由于有了清廷的承诺，日本谈判首席代表大久保利通回国后，立即向日本政府提出逐步吞并琉球的建议，其主要内容是：“琉球两属状态，自中世纪来，因袭已久，难于遽加改革，以致因循至今日。今者中国承认我征蕃（同‘番’）为义举，并抚恤难民，虽似足以表明琉球属于我国版图之实迹，但两国分界仍未判然。” “今如以朝命征召藩王，如其不至，势非加以切责不可。是以姑且缓图，可先召其重臣，谕以征蕃事由及出使中国始末，并使令藩王宜自奋发，来朝觐谢恩，且断绝其与中国之关系。在那霸设置镇台分营，自刑法、教育以下以至凡百制度，逐渐改革，以举其属我版图之实效。”（东亚同文会《对支回顾录》）
    日本政府采纳了大久保利通的建议，召琉球三司官池城安规等至东京。但琉球官员拒绝了日本提议，要求仍按旧章办事。日本遂强令琉球废止对清廷朝贡及受册封的惯例，其对华交涉转由日本外务省处理，并撤销驻福州的琉球馆。琉球政府一面竭力抵制日本的吞并行为，一面派人赴中国求援。1877年4月12日（光绪三年二月十九日），琉球使臣向德宏受国王之命抵达福州，会晤闽浙总督何璟、福建巡抚丁日昌，呈递国王咨文，且陈述日本“阻贡”之事。清廷随即指令驻日公使何如璋与日本交涉。
    何如璋调查了事情真相后，立即上书北洋通商大臣李鸿章，指出：“（日本）阻贡不已，必灭琉球；琉球既灭，行及朝鲜。” “又况琉球迫近台湾，我苟弃之，日人改为郡县，练民兵；琉人因我拒绝，甘心从敌……是为台湾计，今日争之患犹纾，今日弃之患更深也！”（《李文忠公全书· 译署函稿》）为此，何如璋致函总理衙门，提出了解决琉球问题的上、中、下三策：上策为派军舰赴琉球，向日本表示琉球为必争之地；中策为据理力争，约琉球夹攻日本；下策为通过外交途径，援引“万国公法”，联合各国使节与之“评理”。李鸿章胆小怕事，于6月9日致函总理衙门，主张采取何如璋提出的“下策”，并说：“此虽下策，实为今日一定办法。”总理衙门最终同意了李鸿章的意见，上折称：“惟是先遣兵船责问及明约琉球夹攻，实嫌过于张皇，非不动声色办法……再四思维，自以据理诘问为正办。”（《清光绪朝中日交涉史料》）孰知，侵略者只信奉武力，其图谋绝非“据理诘问”可以制止。清廷标榜的“据理诘问”不过是妥协退让、放弃琉球的一块遮羞布而已！
    尽管清廷对日外交是软弱的，但何如璋仍以积极的态度办理交涉。他一方面就“阻贡”事向日方提出口头抗议，一面又于1878年10月7日提出措辞强硬的照会，称日本“谅不肯背邻交、欺弱国，为此不信不义、无情无理之事”。但他理直气壮的交涉却得不到本国政府的支持，终被解职归国。日本看透了清廷软弱可欺，遂毫无顾忌，于1879年3月8日下令对琉球“废藩置县”，正式予以吞并。
    琉球虽遭吞并，但怀亡国之痛的琉球人并不甘苟且偷生，他们渴望中国能起而援手。开始，琉球国王命驻日法司官毛凤来向何如璋请援，又托旅日闽商带密信给福建督抚，再派紫巾官向德宏于1876年12月赴中国求援。翌年4月12日，向德宏抵福州，改装易服，扮作商人北上，在天津谒见李鸿章，“吁请据情密奏，速赐拯援之策，立兴问罪之师”。10月24日，琉球前贡使毛精长等又至北京，向礼部递送禀帖，希望能“迅赐救存，以复贡典”。中国一部分官员和士大夫也呼吁清廷在琉球问题上采取强硬态度。迫于舆论，清政府遂邀请来华“游历”的美国卸任总统格兰特出面调停。格兰特于1879年7月4日抵东京，两个月后，自东京回国，其间虚与委蛇，一事无成，清政府依赖外国调停的幻想终于破灭。
    1879年12月初，日人竹添进一经日本外务省授意来华试探，其与李鸿章会面时，试图否定日本政府原先的“两属”之说，称琉球本属日本。次年3月，竹添进一再次来华谒见李鸿章，提出了“分岛改约论”。所谓“分岛”是指日本拟将琉球南部的宫古、八重山两岛（临近台湾）分与中国，条件是清政府必须同意修改《中日通商条约》，让日本商人获得到中国内地贸易的权力（即所谓与西方列强“一体均沾”）。随即，总理衙门与日本驻华公使开始正式谈判。清廷提出“三分琉球”的方案：琉球36岛中（今冲绳辖160个岛，其中49个有人居住），北部9岛属日本；中部11岛恢复琉球王国；南部16岛隶属中国。日方不允，反复争辩，一直没有结果。当时主持清廷外交的李鸿章，对琉球归属是倾向放弃的，他的基本态度是：“琉球地处偏隅，尚属可有可无。”。只是为了敷衍舆论，才不得不在谈判中做出争辩的样子。最终，中日谈判未能达成协议，日本公使宍（ròu）户玑离北京而去。清廷所采取的不作为的“拖延外交”，最终葬送了琉球。