1927年1月，广东召开第二次会议，通过《全省代表大会商民运动决议案》，强调要进一步扩大和扶植商民协会的发展，而对商会进行改造甚至在必要时予以解散。该《决议案》第二条的内容是：“对于旧式商会之为买办阶级操纵者，须用适当的方法，逐渐为之改造，或遇必要时，应用相当的手段解散之。一面并指导各地中小商人，组织商民协会，及全省商民协会，尤须特别注意此种协会之组织及分子，有无复蹈从前买办阶级把持的旧商会之恶习的危险，并以全力助其发展，使全省商民运动，收指挥统一之效果。”（16）该项决议案对商会的政治定性以及拟采取的对策，在当时并无任何改变。
    广州总商会为摆脱“反革命”商人团体的指控，曾于1927年初拟发起召开“广东革命商人代表大会”，“其宗旨在团结商人之实力，与自身之联合，进而与各界联合，参加革命工作，拥护革命政府”（17）。国民党广东省商民部认为广州总商会，“掠革命美名，而为非革命之举动，此则非取缔不可。且在革命的国民党底下商民，如果实行革命，除了归于国民党旗帜底下，自无立场。而在党指导之下，已有商民协会，该商等离开革命的商民协会，而另外组织革命商民协会，其革命两字，固无根据，即此类行动，亦应取缔。故特提出第十四次执行委员会议，请将该会取缔，最低限度亦须饬令将革命二字取消，当经决议饬令取消革命二字”（18）。广东省党部根据商民部的报告，在第十四次执委会上议决“除饬该会立即将革命二字取消”，并通报广东省政府、广东省实业厅、广东省执行委员会，“如该会仍用革命商民代表大会名义请求立案，请勿批准……以正视听”（19）。广州总商会继续筹备商民代表大会，却不得不取消“革命”二字。这次行动是广州总商会建构自身革命化记忆的过程，是从“反革命”团体演变为“革命”团体的尝试。
    在这次短暂的纷争中，能否使用“革命”二字成立商民代表大会，成为一个争执焦点。广州总商会希望在“革命”颇为风行和大行其道的年代，发起成立广东革命商人代表大会，变相套上“革命”的外衣，摆脱其被视为“不革命”或“反革命”的政治地位，名正言顺而又理直气壮地掌握中国商界的主导权。在商民协会看来，商会就是不革命和反革命的旧式商人团体，虽然可以在某些方面进行合作，但在“革命”大是大非问题上不能含糊妥协。若商会也变成革命团体，在其他许多方面远远不及的商民协会就没有任何抗衡的资本，最终只能依附于商会之下。就国民党而言，所谓“革命”的民众团体都是在其直接领导和指挥之下，商会由于历史原因，并非直接接受国民党领导，因此不能使商会也穿上革命的外衣，否则就有可能为商会创造更好的发展条件，国民党却无法直接进行控制，也就谈不上将来实现对商会从根本上进行改造的目标。所以，广东省商民部坚决要求总商会将广东革命商人代表大会的“革命”二字予以取消。
    在随后有关商会存废的纷争中，商会的“革命”或“反革命”性质是争论焦点之一。许多地区的商民协会均以商会为反革命团体为理由，要求国民党废除商会，甚至一度得到国民党中央及地方党部商民部的支持。商会坚持认为自己不仅不是反革命团体，而且是积极支持革命的正当工商团体，绝对不能因为受到反革命之诬蔑而被取消。为此，全国各地商会团结一致，坚持进行了数年的抗争。
    1927年3月，一份由成都市商民协会领衔、号称万余商人具名的呈文送交国民党中央党部和国民政府，历述成都总商会自清末成立以来的种种劣迹，强烈要求取消该总商会。呈文指出：“查成都总商会自前清末叶成立以来，即由官僚主持于上，商听命于下。凡我弱小商人，不惟未得该会之保护，转被该会所压迫。……为会长者，恃其接近军阀，复串通洋行运动武器，扩张乱源，运售鸦片，流毒全国，为害之大，不堪言状。此即民十三以后迄于今，兹成都总商会之情形也。以上数端，不过略举成都总商会罪恶之大概，而亦可见其为买办阶级土豪劣绅等，借以为蹂躏弱小商人之工具也。”