清代的秘密教门活动十分频繁。所谓秘密教门，是以下层民众为主组成的宗教性结社组织，“以宗教信仰的面貌出现，以师徒递传的方式组成，以宗教迷信作为维系内部联系与团结的纽带”，当时被统治者称为“邪教”。
    秘密教门盛行于元、明、清三朝，但其渊源很早，有学者将其上推到东汉末年发动黄巾起义的太平道。南北朝以来，各种佛教异端教派，诸如弥勒教、白云宗、白莲宗，以及宋代其他被称为“吃菜事魔”的民间教派，对秘密教门的形成与发展都产生过深远影响。学界一般认为，元末的白莲教是秘密教门正式形成的标志。明清以后，秘密教门不断流衍演化，名目百出，“皆讳白莲之名，实演白莲之教。有一教名，便有一教主，愚夫愚妇转相煽惑”（《明神宗实录》）。明清以来著名的秘密教门，有白莲教、罗教、黄天教（又称黄天道）、闻香教、弘阳教（后称红阳教）、大乘教、八卦教、青莲教、末后一着教等。从元末到清朝灭亡，秘密教门繁衍生存了六百余年。民国以后，秘密教门又转化为各种名目的会道门组织，活动更为频繁。
    秘密教门与中国古代的儒、释（佛）、道等合法宗教有一定联系，但也有巨大差别。秘密教门以宗教信仰为外表，平时烧香念经，聚众礼拜，或称吃斋邀福，或称祛病强身，或称消灾避劫，在下层民众间广为传播。但当其组织发展到一定程度时，少数教首便萌发野心，宣称命当“大贵”、“有帝王之分”，要“换乾坤，换世界”，甚至梦想称帝登极、建立俗世神权统治。因此，在统治者看来，秘密教门不仅是“最为风俗人心之害”，甚至会演化为“谋反”的“大逆”。清代士人龚景瀚即说，“邪教特借烧香念佛，以聚众敛财，其初志即怀不轨，观其所传经文灵文，大抵悖逆之词，徒党渐多，则必乘机起事。故自汉以来，若张角、韩山童、徐鸿儒等，未有不反者也”（《澹静斋文钞外篇》）。因此清朝历代皇帝都对秘密教门加以查拿、治理以图消弭。
    对秘密教门的控制与治理，清代基本的法律是《大清律例》中的“禁止师巫邪术”一条，具体内容为：“凡师巫假借邪神、书符咒水、扶鸾祷圣，自号端太保、师婆[名色]及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道异端之术，或隐藏图像、烧香惑众、夜聚晓散、佯修善事、煽惑人民，为首者绞[监候]，为从者各杖一百，流三千里。若军民装扮神像、鸣锣击鼓、迎神赛会者，杖一百，罪坐为首之人。里长知而不首者，各笞四十。”此后又根据需要随时补充案“例”以便审判。从实施情况来看，大体经历了清初、雍正朝、乾隆朝、嘉庆朝、晚清时期几个不同的历史阶段，各个时期轻重有别，宽严不同。但贯穿始终的原则性思路，概括起来主要有以下三个方面：
    第一，将秘密教门与合法宗教区别开来。早在清初，顺治帝就令人大张告示，宣称“治天下必先正人心，正人心必先黜邪术。儒释道三教并垂，皆使人为善去恶，反邪归正，遵王法而免祸患”，至于假宗教而行结社的“左道惑众”，如无为、白莲、闻香等秘密教门，“邀集结党，夜聚晓散。小者贪图财利，恣为奸淫；大者招纳亡命，阴谋不轨。无知小民，被其引诱，迷罔颠狂，至死不悟”，给社会秩序带来威胁，礼部及各地督、抚官员要出榜明示，并“设法缉拿，穷究奸状，于定律外加等治罪”（《清实录》）。后来雍正帝强调“自古三教流传，儒宗而外，厥有仙释”，乾隆帝也认为宗教“戒恶劝善，化导愚顽，并不无小补”，将佛、道等合法宗教视为有助于统治的教化工具，加以利用。但对打着儒释道“三教合一”的旗号，假借宗教信仰形式出现的“邪教”，统治者认为其性质完全不同，与合法宗教有严格区别，对策也应不同。晚清学者刘锦藻指出：“邪教与异端不同。若古之杨墨，今之佛老，异端也；汉之张角，明之徐鸿儒，邪教也。杨墨言仁义而差者，佛老言心性道德而差者，其学虽误，其心无他，其徒党从无犯上作乱之事，君子有辞而辟之，无取而戮之。若邪教之徒，小则惑人，大则肇乱，古所谓造言乱民之刑，不待教而诛者也。”（《清朝续文献通考》）也就是说，“邪教”被认为有“惑众”、“作乱”之虞，而宗教则有教化之功。雍正帝曾指示，“邪教非世俗寻常僧道之谓，不可借此多事”，查禁“邪教”不是要查禁各种合法宗教，也不是要禁止百姓吃素烧香、打醮（jiào，道士设坛念经做法事）念经的信仰活动。嘉庆二十四年修订的律例中所规定的“若讯明实止茹素烧香，讽念佛经，止图邀福，并未拜师传徒，亦不知邪教名目者，免议”，就是这一原则的体现（吴坤《大清律例根原》）。