毛泽东回京不久，便住进钓鱼台第12号楼。7月24日和25日，毛泽东召集中央文革小组全体成员开过两次会。7月24日午后，毛泽东在钓鱼台12号楼召集中央文革小组全体成员和各中央局书记开会，讨论准备提交党的八届十一中全会的《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》（即《十六条》）草稿。这次是毛泽东第一次与中央文革小组全体成员见面。当时他穿着一身陈旧的白色睡衣，坐在楼下大厅中央等候大家。与会者中初次见毛泽东的人，未免怯场，大都绕到他背后去就座。凡属初见面或不很熟悉的，他都回头望着问询姓名。看来这天他比较高兴，会场里气氛也比较热烈。其后他在谈话中给中央文革小组鼓劲，说：“中央好多部，没有做多少好事，文革小组却做了不少好事，名声很大。”
    等人到齐，毛泽东说：今天各大区的书记和文革小组的成员都到了。会议的任务是搞好文件，主要是改变派工作组的做法，由学校革命师生及中间状态的一些人组织学校文化革命小组来领导文化大革命。学校的事只有他们懂得，工作组不懂。有些工作组搞了些坏事。学校文化大革命无非是斗和改，工作组起了阻碍运动的作用，我们能斗能改吗？如翦伯赞写了那么多书，你还没有读，怎么斗怎么改？学校的事“庙小神灵大，池浅王八多”。所以要依靠学校内部的力量，工作组是不行的。只有让他们自己搞，才能搞好。你也不行，我也不行，省委也不行。要斗要改都要靠本校本单位，不能靠工作组。工作组能否改成联络员，改成顾问权力太大了，或者叫观察员。现在不只是一个北大的问题，而是全国的问题，如果照原来那样搞下去，是搞不出什么名堂来的。工作组阻碍革命，也有不阻碍革命的。工作组阻碍革命势必变成反革命，西安交大不让人家打电话，不让人家派人到中央。有人插话说：北大工作组有错误。附中有40多人提出要撤销工作组组长张承先的职务。毛泽东说：有的工作组阻碍运动，包括张承先在内。
    后来他又一次指出：有的工作组就是阻碍运动，如清华、北大。
    从7月22日起，毛泽东四次派陈伯达、康生、江青前往北京大学去同师生见面，他们以“调查文化大革命运动情况”为名，挑起北大师生对“六·一八事件”的辩论，煽动群众起来反对工作组。毛泽东听取了江青等人的汇报，听了学生辩论的录音。7月22日晚上，江青和陈伯达、康生带领中央文革小组成员来到北京大学，召集全校师生参加的万人大会，支持师生造反，反对张承先为首的工作组。接着，中央文革小组成员又在7月23、25、26日连续三次前往北京大学同师生见面。
    7月25日，毛泽东又在12楼召集中央文革小组全体成员开会，指出全国95%的工作组犯了方向性的路线错误，下令撤销工作组。他说，工作组起坏作用，阻碍运动。不要工作组，要由革命师生自己闹革命。根据毛泽东的话，北京市委很快作出了撤销工作组的决定。
    当天晚上，江青和陈伯达、康生第三次到北京大学，在东操场召开万人辩论大会，揪斗工作组组长张承先。他们把对北大工作组的态度问题，提到阶级斗争的高度。康生竟在讲话中说：“有人把北京新市委派来的工作组，说成是党中央派来的，毛主席派来的。你们别听那一套，毛主席一个工作组也没有派！”学生办的造反小报上说，康生这样讲后，“革命师生豁然开朗，原来那些声称‘党中央派来’、‘毛主席派来’的工作组都是假的，肯定有人在捣鬼！”7月26日，江青和陈伯达、康生在北京大学万人大会上提出：撤销工作组，罢张承先的官。陈伯达说：“在张承先为首的工作组这个问题上，争论这么激烈不是偶然的，这是阶级斗争的反映。我们赞成许多同志的意见，我们建议撤销以张承先为首的工作组，这是一个阻碍同学们进行文化大革命的工作组，是障碍物，要撤掉这个障碍物。”接着又说：“我们第一个建议是：撤销以张承先为首的工作组。第二个建议是在你们这里成立文化革命小组、文化革命委员会。……”