（20）中央党部和国民政府收到呈文后，转由中央商民部查核处理。经研究，中央商民部向四川省党部商民部下达训令：“现据成都市商民协会呈称，成都旧商会一般奸商倚官作势，营私舞弊，恳请明令取消，以谋商人解放，等情前来。查阅所呈各节，该旧商会劣迹昭著，殊堪痛恨。为此，令仰该省党部商民部，查照原呈各点，酌量情形，核查具复。”（21）同年3月，长沙市商民协会呈请湖南省商民协会筹备处，“将长沙旧商会实行取消，以便统一商民组织，集中革命力量”。湖南省商民协会筹备处呈报武汉国民党中央党部、政府各委员会及省商民部，认为：“长沙全市商民均已加入市商协，同一地域实无两团体并立之必要。属会观察湖南情形，总商会名义尽可取消。”（22）中执会转批中央商民部审核处理，4月7日中央商民部回复：“该案现已令行湖南省党部商民部核办，俟其呈复再得呈报。”湖南省党部商民部对取消总商会的要求也表示支持，并呈文中央商民部，说明：“查旧商会为大商人从前承仰军阀鼻息之机关，剥削中小商人之利器，即以现在而论，每与各地商协暗相抵触，有妨商运之统一。当此革旧维新之际，自应铲除此种障碍，以利进行。”最后，中央商民部令湖南省党部商民部呈取消旧商会情形，准予备案，并在致湖南省商民部的指令中“合行令仰该省党部商民部核办，着即呈复备查为要”（23）。
    稍后，江西省南昌总商会一度被南昌商民协会接收。据南昌商民协会执行委员会常委李郁等人呈请江西省党部商民部转中央商民部的报告称：“窃四月二十七日南昌各民众团体暨卫戍司令部、南昌公安局，会同清查反革命委员会于清查户口时，将南昌总商会会长张继周逮捕，认为有反革命行为，已致该会负责人。兼之本党三次全省代表大会决议案，应将旧式商会取消，交商民协会接管，根据以上原因，特于四月二十七日下午七时开执委裁判委员执行联席会，关于接收总商会问题，议决成立南昌市商民协会接收南昌总商会委员会。”（24）中央商民部一度同意了南昌市商民协会接管南昌总商会，并向江西省党部商民部下令：“据呈报南昌市商民协会接收南昌总商会等情，第二次全国代表大会商民运动决议案第二项，对于旧式商会之为买办阶级操纵者，径用适当方法逐渐改造，一面并帮助各地中小商人组织商民协会，一洗从前绅士买办阶级把持旧商会之恶习之规定，已经颁布。现该商会既属反动，自应由市商协接管，仍应预为制止以后反动分子。于可能范围内，除反动分子外，尽量联合各阶层商人，共同团结，以谋商业进展，而固革命战果。至于接管旧商会一节，暂准备案。”（25）
    中央商民部批准部分省份、城市取消商会的事例，可能会引起其他一些地区的商民协会纷纷仿效，甚至不经呈报即自行其是，其结果势必引发更多与更尖锐的矛盾。国民党中央商民部也意识到此事之严重性，遂于1927年5月16日报请中央执行委员会，说明：“查各省商民协会筹备处或全省商民代表大会，往往未经中央党部核准，对于旧商会即行接收或取消，似于手续未合。本部兹拟一办法，除已经接管省份不计外，嗣后各省商民协会筹备处等团体对于旧商会之接管，应事前先行呈请中央予以核准，经中央党部核准，然后遵令接管。此等办法，是否可行，仍请贵会议决。”（26）很显然，中央商民部的意思并非是禁止商民协会接管商会，只是说明商民协会需要事先呈报核准，不得自行采取行动。但是，无论是取消还是接管商会，尽管有国民党中央商民部的训令，实施起来也遭到商会的强烈反对，使商会与商民协会的矛盾冲突更加尖锐。因此，5月18日召开的国民党中执会政治委员会第22次会议讨论这一问题时，比较一致的意见是，商会问题应通过制订商会法的方式解决，在目前情况下商会与商民协会应“同时存在”，最后议决的结果为，商民协会对于商会“不准接管”。（27）于是，中央商民部又向各省党部商民部发布通令，“除湖南、江西已经接管不计外，合行该省党部商民部商民协会等团体，遵即以后对于旧商会不得任意接管”。（28）
