在古代，对自然灾害的应对能力特别是赈救灾荒的能力，是衡量一个政权社会控制能力的重要标志。康熙帝深知灾荒与社会动荡之间的因果关系，曾言：“良善之民屡遭水旱，迫于衣食，亦为盗矣！”（《康熙起居注》）那么，如何才能避免因灾荒而逼民为盗的悲剧发生呢？他认为，既要做好灾后赈救，更要建立有效的救荒机制，使消极赈灾与积极救荒有机结合在一起。
    一、赈灾以防民变
    有灾必救，赈灾防变，这是康熙帝一贯奉行的原则，即使在平叛用兵极度缺少粮饷期间也是如此。赈灾的办法主要有颁帑（tǎng，国家库藏的金帛）赈济、发仓粮赈济、蠲（juān，免除）免被灾钱粮、设粥厂煮粥散赈。例如，康熙十七年（1678），河南、山东两省受灾，朝廷一面蠲免受灾地区当年的部分额定赋税，一面委派户部侍郎查库等前往办理赈济事宜，调集钱粮赈济饥民。康熙三十年，陕西遭受特大旱灾，有些州县出现百姓大批流亡的严重局面。陕西是明末李自成起义的爆发地，康熙帝对此十分重视，立即派员速往陕西查看受灾和百姓流亡情况，决定“大沛恩施”以“遍苏疾苦”。为此，他采取了以下六项赈济措施：
    一是蠲免西安、凤翔二府次年的额征钱粮；二是从甘肃采购粮食转输此处粜（tiào，卖粮食）与灾民；三是令湖广督抚将襄阳等处积贮仓谷运至潼关，以备陕西赈灾和发散兵饷之用；四是从山西拨银三十万两解赴陕西赈济饥民；五是派员督察赈灾，先派户部侍郎阿山、学士德珠前往受灾各处，将银两验看散给饥民，务使均沾实惠，次年春再派户部尚书王骘（zhì）、工部侍郎沙穆哈前往赈济；六是资助散于四方的流民回籍，令流民所在地官员就地赈济，并将受赈人口和资助回籍人口一并造册题报。由于措施及时果断，百姓免遭流离失所之苦，纷纷回籍安居，确保了灾区稳定。
    二、注重赈济方式
    康熙帝敏锐地发现，明末李自成“以散粮而起”，是因“聚饥寒之人于一处，势必至于争夺”。为避免饥民争食生乱，他提出：一是要求地方官必须“实心奉行”赈灾，一旦出现混乱局面，要“善为消弭”。二是派出六部官员或八旗人员前往灾区主持散赈。如四十二年（1703）七月山东饥荒，康熙帝令满蒙汉八旗每三佐领出一人，共三百人，每人负责赈灾银三千两，分赴各州县坐住一年，赈养饥民，确保灾区稳定。三是先拨帑银散发饥民，然后调粮粜与之，以避免直接散粮引起变故，以上所述陕西和山东的赈济都采取了这种办法。四是春季尽量不设粥厂赈济，这既是为了避免因饥民争赴粥厂觅食而耽误春耕农事，更是怕数千贫民聚集一处后“劫夺骤起”。
    三、从“耕九余三”到“尽可支用”国库钱粮赈灾
    “耕九余三”是中国古代的积粟制度，即耕作九年应当有三年余粮存贮，以备荒年。康熙帝在学习儒家经典、总结历史经验的过程中，逐渐接受了这一思想。康熙十二年（1673）三月，他在殿试制策中说：“积贮乃天下之大命。乃常平之设，多属虚文。一遇荒歉，即需赈济，而奉行不实，致使朝廷之德意不能遍及闾阎（lǘ yán，指民间）。其何以使利兴弊革欤？古者耕九余三，即有灾祲（jìn，不祥之气），民无饥色。”他在强调设置常平仓重要性的同时，提出了“耕九余三”的理想积贮模式。在经历了康熙十七年那场灾荒后，翌年六月，他传谕户部，要求全国地方官员大力督促百姓按照“耕九余三”之法积谷备荒。他认定，只要百姓节用积粮，即能“凶荒可备”（《清圣祖实录》）。在此后二十余年里，康熙帝对官民捐积粮谷设常平仓、义仓、社仓作了长久不懈的动员和督催。康熙三十年陕西大旱过后，他更加感到民间储粮的重要性和紧迫性，于次年五月下了一道号召全民捐助粮谷的谕令：
    朕思积贮米谷，最为要务。……今时届麦秋，可敕各该地方官，劝谕百姓，比户量力共相乐输，委积储偫（zhì，储备）。州县官将捐助者姓名与米数注册，秋成之后，亦仿此行焉。其春时乏食者，贷与之，至秋照数收入，以为积蓄。每年于麦谷告登之后劝勉捐输，则数岁之间，仓廪充裕，即罹灾祲，民食自可不虞匮乏矣。
    对于这道近于空想、缺少操作性的积谷谕令，尽管有的督抚大僚作了广泛宣传，但捐助者寥寥，即有所积贮，也是地方官勒令限额均捐或官府代捐的结果，最终必然摊派于百姓，进一步加重他们的负担。
    虽然节食积谷及预设常平仓的谕令屡屡颁发，但每遇灾荒，百姓仍然饥馑流移，朝廷必须调发国库钱粮赈救方能济事。有鉴于此，大约在四十二年（1703）南巡和西巡之后，康熙帝逐渐感觉“耕九余三”的办法不可行，他对大学士等谈了“朕数巡幸，咨访民生利弊”后发现的民众生活真实状况：“约计小民有恒业者，十之三四耳，余皆赁地出租，所余之粮，仅能度日，加之贪吏苛索，盖藏（指储藏的财物）何自而积耶？”这是他经过一年来巡幸过程中访贫问苦所形成的客观结论，改变了自己多年坚持的只要百姓加意积贮便会“盖藏有余”、“凶荒可备”的错误认识。相应地，康熙帝对仓储制度和救荒机制的认识也随之改变。五十五年（1716）十月，署仓场侍郎张伯行上奏准备在直隶等处建立社仓，康熙帝谕：“建立社仓，殊无裨益。丰年犹可，若遇饥馑之年，开仓赈济，所司奉行不善，往往生变。”此事没有获得批准。后来他又对“耕九余三”说和建仓贮谷作了多次评述：“古人云：‘三年耕则有一年之蓄，九年耕则有三年之蓄。’言虽可听，行之不易。如设立社仓，原属良法，但从前李光地、张伯行曾经举行，终无成效。”“社仓之法虽美，断不可行。”