    7月27日，江青和陈伯达、康生带领中央文革小组成员又到北京师范大学煽风点火。他们原已将工作组组长孙友余撤职，但仍诬蔑工作组“斗争的矛头不是对准黑帮分子，对准地、富、反、坏、右，而是对着革命的师生。”指责“孙友余在同学中造成分裂”。进而煽动说：“工作组是石头，阻挡你们前进的道路”，“你们同学要求撤销工作组，我们中央文化革命小组讨论了这个建议，觉得这是一个很好的建议。”康生也诬蔑“孙友余这个组长没有把黑帮分子紧紧抓住，而是把矛头指向了我们同学”。他还白昼见鬼，硬是闭着眼睛瞎说：“彭真大黑帮要去北大、人大准备政变，要夺取政权，孙友余却说是造谣！你们看孙友余是什么立场！同学们，你们想一想，这样替彭真黑帮辩护，应该不应该罢他的官呢？”
    7月25日，毛泽东召集中央文革小组成员开会下令撤销工作组，当天中央政治局常委汇报会即决定撤销工作组。27日，由中央文革小组起草撤销工作组的决定，毛泽东亲自作了修改。28日，即以中共北京市委名义公布这个《关于撤销各大专学校工作组的决定》（适用于中等学校）。《决定》说，“在工作组撤销之后，大专学校的文化大革命由全校师生员工分别选举，成立各级文化革命的群众组织，负责领导”。当时在造反派中流行“踢开党委闹革命”、“踢开工作组闹革命”的口号，在这个“根据中共中央指示”作出的《决定》中完全得到了肯定。
    7月29日，中共北京市委在人民大会堂召开全市大专院校和中等学校师生文化大革命积极分子大会。李雪峰宣读了北京市委7月28日的决定。邓小平、周恩来、刘少奇都讲了话。邓小平说：“必须说明，在党的北京新市委建立以后，以新市委名义向各大中学校派出工作组，这是根据中央的意见办的”，“现在市委根据毛主席、党中央的指示，撤销工作组”，“有同志说，老革命碰到新问题，的确是这样。”周恩来讲话时也说了这次“文化大革命”是“老革命遇到新问题”。最后讲话的是刘少奇。
    “文化大革命”期间，毛泽东经常住在人民大会堂西南角的118室，就在主席台后面右侧。这天会议中间，我偶尔走到主席台后面时，见毛泽东正坐在118室门外椅子上谛听前台的讲话。我见他跟我打招呼，问他怎么不到前台？他微笑着摇摇头。回到前台，其他曾到后台见过毛泽东的同志都在猜他出不出来？这时刘少奇正在讲话。他说：“我也是在党中央工作的人员之一。党中央（包括我在内）热烈支持北京高等、中等学校革命的同学、革命的老师、革命的员工进行无产阶级文化大革命”，“至于怎样进行无产阶级文化大革命，你们不大清楚，不大知道。你们问我们，我老实回答你们，我也不晓得。我想党中央其他许多同志、工作组的成员也不晓得”，“我现在要讲一句老实话，包括我在内，我们现在只能向你们学习，只能听取你们的意见，不能提出什么意见来帮助你们，我们不了解情况。”他说：“派工作组是中央决定、中央同意的。现在发现，工作组这个方式不适于当前文化大革命运动的需要，中央决定撤退工作组。”其后他还讲到：“在运动中间要保护少数，保护那些意见不同，而占少数的人。……不只是错误的意见是少数，有的时候正确的意见也可能是少数。我自己有这个亲身经验，有些意见我提得并不错，讲得并不错，结果是少数。毛主席在过去一段时期内，也有过这种情形。……”