    国民党并未完全改变对待商会的态度，而是根据现实情况转而采取了另一种权宜之策。1927年4月，国民党中央商民部呈报中执会的《关于本部商民运动之最近方略》（手抄稿）。可以看出这一微妙的变化：
    商协组织愈发达，而旧商会抵抗亦愈力，双方暗潮时常接触，加以旧商会类多大资产阶级，藉有数十年之历史，经济上之地位、社会上政治上的地位均在商协以上。至于商协均系新近成立，组织之分子多系中小商人，经济上社会上政治上的地位远不及旧商会。本部虽负有改选（29）旧商会、领导商民协会之职责，然以旧商会之势力在经济界、金融界占有优越势力，而政治之运用，如发行票券公债筹借饷糈等，与旧商会又有较为密切之关系，骨子里虽具有改造旧商会之坚决意念，而表面上又不能不与以相当之周旋；对于商协会虽居于保护领导之地位，而表面上又不宜予以优越的权力。故本部对于旧商会拟采用阳予委蛇、暗施软化之方法，或消极方面设法剪灭其旧势力，积极方面设法促其参加国民革命。对商协采取一实际援助之手段，如予以补助费，添予政务等，而表面上对商会、商协一视同仁。（30）
    国民党最初制定商民运动方案时，对工商界和商会的实际情况缺乏了解，没有认识到商会在经济、政治和社会上的重要影响与作用，采取了一些偏激的举措。一些商民协会对商会强制接管和取消，在实际操作过程中遭遇许多困难，使得商民运动的发展受到严重影响。鉴于这种状况，国民党不得不临时对商民运动的方略稍做修正，转而采取表面上对商会、商民协会一视同仁，实际上仍在各方面支持商民协会削减商会势力的方略。当然，新方略并不说明国民党对商会性质有了新认识，只是在现实情况下采用的一种缓和的、隐蔽的手段。
    中央商民部拟订新的商民运动方略后，呈报中央执行委员会审核批准。呈文说明：“本部现为商民之需要，审察时势之情形，使一般商民加入国民革命，同时并解决旧商民团体冲突与纠纷，增加国民革命力量起见，拟具商民运动最近之方略，领导商民与农工学兵一致联合，共同作战。拟具最近对于商民运动方略，附陈于后，可否之处，仍希酌拟见复。”为防止新方略对商民协会与商会以及商民运动造成意外影响，国民党中央执行委员会第二届常务委员会在第9次扩大会议上，对中央商民部“来函提出商民运动方略一案……决议照办”，同时要求“商民运动之最近方略”不予宣布。（31）在是否取消商会的问题上，国民党内部意见并不一致：各级党部商民部作为商民运动的直接领导机关，希望进一步扩大商民协会的势力与影响，大多倾向于取消商会，中央商民部有时也在某种程度上支持这一行动。但是，国民党中央出于整体上的综合考虑，较多地顾及商会可以在经济上提供支持，并不积极支持取消商会的行动，甚至在多数情况下表示反对。在此期间，中执会政治委员会数次会议讨论商民协会与商会的纠纷，最终通过的决议都是保留商会。后来，中央商民部呈文中执会，说明各地商民协会接管商会的行动须先行呈报批准，不得自行其是。中执会政治委员会议决之后，却是对接管行动坚决表示反对，明确规定商会应与商民协会“同时存在”，无论何种情况下都“不得接管”。取消接管商会的事件不再发生，并不意味商会不再面临生存危机。时隔不久，又发生了更大范围的有关取消商会的纷争，甚至是由中央商人部直接引发的。
    三、新一轮商会存废之争及其结局
    1927年9月，国民党中央特别委员会召开第4次会议，决定将“商民部”改为“商人部”，褚民谊出任商人部主任。11月1日，中央商人部致令南京总商会，提出将商会与商民协会合并的设想。该令曰：
