“文化大革命”开始的时候，党内高层领导围绕着工作组的存废问题发生争论。这实质上是对进行“文化大革命”的目的和方法的争论。主要表现为对“乱”的不同看法，是要“天下大乱”与有领导、有限制、有秩序地开展运动的分歧。毛泽东是主张“乱”的。7月8日，他在给江青的信中说：天下大乱，达到天下大治。过七八年又来一次。牛鬼蛇神自己跳出来。8月23日，他又在工作会议上说：主要问题是各地对所谓“乱”的问题采取什么方针。我的意见，乱它几个月，坚持相信大多数是好的，坏的是少数。没有省委也不要紧，还有地委、县委呢！……1967年夏季他在外地观察中说：“有些地方前一段好像很乱，其实那是乱了敌人，锻炼了群众。”阴谋在“乱中夺权”的林彪更是唯恐天下不乱，他和江青一伙勾结起来，到处制造社会动乱。8月8日，林彪来钓鱼台在中央文化革命小组讲话时公然宣称，要“弄得天翻地覆，轰轰烈烈，大风大浪，大搅大闹，这半年就要闹得资产阶级睡不着觉，无产阶级也睡不着觉”。他发表过自己的“乱子观”：“乱子有两重性，这是毛主席早就讲过，有好的一面，有坏的一面。不要只看坏的一面，看不到好的一面，坏的方面可以向好的方面转化。总的方面不可能出大乱子，我们的军队很巩固，我们的生产上升，一些学生、青年他们闹文化革命，能出得了什么乱子，是不可能出大乱子的。这就是我们对乱子这个问题的看法，这就是我们的乱子观。”而党中央的多数人及党的各级领导人对这场运动的目的、方法都没思想准备，更不能理解和听从中央文革小组支持和纵容的那些狂暴、极端的言行。他们主张保持各级党组织对运动的领导，对于已经普遍出现的混乱局面能够予以控制，对于正在泛滥开来的无政府主义思潮和狂暴的行动能有一定的约束。在以往历次政治运动中，党常用派工作组的方法加强领导，发动群众。因此，派工作组就被认为是维持党的领导和社会秩序所必须采取的措施，当时派工作组在组织上也是符合党的集体领导制度的。
    “文化大革命”初期派工作组到一些单位领导运动，原是中央政治局常委扩大会议的决定，并且事先请示过在外地的毛泽东，征得了他的同意。中央文革小组不但没有表示异议，陈伯达还当了全国第一个工作组--中央派往人民日报社临时工作组组长。不久，这事却被毛泽东和中央文革小组指责为镇压群众，破坏“文化大革命”，成为刘少奇下台的直接导火线。作为中央文章小组组长的陈伯达，在这事件上扮演了极不光彩的角色。他曾洋洋自得地说：“我是第一个工作组组长，又第一个提出撤销工作组！”这句脸皮厚的俏皮话，恰好道出他是一个出尔反尔的政客。
    决定在“文化大革命”中派工作组，始于1966年5月29日中共中央政治局常委扩大会。经刘少奇、周恩来、邓小平及有关领导同志研究，决定由陈伯达率工作组去人民日报社，由河北省委书记张承先去北京大学。经报告毛泽东同意后，5月31日，陈伯达率工作组进驻人民日报社。张承先于6月1日率工作组进驻北京大学。新华社于6月3日向全国作了报道。此后，北京和全国各地区陆续派出了工作组。
    工作组受到各校大多数师生的欢迎，也遭到少数造反派的反对。江青和陈伯达、康生一伙这时乘机煽动，从中捣鬼，鼓吹“造反有理”、“打倒一切”，使群众在如何对待工作组的问题上，分成了两派，有些学校发生赶工作组的现象。这时毛泽东在派工作组问题的态度上有所改变。6月9日，他在杭州忽然对前去汇报运动情况的刘少奇、周恩来、邓小平说：“派工作组太快了并不好，没有准备。不如让他乱一下，混战一场，情况清楚了再派。”实际上，这时需要派工作组的地方都已经派去了。
    6月20日前后，北京高等院校驱赶工作组的风波达到高潮。
    6月18日，北京大学发生了乱斗现象。全校有40多名党团干部、教师、学生被斗，工作组闻讯立即赶到现场加以制止。当晚，工作组长张承先向全校作了广播讲话。他说，避开工作组乱批乱斗的做法是有害于革命的行动。今天发生的事件本身就是一场复杂的阶级斗争。他号召大家擦亮眼睛，不要上坏人的当。并宣布了几项规定，如以后批斗人要经工作组批准等。工作组并把这一事件的发生和处理经过，写成简报上送中央。20日，刘少奇将北京大学工作组制止乱打乱斗事件的简报转发全国，认为：“北大工作组处理乱斗现象的办法是正确的，及时的。各单位如果发生这种现象，都可参照北大的办法处理。”不少地方党委确实参照了北京大学工作组的办法，使乱批乱斗现象得到一定程度的控制。但以后，转发简报这件事被江青等说成是“镇压学生运动”的事件。
