然而，中国古史分期讨论的局限性或讨论中出现的某些缺陷也是有目共睹的。首先，它造成了先秦史研究在研究范围上的某种狭窄。由于社会形态问题主要涉及经济领域，尤其是其中的阶级结构与剥削方式，大家集中精力于这方面的问题，别的方面的研究相对有所欠缺或忽略。尤其是社会生活，包括社区、家族、婚姻、祭祀、宗庙等方面的内容，以及文化史中有关宗教信仰、价值观念、文化习俗等类课题，可以说少有人问津。而这些方面的研究，对于中国这样一个有着特殊社会结构及文化传统十分悠久的国家来说，则是不可或缺的。其次，由于这场讨论是在中国按“五种社会形态”依次演进并经历了奴隶制社会的前提下进行的，因而对某些不利于说明中国经历了奴隶社会或是按“五种社会形态”顺序发展的史实往往采取了回避态度。如对于中国古代农村公社问题，郭沫若就曾表示：“如果太强调了公社，认为奴隶社会的生产者都是公社成员，那中国就没有奴隶社会了。”（《关于中国古史研究中的两个问题》，载《历史研究》1959年6期）在这种态度下， 自然很难做到对有关问题完全实事求是。在理论的探讨上，则出现了为了说明中国存在过奴隶制而放宽对于“奴隶”、“奴隶社会”的界定的做法，这也很难说是一种对马克思主义理论严肃认真的态度。再次，是政治对于学术的不适当的干预。在1957年的反右斗争中，曾经对雷海宗、李鸿哲等人否定奴隶社会的主张进行过批判，雷海宗、李鸿哲也因此被划为右派。1960年，又因为要维护郭沫若的战国封建说，把尚钺的学术观点当做“修正主义”进行批判。这些，不仅影响了古史分期讨论，也影响了整个学术研究的正常开展。
    与古史分期讨论并行，先秦史其它专题及断代方面的研究也在开展。然通观全局，本期先秦史研究的成就主要体现在对于考古发掘资料直接进行的各种研究上，特别是利用甲骨文、金文进行的商周史研究上。其中甲骨学商史方面的主要研究成果，当推1956年陈梦家发表的《殷墟卜辞综述》（科学出版社）。这是一部利用已发布的甲骨卜辞资料对甲骨学及商史有关问题进行全面研究的总结性的著作。其中对于甲骨卜辞的分期断代、卜辞所见商代的亲属制度、宗教制度、继承制度、祭祀制度、方国地理、政治区划、年代与历法天象、农业与社会生活、宗教乃至居民的身份等，都有详尽的分析。该书至今仍对该领域研究有重要的参考价值。此外，丁山的《甲骨文所见氏族及制度》（附《殷商氏族方国志》，科学出版社，1956年）、李学勤的《殷代地理简论》（科学出版社，1959年）也分别对殷卜辞所见之氏族方国及有关地理地名进行了考证。在论文方面，利用甲骨卜辞探讨商代农业的一组文章颇引人注目，其中有胡厚宣的《殷代农作施肥说》（《历史研究》1955年1 期），于省吾的《商代的谷类作物》（《东北人民大学学报》1957年1 期）、《从甲骨文看商代的农田垦殖》（《考古》1972年4 期）和张政烺的《卜辞裒田及相关诸问题》（《考古学报》1973年1期）。 有关商代氏族与亲属制度的文章，则可举张政烺的《古代中国的十进制氏族组织》（《历史教学》1951年3、4、6 期）及李学勤的《论殷代亲族制度》（《文史哲》1957年11期）。有关商代宗教的文章亦可举胡厚宣的《殷卜辞中的上帝和王帝》（上、下，《历史研究》1959年9、10期）和《甲骨文商族鸟图腾的遗迹》（《历史论丛》1辑，中华书局，1964年）。此外，王玉哲的《试论商代兄终弟及的继统法与殷商前期的社会性质》（《南开大学学报》1956年1 期）亦是一篇很有影响的论文。
