中能著书几何，大是问题耳。但只要能拖着病而写书，其乐无穷。”
    遗憾的是，山难改，性难移。局势不静，他终难忘却国家。身心憔悴而逝。
    小处可以见大，更可看到一个人的品格。傅斯年的夫人俞大綵写有《忆孟真》一文，悼念傅先生。情真意切，反映傅斯年的品格。文长这里不引了。
    赘语
    傅斯年是我的老师，这老师还不是泛泛的老师而是恩师。1935年我北大毕业，他邀我去史语所，我没有去，而去日本读书。抗日战争爆发后，我编杂志，写社论，在机关里混。是他收留我到史语所，使我在社会上鬼混了几年之后，重新又走上做学问的道路。不然，真不知我今日能在何方。潦倒，悲伤，活得不像个人，也可能死掉了！
    我前面写了傅斯年，是实事求是的，不虚伪，不夸张，有什么是什么。他是个不世出的天才，他对中国古代史所提出的见解，都是有创始性、突破性的第一流的精辟见解。这不是我个人的看法，自知他最深的胡适之先生起，他的朋友，他的学生，大多持这一相同的意见。
    但就我所能看到的，傅斯年的学问、见解也不能说已完美无缺，问题还是有的。“吾爱吾师，吾尤爱真理”。我愿就我的学力所能达到的境地，对傅斯年先生的学问略提几点意见。
    一、傅斯年学业可分三大段，6岁到13岁， 在家乡读私塾和小学，晚上在家由祖父课读经籍，这是一段（1901-1908年）。14岁去天津入中学，24岁北京大学毕业，这是一段（1909-1919年）。在英、德留学为一段（1919-1926年）。