    6月20日，北京师范大学和北京地质学院都发生了造反派赶工作组的“六·二○”事件。针对北京地质学院造反派反工作组，国家经委第一副主任陶鲁笳、地质部副部长兼党委书记何长工指示工作组“要沉着顶住”。何长工等地质部、中央工交政治部负责人向师生讲话，批评少数人闹事、围攻工作组，指出工作组是革命的。
    6月21日，清华大学也发生反对工作组的事件。这天，工程化学系20岁的学生蒯大富在一张大字报上写批语，大意是：现在，权在工作组手里，不代表我们，要再夺权。蒯大富在前几天就提出要赶走工作组，6月24日，清华造反派在工作组召开的群众大会上批判工作组。工作组长叶林讲话，指出：蒯大富要向工作组夺权，这是一种反革命行为。6月26日，广大师生员工在清华园举行了“拥护工作组”的示威游行。根据刘少奇的指示，清华工作组进行“反蒯斗争”。
    在外地的毛泽东，看到中央转发的《北京大学文化革命简报（第九号）》，却认为“六·一八”事件不是反革命事件，而是革命事件。毛泽东在工作组问题上的变化，陈伯达和康生、江青等是清楚的。这时中央文革小组同刘少奇、周恩来、邓小平等中央领导同志之间在派工作组问题上的分歧加深了。
    6月20日，即在北京不少院校师生造反派学生驱逐工作组并已知道毛泽东态度改变了的时候，陈伯达根据江青的意见，代表中央文革小组在中央政治局常委汇报会上提出一个书面建议，其中说道：“建议全国大中学校、机关单位在适当的时候成立文化革命小组，领导文化革命运动”，“在最必要的时候，可以由上级派工作组。”他主张撤出派到各学校和各单位的工作组。
    在工作组存废去留的问题上，与会的大多数同志都不同意陈伯达的意见，会上没有讨论陈伯达的这个建议，邓小平还对他批评了一顿。
    这天深夜，陈伯达气急败坏地回到钓鱼台，先在自己的房间里哭了一场。之后，跟大家谈起此事唉声叹气，满腹牢骚。他说，我这个小组长不能干了。今天晚上邓小平同志主持会议，我在会上写了一个条子，提出取消工作组。他对我的意见根本不理，把字条往旁边一扔，不在会上讨论。我这个组长还怎么当？我非辞职不可。他还毫无道理地指责出席会议的刘志坚：“他是副组长，却不支持我！”
    以后，一连几天，陈伯达见人就发牢骚。当时人们在钓鱼台工作都十分紧张，每天都工作18小时以上，很少休息，几乎没有睡觉的时间。当时笔者还和陈伯达一起住在15楼，他在二层，我住楼下。平时只要没有会议，陈伯达比谁都睡得早。某天午夜，他被这事“气”得睡不着觉，下楼到我房间里，往沙发上一坐，又是牢骚连篇，说非辞职不可，还说他想到天津“休息”，说在那里有他的“朋友”；又“骂”周扬不该这时住在那里（笔者按：当时周扬因病在天津治疗），“害”得他不好去！这位平常一本正经的“夫子”，此刻向我讲这一些不着边际的话，只是无聊的发泄。自然无须“劝说”，只好搁下事情听他。望着他那忧心忡忡、煞有介事的神色，心里不禁闪现一种轻蔑的感觉：这同某些人“撂挑子”有什么两样！
    后来平静了一阵子，这桩事情却还没有完。7月9日，在北京召开的“亚非作家紧急会议”闭幕。周恩来总理在人民大会堂宴会厅设宴祝贺会议成功，并与刘少奇等党和国家领导人在宴会前会见参加会议的各国代表。事先，总理亲自打电话来说，要陈伯达参加会见，并叫中央文革小组全体成员出席宴会，新华社将趁此机会公开报道中央文化革命小组成立的事。我把这事告诉陈伯达，他并没有表示异议。
    这天的宴会结束很晚，回到钓鱼台办完当天的事情已近午夜。这时正是报社里紧张时刻。因为多日没回报社，就赶回去看看有什么事。不料回到报社刚一上楼梯，就有人从楼上跑下来说：钓鱼台来电话，说有要紧的事情，叫你马上回去！
    回到钓鱼台，午夜已过。径往陈伯达住处去问。他说：你给总理打个电话，说我不同意公开报道我是中央文革小组组长。