    在刘少奇讲话结束的话音未消、还未来得及拿起放在桌上的讲稿走开的时候，毛泽东突然从后台走出来。疾步行走带出来的风，把刘少奇的讲稿扇到地毯上。刘少奇正弯腰去捡拾，毛泽东已到舞台的前沿向众人招手（他没有讲话），全场响起震耳的欢呼声。这种情景，给人们留下永远难忘的印象。
    这次会后，北京和全国都迅速撤销了工作组。但工作组的问题还没有完，中央第一线的刘少奇、邓小平长时间为此受批判。8月1日，在党的八届十一中全会上，刘少奇向全会作关于十中全会以来中央工作的报告时，对派工作组的事承担了责任。在刘少奇讲话时，毛泽东几次打断他，尖锐地批评派工作组是犯了“方向路线错误”。陈伯达接着发言时，毛泽东插话说：“工作组不管怎样是做了坏事，一不能斗，二不能批，三不能改”，“起了一个镇压群众、阻碍群众的作用；起了坏作用。一般说，就是90%以上的工作组干尽了坏事。”在8月4日中央政治局常委扩大会上，毛泽东讲话时严厉指责派工作组是“镇压学生运动”、“是路线错误”，“是一种白色恐怖，这种白色恐怖是中央发动的”。他还在插话中声色俱厉地指斥说：“牛鬼蛇神，在座的就有！”指责刘少奇“你在北京专政嘛，专得好”。
    8月5日，毛泽东写了《炮打司令部--我的一张大字报》。8月7日，全会印发了这张大字报，并附聂元梓等7人的大字报。
    毛泽东这张大字报，提出中央另外有一个资产阶级司令部，虽然没有点名，但是谁都可以看出，是指刘少奇等中央第一线负责人。自从批判《海瑞罢官》以来，斗争对象不断升级，现在终于直接点明了发动这次“文化大革命”的主要锋芒所向。
    这张大字报发表后，江青和康生等一伙即乘机攻击刘少奇，谢富治还攻击邓小平。而出席全会的多数人对它有意见，但在当时紧张的气氛中又不敢表示。
    陈伯达看到毛泽东这张大字报后，迅速写出一张《拥护毛主席的大字报》，从“理论”上加以发挥：
    完全拥护毛主席八月五日写的一张大字报。一个共产党员，在大的政治斗争的关键，忘记了群众，忘记了阶级分析，看不见阶级大变动的新动态，还进行镇压群众，这就是脱离了马克思主义的轨道，脱离了毛泽东思想的轨道，同无产阶级革命政党的方针政策背道而驰。这样做不是把无产阶级革命事业引向胜利，而是把无产阶级革命事业引向失败，引向资本主义复辟。大海航行靠舵手--毛主席把党的领导从最近一两个月的错误路线引回到无产阶级的正确路线上来，这是党的伟大胜利，无产阶级的伟大胜利，我国社会主义的伟大胜利，同时是国际无产阶级的伟大胜利。马克思曾经说过，社会主义革命可能由法国首先发动而由德国来完成，但没有实现；列宁也设想过社会主义革命可能由俄国首先发动而由德国、法国、英国来完成，但也没有实现。现实的历史可否说社会主义革命由俄国首先发动而由中国来完成呢？看看现在修正主义在苏联篡党、篡军、篡政，把苏联引向资本主义复辟的道路，那里正从革命走向反动，走向对列宁、斯大林的背叛。难道这不像人们所说国际的希望在中国吗？
    看种种因素，最关键的问题是因为我们有毛泽东思想的领导。列宁说过，没有革命的理论就没有革命的运动。确实是这样，没有毛泽东思想就没有我们这样伟大、光荣、正确的中国共产党，就没有新中国，就不能使我们新中国在世界上建成为一个伟大的社会主义的模范国家。
