第二，在查禁和处理秘密教门案件时，坚持首从区分的方针，重点打击首要分子，对诱迫入教者相对从宽。这样既尽量缩小打击面，有利于社会稳定，也是为了孤立教首，达到治理“邪教”的目的。雍正帝说过，查禁“邪教”必须“设法缉获其为首者治罪，其愚民被其惑诱者，尽行不究方好。不然恐不肖有司，借此恐吓平民，累及无辜，则反有害无益也”（朱批奏折，雍正二年九月二十八日）。清代秘密教门案件的处理，一般遵循区分首从、分别量刑的原则，对教首和起关键作用的骨干处以最高刑罚，其余徒众胁从则依次减等处置。乾隆十三年（1748），福建爆发老官斋教案，承办官员喀尔吉善提出“逆犯罪在必诛，斋众法难遍及”，最后将搜获的三百多名涉案人员分为六等进行处罚，其中仅属同教吃斋并未参与暴动的“乡愚”，不过从轻枷责发落。在这方面政策较宽松的雍正朝，皇帝甚至认为“其余不过愚民被其扇惑耳，何罪之有？”并指示“有先受笼络、能去邪归正者，概与宽免”（朱批奏折，雍正二年五月十八日）。
    第三，对秘密教门进行分类定性。除朝廷主持或者批准的合法宗教活动外，对于涉及信仰而又位于国家权力系统以外的民间聚众活动，统治者往往非常警惕，秘密教门更是其治理与关注的重点。不同教门的活动对统治秩序的危害程度不同，清廷在查处时采取的对策也有所不同。一般而言，统治者将秘密教门的活动区分为以下几个层次：（1）杂拾释道辞句，鄙俚不经，仅与人劝善说“好话”、“并无违悖之处”的；（2）男女混杂，有害人心风俗的；（3）聚众烧香，敛集钱财，有碍民众生计的；（4）以灾劫等词诬民惑众，组织严密，有聚众为乱潜在威胁的；（5）大肆宣扬弥勒佛下生治世，“悖逆显然”，或已经进行暴动起事的。总体而言，前三者除偶有教首因奸污女性被当堂杖毙以儆“愚民”外，大多数归入一般“邪教”范围治理。后两者则多以“谋反大逆”的罪名进行严厉处治。显然，统治者主要关心的是其中隐含的政治危害。对社会秩序威胁较大的秘密教门，受到的惩罚也相应加重。
    总体来说，有清一代对秘密教门的治理，康熙朝失之宽纵，乾隆朝失之严峻，相对而言，雍正一朝较有成效。嘉庆、道光以后，为形势所迫，对秘密教门的治理更加重视，《实录》、《圣训》中相关的上谕越来越多，指示也越来越细，但成效并不如其所愿。清朝在治理秘密教门的过程中，不断总结经验，补充完善，虽然不能像专制统治者所标榜的那样“净绝根株”，但也给秘密教门以一定打击，使其发展和传播受到很大限制。