    根本没料想到，那么急迫地催我回来竟是为了这事。陈伯达房间里有直通总理的电话机，拿起来就可以通话。当时我想，既然这样着急，他为什么不直接早一点给总理打电话？隔壁住有两位秘书，楼下还有关锋这个“大”秘书，为什么不就近叫秘书打电话，却老远地把我从报社找回来？而且此事总理有言在先，他既然不同意公开小组长的身份，当初为何不说？刚才在宴会厅见到总理为何不说？何况这时宴会消息应是早由新华社发出、广播电台广播过了，叫总理怎么办？联想陈伯达近日那些牢骚，深感这是故意给总理出难题，通过总理向中央施加压力；同时大概也是检验我的态度。想到这里，我就对他说：“已经这么晚了，有关今晚会见、宴会的新闻，早都广播过了。全世界都正盯着中国的文化大革命，这时再把你的意见告诉总理，他该怎么办？如果让新华社和广播电台发出‘修改稿’，加以‘更正’，明天全世界的报纸都会把这件事作为‘头条新闻’，还会加上种种揣测和对我们的诽谤！总理太辛苦了，可能已经休息，还是别再打扰他了吧！”陈伯达听我这样讲，满脸不高兴，沉默好大一会儿，对我说：“好吧，你们都不愿意打，也就算了。”他讲“你们”，不晓得是否在我之前先曾叫别人打这个电话，别人也没有打。事后他的秘书说，在我走后，陈伯达自己还是给总理打了电话，纠缠了很长时间。总理自然不会同意他。第二天见报的这次会见和宴会新闻中，都说陈伯达是以“中共中央政治局候补委员、中央文化革命小组组长”身份出席的。同时报道周恩来在宴会讲话中有“我和康生、陈伯达、陶铸三同志一起代表中国人民和中国政府，向亚非作家们表示热烈的祝贺”这样的话。
    陈伯达关于撤销工作组的意见，在7月13、19、22日的中央会议上，又连续三次提出，主张把它全部撤销。当时与会的大多数人都不同意立即撤出所有的工作组，陈伯达的意见被否决。刘少奇以后在党的八庙十一中全会上曾经谈到陈伯达意见被否决的情况：“陈伯达同志早就提了不派工作组，提了三次……第一次提出来没有多讨论。第二次陈伯达书面提出两条，讨论时多数同志还是要工作组，我也发言要工作组，认为工作组有方便之处，要去就去，要撤就撤。当时我曾考虑，这样大的运动，北京各院校部分党组织已经瘫痪了，怕中断了党的领导不好。第三次，伯达同志又提出这个问题，又讨论了一次，多数同志还是不主张撤。我仍是以前的观点，我认为这一方法较机动，没有下决心撤，要看一看。同时，主席快回来了，回来再请示决定。”
    7月18日，毛泽东回到北京后，情况很快发生了变化。
    4月下旬在杭州召开中央政治局常委扩大会后，毛泽东仍然滞留南方。6月15日，他离开杭州西行，18日到达湖南湘潭，当天回到韶山。在韶山近旁山谷中的滴水洞宾馆住了10来天，6月28日到达武汉。直到7月16日他在武汉畅游长江，18日回京的消息在报纸上公布后，全国人民才知道他的行踪。7月8日，毛泽东在武汉写给江青的那封信，其中谈到他对整个“文化大革命”的战略设想，是研究毛泽东发动“文化大革命”全盘思路的重要文件。
    毛泽东回到北京当天，就要中央文革小组送去北京大学、清华大学、北京师范大学、中国人民大学四校有关“文化大革命”运动的简报；同时听了中央文革小组的汇报。第二天，他又听取了刘少奇的汇报，指出派工作组是错误的。毛泽东对前一阶段的运动表示不满，认为北京的“文化大革命”冷冷清清，学生运动受到压制。以后他说，回到北京后，感到很难过，冷冷清清。有些学校大门都关起来了，甚至有人镇压学生运动。谁去镇压学生运动？只有北洋军阀！共产党怕学生是反马克思主义的。他批评中央政治局常委汇报会在6月3日制定的“八条规定”，说：“内外有别”是怕革命。大字报贴出来又盖起来，这样的情况不能允许，这是方向错误。要赶快扭转，把一切框框打个稀巴烂！
    有人说，毛泽东回京后偏听偏信江青的汇报，决定撤销工作组。其实，江青一直留在上海，比毛泽东还晚两天回到北京。这年11月28日，江青在文艺界大会上说：“毛主席是7月18日回到北京的，我是7月20日回到北京的。原来应该休息几天，但是听了陈伯达同志，康生同志，以及在京的中央文化革命小组的同志们的意见，我就报告了毛主席。”
    如前所述，早在6月初旬，毛泽东就已改变对派工作组的态度。在促成毛泽东迅速决定撤销工作组的问题上，中央文革小组方面，陈伯达起了比较大的作用。