当刘师培讴歌资本主义的时候，他不能清醒地认识到，资本主义依然是一种剥削制度，它依然是一种不平等、不公正的社会。当他摒弃资本主义的时候，不能理智地认识到，资本主义是人类历史进程中的一个必经阶段，是一个不可逾越的阶段，相对于封建主义来说，它是历史的巨大进步，人们曾经欣喜地发现，刘师培接触过马克思主义的一些学说。他也承认，人类社会之初并无阶级，只是到了后来，才渐次出现了奴隶社会、封建社会、资本主义社会；人类的生产工具也相应地由石器进到青铜器、铁器，再进到大机器生产。他介绍过马克思的剩余价值学说（尽管不尽准确），承认阶级斗争“固不易之说”[11]。在他主办的《天义》报上，甚至还刊载过“经济变迁实一切历史的枢纽”的结论。[12]他一度接近了历史唯物论的边缘。但是，他终究是进化论者，是历史唯心论者。他无法认清历史发展的真正原因，从而一厢情愿地得出了结束清朝统治以后中国应立即实行无政府主义的结论。无政府主义理论上是荒谬的，实践上是有害的。刘师培的无政府主义曲高和寡，遭到了革命党人的质疑和批判。1908年上半年，日本无政府主义者遭到逮捕镇压，与刘师培一起发起成立无政府主义团体“社会主义讲习会”的张继，因为与日本无政府主义者过从甚密而遭追捕，被迫逃亡法国巴黎；与他一起狂热鼓吹无政府主义的章炳麟宣称无政府主义“与中国现状不相应，是亦无当”[13]，退出“社会主义讲习会”，与无政府主义决裂。这一年，日本政府先后查封了刘师培主办的无政府主义宣传刊物《天义》和《衡报》。他的无政府活动四面楚歌，陷入了绝境。
        民主主义、无政府主义都接受过了，宣传过了，又一种种被否定了，或者说走不下去了，还有什么主义可以试验呢？前途何在？出路何在？
        简单的比附等同造成了他理论上的肤浅、随意、多变，进而导致了他民主信念的动摇。信仰的理论支撑瓦解了，革命的精神支柱崩坍了，刘师培徘徊、傍徨在人生的十字路口。
        三卷入纷争，失却团体
        刘师培于1904年冬加入光复会，约在1905年冬或次年初加入同盟会，1907年初见到了孙中山。这年2月，他因反清活动遭通缉，再次东渡日本，到了东京。也就在这时，发生了日本政府驱逐孙中山的事件。同盟会在东京成立以后，革命蓬勃发展，清政府照会日本政府，要求逮捕并引渡孙中山。日本政府既不愿开罪清政府，也不愿过分开罪孙中山，于是秘密送给孙中山8千元，又由民间人士出面，公开资助1万元，将孙中山礼送出境。2月25日，日本朝野人士为孙中山饯行，孙中山率同盟会总部及下属各部负责人黄兴、章炳麟、胡汉民、汪精卫、田桐、张继等赴宴，刘师培也在赴宴者之列。初到东京的刘师培，受到孙中山及同盟会总部的如此器重和礼遇，不在中枢而实居中枢，兴奋、自豪之情，可以想见。他信心倍增，激情满怀，很快写出了《普告汉人》、《悲佃篇》、《辨满洲非中国之臣民》、《清儒得失论》、《利害平等论》等一批极有分量的文章，陆续发表于《民报》，“义正辞严，深为海内外称赏”[14]（p214）。不幸的是，他很快卷入了同盟会内部的纷争，与孙中山发生了分歧。
