关于历史学是否“科学”，是当时史学界的争论热点之一。这次争论，也因对于“科学”这一概念的内涵理解不一而不了了之，没有达成一致意见。何炳松不过是提出自己的“一得之见”罢了。其可取之处，在于他看到了历史学与自然科学的相异，但最后他又强把历史学拉到与自然科学“同等”，这就又将自己套入“二律背反”的困境之中。
    其次，何炳松通过对西方和中国史学的比较研究，明确指出史料与著作的区别，他认为，刘知几所说的“当时之简”、章学诚所说的“记注”，都属史料；而刘氏所谓“后来之笔”和章氏所谓“撰述”，即是著作；这与近代西方史家的看法是一致的。在这一前提下，何氏指出，中国近千年来，一直在争论作史的体例，在编年、纪传诸体的孰优孰劣中翻斤斗，倘若把所有史籍都当作史料来看待，那么，这种类例之争，在史学上就没有太大的意义了。按照这一观点，中国史籍只须分成正史和通史两类即可。“正史”是旧史，也就是史料。“通史”并不专指在内容上涵盖古今，“前后相会，始末可寻”的“记注”式历史，而是指赋予历史以意义的“撰述”的历史，即所谓的“纲纪天人，推明大道”，“通古今之变，而成一家之言”的“独断”之学。这也就是他所谓的“通史新义”。不过，在他看来，这种“通史”，“现在还是中外史学界共同努力而又还未完全实现的理想”[3]（p.18）。它的完成不是一日之功，而且史料工作仍是当务之急。他编写的《历史研究法》一书，偏重于史料工作的探讨，其中明确表示：“我们一方面固然应该努力于通史的编辑，以便普通人的阅读，一方面亦应该拥护我们可贵的史料。因为没有史料，通史是没有办法的。总括的一句话：历史研究法的本身，先要分析，后再综合，显然具有分工合作的精神。我们有志于整理中国史的人亦应该具有同样的精神先努力去做专篇的著作，再去做通史的工夫。行远自迩，登高自卑，这是科学家进行工作的步骤，亦应该是我们研究历史的人进行工作的步骤。我很希望我国的新史学家少抱一点编辑通史的野心，多做几篇彻底研究小问题的专著。”[5]（p.166）“专史家必须与通史家合作起来，我们才可希望做出一部理想的人类社会进化史。理想的科学的中国通史，也应该照这样做去，才能成功。”[4]（p.201）所以，1939年他在给陈高佣所著《中国历代天灾人祸表》做序时，赞扬了这一作法，他说：“新史学的最后目的自然在要求产生一部‘尽善尽美的’全国国民都应该也都能够阅读的通史。但这巨大的文化工作，在今日从事史学研究的人，都知道不是一个人的力量与短促的时期内所能产生；所以近二十余年来，中国史学家或努力于史料的搜集与整理，或埋头于专史的计划与撰写，而且也都已有不少的成绩继续地向社会呈现。这种在史学基础上所做的艰苦的‘打桩’的工作，不仅仅是中国史学界进步的现象，而且也是十足地表现出整个民族精神的努力向上！”[10]（p.46）何炳松这种通史与专史合作的提法，实质上是要求历史学应该普及与提高并重，反映了他对于中国史学发展趋势的总体把握，富有前瞻性。
    另外，何炳松还讨论了关于主、客体关系的问题。前文说过，何氏认为，历史学的目的要求真，但对研究者（主体）来说，两种因素构成了障碍，一是研究者的感情色彩，二是史料自身有缺陷。关于第一种因素，他这样说，历史家研究人类事实的时候，看见他们有得失是非和盛衰的消息，当然免不了出入予夺和往复凭吊的心理作用，就免不了生出“气”和“情”来，这种“气”和“情”，就是史学上主观主义的两个因素。因此，“凡是研究历史的人，总不免抱有主观的见解，这是无可避免的东西”[9]（p.142）。如何克服这种主观成见呢？