    现在的无产阶级文化大革命，就是为扫除资产阶级和一切剥削阶级的思想在我们社会主义道路上的障碍，让毛泽东思想能够为最广泛的群众所掌握，因而变成更宏伟的力量。我相信能够做到这样，中国的伟大成就将进一步像翻山倒海地激醒全世界。
    毛泽东的大字报印发给全会与会者前夕，毛泽东于8月6日晚要秘书通知在大连养病的林彪到会。林彪即飞回到北京，看过这张大字报，也立即表态，火上加油，就工作组问题发表了讲话：
    派工作组本身是方向路线性错误，是资产阶级反动路线的产物。工作组在某些负责人的错误领导下，一般地贯彻了“排除干扰”、“捉游鱼”，挑动群众斗群众、学生斗学生，把群众打成“反革命”的错误路线。
    工作组有几种情况：少数对上边这条路线有所抵制，但也给运动增加了种种清规戒律，束缚了群众的手脚，程度不同的犯了右倾错误。
    另一种是忠实地执行了这条资产阶级的反动路线。
    最甚的是发展了这条资产阶级的反动路线，疯狂地镇压革命群众，有意把一些革命同志打成“反革命”。这些人是政治扒手，这些工作组当权派是反党、反社会主义、反毛泽东思想的右派分子，他们与所在单位党内走资本主义道路的当权派勾勾搭搭，采取联合行动，制造种种事件。对这些必须进行坚决斗争，对其方向性路线的错误，要彻底批判。
    有些虽然撤了工作组，但其错误并未加以彻底批判，甚至由于某些人的阴谋，根本未加批判，那里的群众还未真正发动起来，打成“反革命”的同志还未平反，这些必须立即从根本上改变。
    是不是每个工作组成员都是不革命的，是反革命的？每个工作组都有右派分子？要进行阶级分析。从总体看多数还是革命的，不同程度的犯了错误，极少数是资产阶级右派分子，是反革命分子。是不是黑帮分子，要听听那些受害者的控诉，要看本单位群众的揭发，由那里群众决定。派工作组及工作组所执行的方向性路线性错误，必须批判，一切流毒必须彻底肃清。
    陈伯达这时发言异常骄横。他说：“我们这些人是旁观者，旁观者清。感到工作组进去，不必要的地方太多了。群众斗群众，学生斗学生，背后工作组起作用，它在那里坐山观虎斗。……这实际上不是进行文化大革命，是在想把那些朝气勃勃的学生都打下去，把真正积极搞文化革命的打下去。”陈伯达咄咄逼人，越说越来劲，居然指责刘少奇：“我们很多同志当了官，做什么事情就不容易听别人的意见，他的话不能侵犯。（毛泽东：神圣不可侵犯，做官当老爷惯了。）这个问题的确存在，我碰到过很多场合。他说的就算，旁人说的就不算。如果这一点不解决，我们是要发生修正主义的。”江青也在这次全会的一次小组会上怒气冲冲地说：“7月22日晚上（汇报会）……我们的组长、顾问没有发言权，讲一句话就被打断。”
    工作组的问题逐步升级，毛泽东提出了更为严厉的批评，先是认为工作组犯了方向、路线错误；以后，工作组又被作为“资产阶级反动路线”的具体体现和刘少奇的一大罪状，受到了长时间的批判。陈伯达对刘少奇的指责也更加激烈，曾在这年10月的中央工作会议上说：“他们在这场触及人们灵魂的大革命中把国民党的‘训政’搬出来了，他们把群众当成阿斗，把自己当成诸葛亮。”陈伯达始终抓住这个问题不松手，直到将刘少奇彻底整垮。
    但是，历史终于无情地否定了陈伯达。1980年2月29日，党的十一届五中全会通过的《关于刘少奇同志平反的决议》中特别指出：文化大革命初期，派工作组到一些单位指导运动，是我党多年来解决基层问题的一种做法，不存在一条由刘少奇同志制定和推行的“资产阶级反动路线”。这就为当年的工作组的问题作了结论。