第二阶段，1843-1860年。中英鸦片战争后，开始了晚清西学传播史上的新阶段。6个开放口岸，在西学传播方面，可以分为三种类型。一是香港、广州，在割让或开埠以前，早有西人居住，西学传播已有一定基础，开埠以后，西人来此，又有新的发展。二是福州、厦门，鸦片战争以前，传教士已通过在南洋闽籍华侨中的活动，学会方言，这两个城市开埠以后，传教士来此，没有语言障碍，西学传播活动比较容易进行。三是宁波、上海。这两个城市位于富庶的江浙地区，离中国中心地带比较近，在西学传播方面，很快超过上述4城。在咸丰年间，中国西学传播中心是上海、香港与宁波，出版西书机构主要是墨海书馆和华花圣经书房。
    从1843年至1860年，这6个城市共出版各种西书434种，其中纯属宗教宣传品的有329种，占75.8%；属于天文、地理、数学、医学、历史、经济等方面的有105种，占24.2%。各城市所出西书总数、宗教书籍、科学书籍情况分别如下：香港60种，宗教37种，占61.7%；科学23种，占38.3%。广州42种，宗教29种，占69%；科学13种，占31%。福州42种，宗教26种，占61.9%；科学16种，占38.1%。厦门13种，全属宗教方面。宁波106种，宗教86种，占81%；科学20种，占19%。上海171种，宗教138种，占80.7%；科学33种，占19.3%。依出版科学书籍多少的顺序排序，依次为上海、香港、宁波、福州、广州、厦门。
    这一阶段，西学东渐有几个特点：
    1、通商口岸成为传播基地。此前，传教士在南洋一带活动，虽然西学书刊也能传到中国大陆，学校中也有不少华人，但毕竟水路迢迢，对中国影响有限。一口割让、五口通商以后，传教士以这些地方为基地，办学校，开医院，出书刊，进行各种西学传播活动。从此，新一轮的西学传播在大陆正式开始，半月形的东南沿海地区，成为中国率先接受西方影响的地区。
    2、出版了数量可观的科学著作。合信的《全体新论》等五种医学著作，是晚清第一批西医著作；蒙克利的《算法全书》，是第一部在中国境内出版的用西方数学体系编成的数学教科书；哈巴安德的《天文问答》、合信的《天文略论》是晚清第一批介绍西方近代天文学的著作；伟烈亚力、李善兰合译的《代微积拾级》，是晚清传入中国的第一部高等数学著作；伟烈亚力、王韬合译的《重学浅说》是传入中国的第一部西方力学著作；艾约瑟、李善兰合译的《植物学》是传入中国的第一部西方植物学专著。
    3、中国知识分子中出现主动了解吸收西学的趋向。林则徐、梁廷枬、魏源、徐继畬、李善兰等为其代表人物。尽管他们主要关心的还是国际常识、世界史地知识，但毕竟是一种新的动向。
    4、中国知识分子开始参加译书工作。南洋时期，虽然也有中国人参与传教士的工作，如梁发协助米怜从事编辑出版工作，但那是以教徒的身份出现的，且限于宗教方面，对科学知识的传播无所补益。1843年以后，在上海、广州，都有中国知识分子参与西书翻译工作，李善兰、王韬、管嗣复、张福僖等为其著者。他们都是以独立的身份参加工作，有些西书的译介，还是在他们主动提议下开展的，如《续〈几何原本〉》便是在李善兰的提议后着手翻译的。他们与传教士合作译书，开始了晚清中国历时数十年的西译中述的历史。管嗣复表示只译科学书、不译宗教书，显示了中国知识分子在介绍和接受西方文化时的独立性和选择性。
    第三阶段，1860-1900年。因第二次鸦片战争而签订的《天津条约》等条约中，与西学传播密切相关的内容有：一、增开天津、南京、汉口等11个通商口岸，条约规定，外国人可以在这些通商口岸居住、赁房、买屋、租地起造礼拜堂、医院、坟茔等。二、传教自由，《中英天津条约》第八款规定：“耶稣圣教暨天主教原系为善之道，待人如己。自后凡有传授习学者，一体保护，其安分无过，中国官毫不得刻待禁阻”。三、外国人可到中国内地各处游历、通商，中国政府应提供方便。四、开放长江。这样，加上先前割让的香港，开放的五口，中国被迫对外开放的城市达17个。外国人可以在南起广州、厦门，中经上海、烟台，北至天津、营口，东起上海、南京、沿江西上，直到中国内地，这样广阔的范围里自由活动。其结果，加强了西方列强对中国的政治侵略、经济掠夺，也便利了他们对中国的文化渗透。在清朝政府方面，以咸丰皇帝去世、祺祥政变发生、慈禧太后掌权为转折点，中国对外对内政策有了重大调整。总理各国事务衙门的设立，京师同文馆的创办，以学习西方坚船利炮、声光化电为重要内容的洋务运动的开展，都对西学传播产生了重要影响。因此，第二次鸦片战争的结束，《北京条约》的签订，成为晚清西学东渐史上的重要转折点。
    这一阶段的西学传播，有以下几个特点：
    1、传播机构多种多样。有遍布各地、程度不同的新式学校，包括教会学校和中国自己开办的新式学校；有形形色色的报纸、杂志；有传播西医知识的教会医院；当然，最主要的是各种西书翻译、出版机构。按其属性可分三种类型，一是教会系统的，主要有广学会、美华书馆、益智书会、广州博济医局、上海土山湾印书馆；二是清朝政府系统的，有上海江南制造局翻译馆、京师同文馆、天津机器局、天津武备学堂；三是民办系统的，如商务印书馆、译书公会、时务报馆、农学报社。此外，有些教堂、学校、报馆、医院、海关、督抚衙门，也零零星星、断断续续地出版过一些西书。其中，最重要的是江南制造局翻译馆和广学会。
    2、政府创办译书机构。此前，清朝个别官员，如林则徐，也曾在吸收西学方面作过努力，但那时临时应急措施，并无长久打算。从19世纪60年代开始，清朝政府先设京师同文馆，再设江南制造局翻译馆，这是中国政府在被动开放的形势下作出的顺乎时代潮流的反应，是中国政府主动吸收西学的标志。19世纪后期的几十年中，江南制造局翻译馆所译西书数量，在各种译书机构中，名列榜首，影响也最大，说明了官办译书机构在晚清西学东渐中的主导作用。