他借助于章学诚的论述提出了自己的看法：“用合理两个字来救济主观的气，用本性两个字来救济主观的情。”[9]（p.143）因为这一说法太抽象，所以又解释说：“我们如果能够用我们的理性来限制我们的感情的冲动，那末我们主观里面的气和情，自然可以和客观里面的事实的真相两相印证，两相符合了。”[9]（p.143）更简单地说，就是史学研究要具备“客观的态度”，“要绝对排除自己的成见，无论是非黑白，都还他一个本来的面目。知之为知之，不知为不知，要绝对的不要增减一分，或者只见得一部，或者只见到大部，要绝对的不要自命为已见到全体。那么历史的人物和事体，现代世界上各地的人民和风俗，方能抬起头来，露出他们的真面，否则他们就都要隐藏在我们成见的浓雾中了。”[8]（p.206）但是，何炳松以为用“客观的态度”或“理性”就能解决史学研究中主客观的矛盾问题，实在是过于自信了。其实，造成史家主观成见的“气”和“情”，并不只是认识上的问题，还有其社会根源和阶级根源，常有自以为客观而实则主观的情况。何炳松不可能在理论上和实践上解决这个问题，但他在主观上想解决，并作出了努力，仍是值得注意的。关于对求真构成障碍的第二种因素，即史料自身的缺陷，何炳松认为应通过“史料考订法”来解决。对此，在下文中另论。
    从以上介绍可以看出，何炳松虽然认为历史是“纯粹主观的学问”，但这与把历史当作自己思想注脚的主观主义派是不同的。他提出这个问题的目的，不在放纵主观，而在裁抑主观，使主观因素缩到最小限度，并希望通过研究者的有意识的努力，尽量做到主客观的统一。他虽然没有提出“历史认识论”的概念，其实，这里讨论的问题已涉及历史认识论的内容。在这个问题上，也对30年代以后的史学家产生了一定影响。
    四
    1927年，何炳松的《历史研究法》一书出版，其中谈到研究程序：“先之以史料搜集及考证，次之以事实之断定与编排，终之以专门著作，而史家之能事乃毕。”[6]（p.1）这涉及到了史学方法论的两方面内容，即史料的搜集与考证之法和历史著作的编纂之法。
    何氏为史料所下的定义是“前人思想行为之遗迹”[6]（p.9）。这不仅与他的进化总体史观正相适应，而且显示出一种广博开阔的学术视野。较之传统史家那种“六经皆史”、“凡涉著作之林皆史也”等只见文献、忽视实物的狭隘看法，相去不可以道里计。尽管这一定义本之于西方学者，而且梁启超在《中国历史研究法》中也早有过类似的表述，但何氏重新加以强调，对于进一步扩大近代新史学的影响，仍然有其积极意义。
    对于搜集史料，何炳松认为“欲其博”、“赅备无遗”是“极重要的原则”[6]（p.2）。这些原则是传统史家也曾认识到的，但新史学的研究范围已经大大拓展，因而要实现这样的原则就更不容易，也就更应讲究方法。关于搜集史料的方法，他讲得比较笼统，只说：“当然要从目录学入手”[5]（p.153）。同时，要求治史者应“备具一种耐苦耐劳的美德，抱着牺牲的精神”[5]（p.153）去下足史料功夫。不过，只是耐劳苦与牺牲，谈不上是方法；从目录入手，也并不先进。因为中国传统目录虽称发达，但充其量其效用也就是指点读书门径而已。对于大规模搜集为新史学可用的材料，则难称便捷。因而，他不只一次地提倡编制索引。在1925年发表《拟编中国旧籍索引例议》一文中，何氏还较详细地谈到索引的具体编制方法。近代中国索引编制工作，约始于20年代洪业主持哈佛燕京学社之时，可能还略早于何氏主张的提出。不过，《例议》一文发表时，洪业他们尚无具体成果问世。故何氏的提倡，在当时仍有开先河的作用。这也可见何氏对于新史学之建设，是何等地尽心尽力了。