战争指导思想，也是《吴子》战争观念中的有机组成部分，通观《吴子》全书，可知其核心内容是“内修文德，外治武备”。即正确处理政治与军事之间的关系，在修明政治的前提下，加强军事建设，为从事封建兼并战争创造必要的条件。具体地说，一是要“先教百姓而亲和万民”，推行“道、义、礼、仁”四德，搞好内部的团结和统一，达到“四和”的境界，“和于国”“和于军”“和于阵”“和于战”。二是要做到使“贤者居上，不肖者居下”，重用有贤德和有才能的人，选拔他们担任要职，以利治国安民。三是要做到使“民安其田宅，亲其有司”，即确保民众安居乐业，亲近政府，以利发展生产，保持国家的稳定。四是君主要关心民众，爱护民众，“爱其命，惜其死”，以争取民众的拥护和爱戴。同时，作为君主要虚怀若谷，善于纳谏，不搞唯我独尊。五是要建设一支强大的军队，以确保己方在激烈的兼并战争中占有军事上的优势，实施防御能做到稳如磐石，坚不可摧；实施进攻，则能够所向披靡，克敌制胜，“投之所往，天下莫当”。
    总而言之，《吴子》的战争观念，适应了新兴势力夺取政权、巩固政权和从事封建兼并战争的需要，具有相当显著的进步色彩。
    (二)“以治为胜”的治军理论
    通过对治军实践的总结，《吴子》提出了独具特色的治军理论，其核心是“以治为胜”。《吴子》认为军队能否在战场上英勇杀敌，夺取胜利，关键不在于其人数的多寡，“若法令不明，赏罚不信，金之不止，鼓之不进，虽有百万，何益于用。”而在于是否做到治理严格。而严格治理的具体标准，反映为军队在驻扎时有严格的纪律，展开行动时威武雄壮、震慑敌胆，投入进攻时敌人无法抵挡，实施退却时敌人无法追赶，前进或后撤时秩序井然，向左向右运动时听从命令，即使被敌军分割阵势也不混乱，即使被敌军冲散战斗行列也能迅速恢复；其将领能与普通士卒同安乐、共危难，做到上下一心，团结一致而不可分离，连续作战而不会疲沓，“居则有礼，动则有威，进不可当，退不可追，前却有节，左右应麾，虽绝成陈，虽散成行，与之安，与之危，其众可合而不可离，可用而不可疲。”一旦达到这些标准，军队就能称为“父子之兵”，就可以“投之所往，天下莫当”，为进行兼并战争提供保证。
    基于“以治为胜”的坚定理念，《吴子》进而系统阐述了治军的具体要求。
    第一，主张“教戒为先”。《吴子》重视对军队宫兵开展思想教育，这就是所谓的“教之以礼，励之以义”，认为只要士卒有了羞耻之心，军队无论攻守，都能得其所宜，“夫人有耻，在大足以胜，在小足以守”。同时《吴子》也非常重视军队的军事训练，指出将士在作战中战死往往是由于其军事技能不熟练，作战失败的原因也多由于战术要领没有掌握，“夫人常死其所不能，败其所不便。故用兵之法，教戒为先”。为此，它提出了一整套具体的训练方法，指导平时的训练活动，内容包括单兵技艺训练、战术训练、阵法变化训练等等。
    第二，提倡“严刑明赏”。《吴子》主张从严治军，强调用严格的军纪军法来约束将士，使军队的一切行动“任其上令”，即坚决服从上级的命令。做到“令行禁止，严不可犯”。对不从令者要予以诛戮，以整肃军纪，在军事奖惩上要做到“进有重赏，退有重刑”。对善于使用各种兵器，身强力壮，行动敏捷，“志在吞敌”的人予以不次拔擢，“必加其爵列”。以此激励士气，鼓舞斗志。并强调在实行“重赏”“重刑”之时必须做到“行之有信”。
    第三，强调“简募良材”。《吴子》提倡组建特种精锐部队，以防备、应付突然不测事件，“简募良材，以备不虞”。为此，吴起曾建议魏国统治者“聚卒”“练锐”，即把士卒中勇敢强壮者编为一队，把乐意拼死向前者编为一队，把善于越高奔远、轻捷善走者编为一队。认为一旦拥有这样的劲旅，便可以无往而不胜。《吴子》同时还主张根据军队将士的身材高矮，体魄强弱，秉性勇怯，智力优下等情况进行合适的分工，以发挥各人的特长，具体做法是“短者持矛戟，长者持弓弩，强者持旌旗，勇者持金鼓，弱者给厮养，智者为谋士”。
    第四，提出“总文武者，军之将”的为将标准。《吴子》十分重视将领在战争中的地位和作用，认为“良将”关系到国运的盛衰，军队的安危，“得之国强，去之国亡”。为此它对将领提出了严格的要求，总的原则是要文武兼备，刚柔相济，“总文武者，军之将也；兼刚柔者，兵之事也”。具体地说，为将者要有为国献身的高尚情操，“受命而不辞，敌破而后言返”，“师出之日，有死之荣，无生之辱”；具备爱护士卒的慈祥之心，能够与士卒同甘共苦；树立威严，善于号令和指挥部队；善于做到“五慎”：“一曰理，二曰备，三曰果，四曰戒，五曰约”：能够掌握气机、地机、事机、力机等“四机”，即在对敌作战中掌握士气，利用地形，运用谋略，提高战斗力。总之，是为将者的威严、胆识、品德、才干，要足以统率部队，安抚士卒，威震敌军，战胜攻取。
    由此可见，《吴子》的治军思想是相当系统完备的，举凡治军原则、教育训练、军纪军法、赏罚手段、精兵建设、选将任将等问题，均有深入的阐述。其中不少合理的思想内核，直至今天仍有一定的借鉴价值。