        同盟会是在兴中会、华兴会、光复会和科学补习所等革命团体联合的基础上成立的。由于在革命纲领、目标、策略认识方面的差异，以及并未完全消失的小团体意识，内部的争议始终没有停止过。3月，孙中山离开日本时，将所获赠的两千元留作《民报》费用，其余全部带走，供作策划武装起义之用。章炳麟是《民报》负责人。那时，《民报》的经费很困难，章炳麟认为留下的经费过少，颇为不满；又听说孙中山接受了日本政府的秘密赠款，而此事孙中山并未在内部通报过，便认为孙中山是私自受贿，做了有损于革命声誉的事，更增加了对孙中山的怀疑和不满。五六月间，孙中山指挥的广东黄冈、七女湖起义失败的消息传来，章炳麟的不满公开爆发，要求召开同盟会大会，罢免孙中山总理职务，改举黄兴。他的意见得到了张继、宋教仁、陶成章、田桐、谭人凤等人的支持，刘师培也卷入了风潮，站到了章炳麟一边。由于代理黄兴庶务总干事职务的刘揆一力排众议，黄兴也来信调解，风潮才暂时平息下去。
        卷入这场纠纷的人中，孙中山原属兴中会，章炳麟是原光复会公认的领袖人物之一，陶成章是原光复会的领导人之一，张继、宋教仁原属华兴会。刘师培刚到东京不久，对同盟会总部事务知之甚少。但是，他原属光复会；在革命党人中，与章炳麟交往历史最长，关系最为密切。因此，他站到了章炳麟一边，甚而提出改组总盟会总部的主张，并推荐日籍同盟会员北辉次郎、和田三郎雨人为总部干事。在这场纠纷中，孙中山对一些问题的处理有不当之处，章炳麟则书生气十足，意气用事，在未弄清事实真相的情况下，贸然发难。昔日的分歧又加深了彼此的猜疑。刘师培走得更远，在不知晓多少事实的情况下，仅凭着平日的感情，跟着章炳麟起哄。他自己素来偏激多变，加之几年来在革命队伍中声望日著，自视甚高，便进而提出了改组同盟会的主张。章炳麟提出改举总理，只牵涉到总理一职；刘师培提出改组总部，则牵涉到更多的人事变动。
        倒孙风潮刚刚平息，同盟会内部又发生了新的冲突。黄冈、七女湖起义失败以后，孙中山旋即派人由日本购买军火，策划钦州、廉州起义。章炳麟得知这批军火质量低劣的消息，在日本用明码打电报反对，泄漏了风声，导致购军火事搁浅。孙中山极为恼火，在严厉指斥章炳麟的同时，令宫崎寅藏作为日本方面的专任代表，表现了抛开同盟会总部和《民报》社的意向。彼此间的分歧和冲突愈演愈烈，革命内部笼罩了一层阴影。刘师培另立山头，转向无政府主义，以至于后来的倒退堕落，与此不无关系。
        刘师培投身革命之初，也曾是一往无前、视死如归的勇士，在扬州、在上海、在芜湖，他4次被追捕，1次遭监禁。1904年冬，一介文弱书生的他，策划了震惊上海滩的暗杀王之春行动。事败，大批革命党人牵连入狱，他自己也被拘禁。但是，他依旧初衷不改，激昂慷慨。尽管环境险恶，但“同志气氛，大抵有同情而无责备。明明败局，翻见革命初程之蓬勃朝气，稳步向前”[15]（p150）。内部团结一致，齐心协力，鼎力扶助，共赴时艰。同志间充满了友情，使人感到了力量，极大地坚定了革命信仰和坚忍不拔的革命意志。现在的情形却大不相同，内部裂痕累累，纷争不已。争论的一方是革命领袖以及黄兴、胡汉民、汪精卫、刘揆一等领导人，一方是革命巨人章炳麟和张继、宋教仁、陶成章、田桐等领导人，以及虽不是中枢人物而名声大噪的刘师培。1908年以后，纷争继续围绕着武装起义的策略、经费问题、反对日本政府封禁《民报》的策略以及《民报》的续刊等展开，更趋激烈，彼此攻击“被收买”、“通奸”，终于导致1910年光复会重打旗号，公开分裂。直至民国初年，彼此间的攻击仍余波不断。事态的发展反过来证明了当年那场争论的深刻性和严重性。敌人的镇压和屠杀可能激起叛逆者加倍的仇恨和拼死的反抗，内部的争吵和来自战友的攻讦、整肃却可能使人灰心、消沉乃至丧失信念。刘师培“提议改组同盟会攘夺干部职权之策不成，渐有异志”[14]，另立无政府主义山头。参与倒孙风潮，与孙中山以及同盟会分裂，失却团体，民主信仰失去组织力量的支撑，成为刘师培最终堕落的重要原因之一。