四十年代以后，对于太平天国史的研究并不是马克思主义的一统天下。有的学者对马克思主义提出异议，认为马克思主义阶级斗争的学术不适用于中国，主张以客观主义研究太平天国。据此，有的学者认为太平天国破坏性和毁灭性极大，仅亚于日寇侵华，提出“战争破坏论”。
    新中国成立到“文革”前是太平天国史研究蓬勃发展的时期。
    1951年1月11日，《人民日报》发表社论，纪念太平天国起义100周年。社论充分肯定了太平天国农民战争反封建反侵略的伟大意义，歌颂了太平天国爱国主义的英雄业绩，并深刻分析了太平天国失败的原因和教训。《人民日报》社论指出，太平天国农民领袖虽然提出了反封建的土地要求，但由于农民阶级制定的绝对平均主义的方案违反了生产力发展的历史规律，所以实质上具有反动性。《人民日报》社论阐明了研究太平天国史的马克思主义理论体系，认为研究太平天国史可以为我们建设社会主义提供宝贵的经验。
    建国以后的一段时期，对于太平天国的研究多数是实事求是的，但也不泛对太平天国的美化，对农民领袖的拔高，存在“以今例古”的偏向。有的学者将共产党领导下农民翻身得解放的生活比拟太平天国治下的人民生活。有的学者甚至编造了歌颂太平天国农民领袖的歌谣，例如有一首歌颂李秀成的歌谣说：
    “青竹竿，白竹台，欢迎忠王到苏州来。
    杀脱张和两强盗，我伲农民好把头抬。”
    “毛竹笋，两头黄，农民领袖李忠王。
    地主见了他象见阎王，农民见了他赛过亲娘。”
    （《太平天国史学导论》，学宛出版社，第9页。）
    这首歌谣阶级阵线如此分明，很难让人相信它出自100多年前文化不高的农民之口，显然是出于美化太平天国的刻意编造。
    对于刻意美化拔高太平天国的倾向，一些历史学家表示了不同意见。五十年代初，有学者引用江苏常熟发现的太平天国时期的文物“报恩牌坊碑序”赞扬太平天国。该序称当时太平天国治下的常熟“禾苗布帛，均出以时；士农工商，各安其业。平租庸之额赋，准课税之重轻。春树万家，喧起鱼盐之市；夜灯几点，摇来虾菜之船。信民物之殷阜，皆恩德之栽培。”（《太平天国史学导论》，学苑出版社，第9页。）祁龙威在《光明日报》撰文《从“报恩牌坊碑序”问题略论当前研究太平天国史工作中的偏向》。祁文说，当时的常熟控制在以钱桂仁为首的太平军将领之手，他们勾结清政府，对农民横征暴敛，并阴谋叛变。为了迷惑李秀成，他们树立了“报恩牌坊碑”，序文华丽的内容是一幅虚构的假象。祁文批评了美化太平天国的主观主义论点，主张对太平天国史的研究要实事求是。
    美化太平天国，拔高农民领袖的做法在“文化大革命”时期可谓达到了登峰造极的地步。对太平天国的赞词，对农民领袖的颂歌，廉价地被拍卖。旧式的农民战争被说成是新民主主义革命，洪秀全等被称之为革命领袖。甚至以洪秀全划线，以此区分太平天国历史人物的功过。洪秀全头顶佛光，被吹捧为“千古完人”；而杨秀清因为“逼封万岁”，李秀成因为写了《自述》，一一被判为死刑。“四人邦”甚至别有用心地将矛头对准杨秀清，映射攻击周恩来。
    研究太平天国史的专家学者中有许多人走过这样的弯路，其实，这不是这些专家学者的错，这是那个特定的历史时代所造成的不切实际的唯心主义的倾向。
    十一届三中全会以后，太平天国史的研究同其他学科一样，取得了前所未有的成绩和进展。学者们敢于打破种种人为设置的禁区，对太平天国、对洪秀全进行全面评价和研究。太平天国和洪秀全的历史功绩在被肯定的同时，太平天国和洪秀全的若干黑暗面也被无情地曝光。这一时期对太平天国史的研究，应当说基本上是实事求是的。
    对太平天国持否定态度的人大多提出太平天国曾经毁庙宇、坏神像，是对中国传统文化的反叛和破坏，即所谓“战争破坏论”。可以说，除了清政府的有意掩饰和诬陷之外，史料所载太平天国毁庙宇、坏神像等，多是不争的事实。孙中山当年褒扬太平天国的时候，国民党右派就有人提出太平天国破坏中国文化传统，不值得褒扬。其实，不仅太平天国，历史上的农民起义和农民战争对中国传统文化都曾经造成一定的破坏，都存在“战争破坏”的现象。如何看待历史上的农民战争对传统文化的破坏呢？
    研究太平天国史的专家学者无须为太平天国掩过饰非，问题在于我们应当站在什么立场上审视太平天国，是站在正统的立场上还是站在人民的立场上？
    站在正统的立场上看，太平天国的罪恶何止是是对中国传统文化的反叛和破坏，太平天国横扫了大半个中国，严重地动摇了清王朝的统治。清王朝为了镇压太平天国和其他农民起义，前后开支军费422,295,959两白银，造成清王朝财政危机的严重。而庞大的军费开支转嫁给人民的结果，又加剧了清王朝与人民大众的矛盾。
    关于农民起义在中国历史上的作用问题，虽然说不上是火车头，但正是周而复始的农民起义和农民战争或多或少地推动了历史前进的车轮。太平天国与历史上的农民起义一样，她不可能一举冲跨封建制度，带领中国冲出中世纪，走向近代化。
    告诉我们：不论农民起义成功或是失败了，中国还是封建社会。这就是农民起义的历史局限性。太平天国与历史上的农民起义一样，她只是少数人改朝换代的工具。
    满族人的旗袍经过改制，成为三十年代的摩登；三十年代的旗袍经过再改制，又成为新世纪的时髦。所谓对于太平天国研究的新观点、新认识不过是改制的旗袍罢了。毛泽东与《人民日报》社论对太平天国在中国历史上的定位并没有过时，太平天国是近代中国反封建反侵略的爱国主义运动。方之光说，神化太平天国不是实事求是的态度，同样，鬼化太平天国也不是实事求是的态度。