    商人惟一之组织即为商会，但以内部组织未臻完善，遂为一二人所把持，至受其压迫者甚众。虽其不乏正当之商人，出为改善者，亦因积重难返，挽回不易，故有商会不革命之嫌。本党为领导民众团体参加国民革命，商人为民众之一部，特设有商民协会领导商民参加国民革命，谋解放商人本身之利益。故经本党之指导与宣传后，商人之觉悟者日益加多，加入商民协会亦日益众。惟旧有之商会既组织之不善，仍然存在，以同属商人，同隶本党指导下，理应一体，毋再分歧。以此，本部为研求商会与商民协会之合并，以便统一指导和宣传，而固商人团体之团结，特派本部调查干事张警之前往南京总商会调查一切组织及会员人数会费数，具报以备核办。（32）
    张警之进行调查后向中央商人部报告，南京总商会认为与商民协会与商会并无明显区别，可以而且有必要加以合并。据此，中央商人部向全国各级商人部和商民协会通告，就取消商会事宜征求意见。通告内容如下：
    查旧有商会组织不良，失却领导商人之地位。现在各地商人成自动组织商民协会以为替代，且以职权问题，尤多冲突，自应急速改善以适应商人之需要。本部拟于本会第三次全国代表大会时提出方案，请求撤销全国旧商会，以商民协会为领导之机关，以集中商人力量而便统一指挥。惟于未改善之初，先当征求各地商人之意见，以谋改善之道。为此通告各省商人部、商民协会仰即转告所属各商人团体，对于改善商会之处有何意见，可陈述来部，以为采择而为将来施行之根据。（33）
    在中央商人部直接部署之下，引发前所未有的商会存废纷争。各地商人部、商民协会都在回复中表达支持取消商会的立场，还借机对商会进行大肆攻击，谴责“旧有商会本封建之余孽，军阀之走狗，由少数政客式之大富贾买办所把持，图一己之攒营，与军阀政客相勾结，而以一般中小商人为压迫宰割工具，商人敢怒而不敢言。……属会曾有打倒是物之议，当以顾全军事政治各种关系不果行，嗣又为新军阀政客所袒庇，故犹得以苟延残喘，贻革命历史上之污点”（34）。
    与此同时，各地商会坚决反对中央商人部取消商会的设想。在全国号称“第一商会”的上海总商会因会长傅筱庵私通孙传芳而被勒令改组，但仍在维持商会的抗争中担负起主要作用。上海总商会获知消息后召开联席会议，商讨应对之策，并致函上海市党部商人部，对中央商人部通告中抨击商会的说法进行反驳，认为“现行商会之组织，实系中小商人兼容并包，并无由某种阶级可以专擅包揽之规定。有法规，有案牍，可以为相当之证明者也。更就‘失却领导商人之地位’言之，亦与历来经过之情形未符。……蒙此厚诬，不能不为相当之辩明者也”（35）。
    上海总商会随后联络全国各地商会，以召开各省商会联合会的形式予以抵制。1927年12月中旬，会议在上海举行，国民政府所辖10个省区87个商会140余名代表出席会议，蒋介石、戴季陶、孔祥熙等党、政要员参加了开幕典礼。大会原定5个议题，最先讨论的是“商会存废问题案”。上海、南京、汉口、广州、苏州等17个总商会和商会向大会提交《商会不能撤销案》。广州总商会在提案意见书中指出：“政府如不欲与商民合作则已，若欲合作，又故将代表商民之商会而废弃之，是犹南辕而北辙也。……党部可以裁撤商民部，党内可以不要商人，但国家不能无代表商民之商会。藉曰党部已有商民协会，为统一商运计，二者不可以得兼，亦当听商民自动的选择。孰者为真正代表我商民的机关，我商民应有辨别之能力。……盖粤省为革命策源地，商民协会之组设已有数年。考其实际，真正商民之参加而表同情于协会者尚属少数，至今未能提挈商场。试观历次群众运动，非有总商会领导其间，未易得商界之谅解，可为明证。”（36）
