倪德卫却从另一个角度评论断代工程与政府的关系。他认为西周年代学还有很多基本问题未能取得共识，断代工程匆匆发表一张不成熟的年表，是受政治影响所至。更遗憾的是，这样一个不能令人满意的结果竟然是在中国政府的权威领导下出现。这样一来，不单让中国政府的权威承担不必要的风险，还鼓励非专门从事年代学研究的专家、学者、博物馆人员、学生和记者等，不经思考地接受这个年表。任何年代学的研究成立与否，都应该通过严格的论证，不能依靠政府权威。
    为此，李学勤在私下讨论和公开发言时，都明确地指出工程一直贯彻“政府支持，专家负责”的原则。断代工程虽然有政府背景，但年表中的每一个年代，都是专家们独立探索的结果，政府并没有暗示某个年代要如何定，专家们的意见也没有受政府左右。
    （二）整合文献与考古材料的困难
    如何整合文献与考古材料是断代工程在方法论上的一项挑战，这问题值得我们深思。
    李学勤承认整合文献与考古材料的困难。他说：“各个时间所遗留的材料和信息，在性质和数量上互不相同，研究这些时期所能采用的方法手段也不一样。怎能把有关的研究结果综合起来，形成前后一贯互洽的年表，相当困难”。面对这项挑战，李学勤指出断代工程采用多学科的综合研究办法。他说：“夏商周断代工程研究方法的特点，是把与年代学有关的考古学、历史学、古文字学、天文学和科技测年技术等学科结合起来，进行多学科、多角度、多层面的研究。工程的各个课题和专题，都尽可能要求不同学科的学者共同承担”。
    断代工程的研究途径，不外从文字材料（包括古代文献、甲骨文和金文）和考古（包括碳十四测年）出发。工程根据夏、商及共和以前的西周这几个历史阶段的不同情况，分别确定了以下的具体目标：“西周共和元年（公元前841年）以前各王，提出比较准确的年代；商代后期武丁以下各王，提出比较准确的年代；商代前期，提出比较详细的年代框架；夏代，提出基本的年代框架”。
    倪德卫则提出历史文献定年与考古测年是两种完全不同的手段，是难以整合的。考古的绝对年代是通过碳十四测年技术获得，透过累积性的工作，一步一步接近真实的年代。我们可以说：“这是目前的结果，我们希望以后能做得更好”。他还指出，碳十四测年的结果永远是不完美的，现在的成果可以为将来打下基础。依靠文字材料定年则不一样，所定出的年代只有对或错，如果错了，惟有推倒重来。
    （三）碳十四年代数据拟合后的可信度
    碳十四系列数据拟合是一种崭新的校正程序，拟合后不单使日历年代的误差大大缩小，可信度也可大大提高。夏商周断代工程的系列数据法是今后考古工程碳素测年的典范。
    邵东方引用了蒋祖棣的看法，指出断代工程的碳十四年代数据只取一个标准差，因此夏商周年表的碳十四拟合数据只有68.3%的信度。在自由提问时，有听众提出类似问题。可见海外学者对碳十四系列数据的拟合普遍还欠认识。对此，仇士华作了全面的回答。
    仇士华指出，最理想的系列样品是来自树轮可清数（就是从树皮往内的年轮清晰可数）的原木，如有50个或以上的年轮，则可象建立树轮校正曲线一样，每10轮取一个样品，连续取五个或以上的碳样，测出其碳十四年代数据。因为我们知道两个相邻样品的真正年代相距是10年，当综合考虑这五个测年数据，一些不互洽的、矛盾的年代的可能性因此减低。这个新的概率，或称为后概率，是利用贝叶斯数理统计法得出的。经过与树轮校正曲线拟合，国际上有实验室能把木头生长的年代定准到误差不超过±5年，而这个数字的后概率差不多达到百分之一百（注：Kojo,Yasushi,Robert M.Kalin,and Austin Long,High-precision"wiggle-matching" in radiocarbon dating,Journal of Archaeological Science,21,pp.475-479,1994.）。对于按文化分期或地层连续的系列样品，在相邻时间间隔上，虽然不象树轮系列那样规整，但在时代上的早晚次序是明确的，也同样可以拟合，虽然获得的日历年代误差与可信度不如原木。
    在碳素测年这个问题上，倪德卫指出所测定的年代并不是历史事件的年代，而是测定与事件相关的含碳物质，如棺木、人骨、兽骨等，所以碳十四年代与历史年代之间有不确定的因素。仇士华承认碳十四测年要与考古工作紧密配合，考古遗存与历史事件的关系全靠考古学家的考订。