    比较起来，利用青铜器铭文研究周代有关制度及史事的文章又较前者更多一些。这不仅因为传世金文早就引起学者的关注，更由于建国以来新的金文资料不断出土，吸引学者对新出现的问题加以探讨的缘故。首先，作为金文研究基础的青铜器分期断代的著作，有两种最引人注目：一是陈梦家于50 年代中发表的《西周铜器断代》（《考古学报》总9-10册，又1956年1-4期），一是唐兰于60年代初发表的长篇论文《西周铜器断代中的“康宫”问题》（《考古学报》1962年1期）。 前者属系列组合论文，其将有关西周重要史实的金文串联在一起，根据铭文内容、器形、花纹等特征，逐一考察它们所属的王世。惜人为原因的干扰，该项工作只做到西周中期的懿孝之世。后者以金文中的“康宫”为康王之庙作为立论依据，以此建立周初铜器的断代体系。这两者可以说基本代表了对西周前期铜器断代的两种不同观点。在利用具体铜器铭文研究周史方面，一些著名的传世铜器继续受到关注，人们利用它们考察周代的分封制度（大盂鼎）、土地关系（克鼎）、宗法关系（琱生簋）、政治状况（毛公鼎）、经济制度（曶鼎、倗生簋）、等级身份（令簋、曶鼎）、军事及军制（班簋、禹鼎）、民族关系（虢季盘、兮甲盘）、礼制与思想（天亡簋）、人物事件（令彝、令簋）等等。然对于新出铜器铭文资料的重视程度显然超过了传世铜器。往往是一件新的长铭铜器出土，即马上有众名家为之注释、考证，发掘其中史料价值。如50年代初江苏丹徒发现的宜侯矢簋铭文，记有周初改封虞侯至宜地等重要史实，旋即有郭沫若、陈梦家、唐兰等数家为之做注、考释。其后陕西眉县发现的盠彝及盠驹尊，由于上面分别记有与西周军制有关的一些史实及当时实行的一种“执驹”的礼仪，更引起学者的重视，注释者蜂起，并由此引发于省吾、杨宽等人关于周代“六师”、“八师”军队设置性质问题的讨论。1959年陕西兰田出土的询簋亦以其丰富的铭文内容吸引诸多学者的注意，特别是上面提到的具有“虎臣”与“庸”的身份的诸多夷人更引起学者兴趣，先后有郭沫若、王祥（即陈梦家）、黄盛璋、陈世辉等人著文对虎臣与庸的身份进行考察。“文革”结束前，陕西岐山董家村出土著名的裘卫诸器，其中卫盉、五祀卫鼎、九年卫鼎皆载有西周贵族土田交易之情形，匜则前所未有地谈到了西周刑法制度的一些具体执行情况，由是引起学者对西周土地制度及刑罚制度探讨的热潮，有关讨论一直进行到“文革”结束以后。
    其它春秋战国时期的古文字资料亦有不少引起学者注意并为之进行探研，如长沙仰天湖及信阳长台关出土的楚简、寿县新出蔡侯铜器、寿县出土之鄂君启节、长沙出土之楚缯书、侯马出土之东周盟书等。特别是1965-1966年在山西侯马晋国故城出土的大批东周盟书，记载了春秋末期晋卿赵简子与其政敌斗争之史实，学者不仅利用它们来考察当时激烈的社会变动情况，也据以探讨当时贵族间经常举行的这类盟誓的仪节。
    本期先秦重要考古发现当然不仅限于古文字资料，还有许多其它田野考古发掘资料。其对历史研究产生重大影响者，如50年代初安阳殷墟武官村发掘的商王大墓，其中有关人殉的资料曾引发了史学界关于商代人殉人祭的讨论；50年代前期开始发掘的郑州商代遗址和郑州商城，向人们展示了一幅商代前期王朝都城的图景，但它到底是商代前期的毫都或是商王仲丁所迁之隞都，则在学者中有着不同认识；之后在河北邢台、藁城台西、湖北黄陂盘龙城等地发掘的商代遗址及在山东、山西、安徽、湖南、江西等地出土的商代铜器等资料，亦向人们展示了商代各地众多方国的情况，由是引起人们对商代疆域及地方文化的重视；从50年代起开展的陕西长安沣镐遗址的调查和发掘，则不断为学者提供研究周文化的线索；洛阳东郊一带西周墓葬和铸铜遗址的发掘，亦为研究这座西周时期的东都的居民状况提供了有价值的资料；此外，河南三门峡上村岭虢国墓地的发掘，除证实《汉书·地理志》“北虢在大阳”的地望之外，同时证实了此虢国乃西周畿内虢叔（西虢）之后虢季氏的一支所建；其它有关东周列国都城，如洛阳东周王城、临淄齐国故城、新郑郑韩故城、易县燕下都和邯郸赵国故城等遗址的勘探与发掘，皆具有重要的历史研究价值，直到今天仍为学者研究东周文明经常引用。