    大会以各省商会联合会总事务所的名义呈文中央党部和国民政府，要求撤销中央商人部废止商会提案和修改商会法。呈文特别阐明商会并非反革命团体，而是支持革命的组织：“议者或曰商会不革命，此又不然。商会对外力抗帝国主义……无不尽力抗争，表示商会革命，反抗帝国主义态度。对内力维革命……劝导各商人以经济赞助革命政府、革命军队诚属不少，后方工作未为不勤。所谓不革命云者，实谰言也。议者或曰商会组织不善，此则然而不然。商会系法定机关，其组织皆根据商会法。商会法不善，责在政府，不在商会。所谓商会组织不善者，实不明此中事理也。或曰商会不能容纳中小商人，此则似是而非。”除了对相关问题予以说明和解释之外，为使商会原有缺陷不再授人以柄，屡遭商民协会指责攻击，会议议决将对商会进行改组：“其条件有三：一、废止商会法会长制，改为执监委员制。二、会员不限男子。三、会费规定每年负担最少限定，以便普及。”最后，大会呈文表示：“理合依照决议案具呈钧部钧府察核，请准撤销中央商人部废止商会提案。一面令行法制局将商会法迅速修正，准属所举员参加。在修正商会法未颁布以前，由各商会自动改组，以期救济而不相妨。”（37）各省商会联合会执监会议议定，推举常务委员赴南京向国民政府请愿，“以求达大会议决事件的执行目的”，如仍无效，“由各省代表继续请愿”。（38）
    中央商人部提出取消商会的设想，并没有呈请中央执行委员会批准实施。具体步骤是：首先，搜集各地商人部与商民协会的意见；其次，召开第三次全国代表大会时提出相关提案；再次，提案讨论通过后予以实施。国民党浙江省党部呈文中央特别委员会，历数“商会法不合革命之精神”、“商会组织法之不完善”、“商会与商民协会权限相同不能并存”、“商会之存在大有阻碍于商民协会之发展”、“商会之不足以代表商人”等五条理由，认为商会“无存在之必要”、“无存在之理由”，要求立即取消（39）。中央商人部复函称：“商会之不能适应商人要求，自属实情。惟今日本部尚未拟定商会法改组旧商会及未经呈明中央撤消旧商会之前，暂许其存在。至若职权问题，除属于旧商会之商店受其管辖者外，不能代表一切商人。将来本会第三次代表大会时，本部定当提出议案，请求撤消原有之旧商会。届时自可取消，并拟于未提出议案之前宜先搜集各地商人意见，以为将来改善之根据”。（40）
    1929年3月国民党“三大”召开之际，部分省市党部代表正式提交取消全国商会议案，上海等地的商民协会遥相呼应。上海特别市党部的提案由陈德征、潘公展署名，理由是：“查商会过去之历史，全由商棍操纵把持，运用其地位以勾结英帝国主义与军阀，冀危害党国。……最近全国商联会致函内外总商会、商会民字第一一四号快邮代电，措辞尤属荒谬，竟指党部之警告为无理谩骂，认为横逆，诬为罔法灭理，藉党专制，末后更为应如何团结，共御外侮等语。反动言论，一致斯极。党治下宁能容俨然以党为对垒之反动团体存在耶？”该提案明确表示：“吾党同志应于第三次全国代表大会完成第二次全国代表大会议决之使命，将全国所有一切商会、商界联合会以及全国商会联合会，迅予解散，以便集中商民力量，使站在同一战线上，共同努力国民革命，并得发展工商事业，以抗帝国主义之经济侵略，臻党国于富强之域。”（41）
    各地商会针对取消商会的提案，打响商会保卫战，希望“达到取消此项提案之目的”。全国商会联合会推举代表赴南京向国民党第三次全国代表大会请愿，先后呈交两份请愿书，重申“商会为实际革命之团体”、“商会并非土劣及买办阶级”、“商会为全国内外商民正当组织”。各地商会纷纷阐明“革命成功商会尤多赞助之力”、“商会对于革命如何工作及如何赞助，众所周知”（42）。上海银行公会、钱业公会发表宣言，坚决反对撤销商会。宣言声称：“阅此次提案，竟以语言文字之末节，吹毛求疵，罗织罪状，而于商会赞助革命之实迹，一概抹煞，是与专制之朝以文字兴大狱，有何区别？”（43）上海新药业公会公开宣言，“商会为我全体商民所组织之正式法定团体，于历史上有悠久之统系，于革命上有昭著之功绩”（44）。无论是商会还是其他工商团体，都以商会曾经支持革命、贡献突出作为理由，反对废除商会。由于诸方面的原因，国民党第三次全国代表大会最终未通过取消商会的提案。