戊戌七月初十日陈鼎的《别论》第二次由翰林院代呈给光绪帝。光绪帝即命军机大臣与总理衙门大臣“悉心阅看，妥议具奏”。当时，正值百日维新高潮之际，军机处与总理衙门需要议复的条陈甚多，而且，陈鼎的建议又涉及许多重要的方面，因此《别论》一直悬而未议。直到戊戌政变爆发，政治风云突变，六君子血洒菜市口，康、梁等亡命日本，许多与变法有牵连的人士都被革职监禁，京师一片恐怖。陈鼎因为在百日维新中与康有为并无瓜葛，而且，他的《别论》是奉诏进呈，因此，慈禧、徐桐等守旧势力没有立即对陈氏进行处置。然而，当时的政治局势发展愈来愈对改革派人士不利，陈鼎忧心忡忡，足不出户，担心厄运到来。
    从戊戌政变失败到庚子义和团事件爆发是晚清历史上最黑暗、最恐怖的一段时间。守旧势力极为猖獗。他们钩稽党籍、倒行逆施，由仇恨改革、痛恨新党，演变为对在一定程度上支持庇护康、梁等维新派人士的外国势力的疯狂仇视。顽固派被一时得势冲昏了头脑，他们极力主张一切复旧，停止改革；他们还主张关起国门，称王称霸。更有甚者，翰林院掌院学士徐桐由于受到慈禧的纵容与宠爱[35]，公然提出断绝与各国往来，杀尽在华洋人[36]。当然他更不放过在他所管辖的翰林院里鼓吹向外国学习，与西方合教、通婚的陈鼎。据时人记载，徐桐掌翰林院时，“日戒所属毋用洋货、服洋药”，“凡门人言新政者，皆屏不令入谒”[37]。在他看来，陈鼎已经走得太远了，这是无论如何不能容忍的。
    光绪二十六年正月，陈鼎的厄运终于来临。是月初，徐桐等保奏翰林院侍读学士宝丰品学可信，初八日宝丰即奉命在弘德殿行走，照料大阿哥读书。二十日，翰林院侍讲学士陈秉和请禁言利异端，躬行节俭。陈折未见，疑系徐桐授意，弹劾陈鼎等人。陈秉和折递上之后，清廷颁布密令，从严惩处陈鼎等人。该谕旨称：“寄翰林院、崧蕃、丁振铎、鹿传霖、俞廉三、陆元鼎：翰林院编修陈鼎、检讨吴式钊、编修沈鹏等，著崧蕃、丁振铎、鹿传霖、陆元鼎，饬地方官监禁。陈鼎现在京，翰林院传送刑部，解交俞廉三监禁，吴式钊如在京一律办理。二月初九日清廷再次密寄鹿传霖、丁振铎、俞廉三、陆元鼎：“编修陈鼎等，永远监禁在省，迅饬管狱各官仍不时认真巡查，毋任与地方人往来交接。”[38]
    清廷对陈鼎等人的惩处，是戊戌政变后守旧派对翰林院中同情变法人士的一次清洗。与陈鼎同时被监禁的沈鹏，字诵棠，号翼生，又号北山，江苏常熟人。光绪甲午进士，翰林院编修，以博学儒雅而闻名于世，与翁同龢关系至为密切。改革失败后，沈氏目击时艰，对慈禧、荣禄等反变法势力极为不满，恒思有所见白，遂于光绪二十五年冬，冒死上书，弹劾“三凶”。三凶者，荣禄、刚毅、李莲英之谓也。徐桐拒绝代奏沈氏折稿，沈鹏则将其发表在天津《国闻报》上，朝野为之轰动。另一位被监禁的翰林院官员吴式钊，同样以同情变法被逐，后又以图谋开复而出卖有名的改革派人士沈荩，以至声名粮藉。陈鼎被赶出京师之后，处境每况愈下，身心俱受摧残，三年后虽遇赦获释，但不久即与世长辞。人们在他的身上看到了晚清知识分子所遭悲剧的缩影。
    注释：
    [1]陈鼎：《校邠庐抗议别论·序》，戊戌进呈本。
    [2]上海图书馆编《汪康年师友书札》第4册，上海古籍出版社1989年版，第4113页。
    [3]《汪康年师友书札》第4册，第3981-3982页。
    [4]《汪康年师友书札》第2册，第2063页。
    [5]《汪康年师友书札》第2册，第2062页。
    [6]康有为：《日本变政考·序》。
    [7]《汪康年师友书札》第2册，第2063页。
    [8][9]中国近代史资料丛刊《戊戌变法》第4册，第144、343页。
    [10][11]《戊戌变法》第2册，第430、40页。
    [12]李侃、龚书铎：《戊戌变法时期对〈校邠庐抗议〉的一次评论--介绍故宫博物院明清档案部所藏〈校邠庐抗议〉签注本》，《文物》1978年第7期。
    [13]《清德宗实录》卷四二三，第16页。
    [14]《随手登记档》，光绪二十四年秋季档，中国第一历史档案馆藏。
    [15]《戊戌变法》第2册，第62页。
    [16][17]陈鼎：《校邠庐抗议别论·序言》。
    [18]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [19]《校邠庐抗议别论·序言》。
    [20]《戊戌变法》第2册，第85页。
    [21]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [22]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [23]康有为：《请断发易服改元折》，《戊戌奏稿》，第63-64页。
    [24]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [25]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [26]康有为：《请商定教案法律，厘正科举文体，听天下乡邑增设文庙，以尊圣师而保大教折》，《杰士上书汇录》卷二。
    [27]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [28]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [29]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [30]《校邠庐抗议别论》第二十四篇《善驭夷论》。
    [31]《校邠庐抗议别论·序言》。
    [32]《校邠庐抗议别论》第六篇《复乡职论》。
    [33]参阅前引李侃、龚书铎文。
    [34]谭嗣同：《仁学》，见蔡尚思、方行编《谭嗣同全集》下册，第334页。
    [35]沃丘仲子：《近代名人小传·徐桐传》谓：“能崇正学，黜康、梁，孝钦以其年耆硕学，倚之以收士论，尊礼若保傅，朝谒令近侍扶掖，欲使参机务。”见该书上册，第113页。
    [36]徐桐：《宜顺民心尽戮各省洋人折》，中国第一历史档案馆藏；又见王晓秋编《光绪二十六年庚子军机处档案钞》，《北京大学图书馆馆藏稿本丛书》第16册，第575页。
    [37]《近代名人小传·徐桐传》上册，第113页。
    [38]王晓秋编《光绪二十六年庚子军机处档案钞》，《北京大学图书馆馆藏稿本丛书》第16册，第522-523页。