在鸣放中出现过头话甚至错误观点本是不足为奇。说这样话的干部群众，也并不见得就是反对社会主义，企图走资本主义道路，主要还是对现行的一些政策有意见，不满意。对此，中共中央在关于大辩论的指示中曾明确提出：“除了对地主、富农、反革命分子和其他坏分子的反动煽动言论必须及时地有力地给予反击之外，对于群众的误解或错误意见，都必须采取很好的态度加以解释和说服，对于富裕中农的错误言论的态度，也应该这样。”[8]（p530）但在实际操作中，这一政策并没有很好地贯彻执行。运动开展不久，就出现了偏差，离开了辩论的轨道，发生了乱打乱斗。河北清苑县打拉了230多人，其中地富21人，伪顽分子12人，贫农18人，其余是富裕中农，斗争的方法甚至采用“牲口拉”、“摇煤球”、“装麻袋”等。陕西省咸阳县斗争了158人，有79人被捆绑吊打。云南省宜良县斗争了643人，其中被打102人，自杀15人，逃跑8人。一些地方还随便给所谓“落后”分子扣右派帽子。河北省邢台县的王快村有居民400户，就抓出了右派65户。有的合作社，将斗争的对象都扣上了右派帽子。[1]（p443）大辩论给农业生产也带来了一些不利影响，如湖南农村在大辩论开始后，出现了大量出售、宰杀生猪和家禽的现象。平江县在8月下旬全县农村宰杀生猪1200余头，其中100斤以下的小猪占45%以上。出现这一现象的原因，是平江一些地方把粮食浪费全部归结到养猪上，有的还将养猪多的户扣上浪费户的帽子，集会展开斗争，甚至有地方还批判养猪就是发展资本主义，吃肉是个人主义。[1]（p447）
    对于运动中出现的偏差，各级组织也有所发觉。山东省委于8月中旬发出《关于如何在乡、社开展社会主义思想教育运动的紧急通知》，要求在辩论中必须注意区分正确的意见和错误的意见，区分反社会主义的谬论和农民中的某些怀疑、误解和不满言论，在开争辩大会时，不准打人、骂人，不准侮辱人格，必须以理服人。河北省委在《批转保定地委关于徐水、清苑两县社会主义教育运动中发生的问题向省委的报告》中指出：“在辩论中，要用回忆、对比，摆事实，讲道理，进行批评与自我批评的方法，对极少数动摇的富裕中农，也只能采用说理斗争，不要扣右派帽子，更不允许打人、拉人。”运行中出现的问题也引起了中共中央的重视。中共中央于8月底及9月初批转了山东省委和河北省委的上述两个文件。9月4日，中共中央发出了《关于在工人、农民中不划右派分子的通知》，规定在农村中对富裕中农的资本主义思想应该批判，但不应戴右派分子的帽子。这年9月，在扩大的八届中共三中全会上，中共中央总书记邓小平在《关于整风运动的报告》中指出：在社会主义教育运动中，“要坚持‘只动口、不动手’的原则，防止和纠正简单粗暴的做法”，重申在农民和其他劳动人民中不提反右派斗争的口号，不戴资产阶级右派分子的帽子[9]。自此，两条道路大辩论运动中乱拉乱斗和乱扣右派帽子的现象得到了遏制。
    在中共八届三中全会上，通过了《1956年到1967年全国农业发展纲要（修正草案）》。10月25日，“纲要”全文发表。26日，中共中央发出了毛泽东亲自起草的《关于组织讨论农业发展纲要修正草案的指示》，要求就“纲要”的内容在全民中开展大辩论。27日，《人民日报》发表《建设社会主义农村的伟大纲领》的社论，号召全体农民“克服各种各样的保守思想”，“以农业四十条纲要为中心，进行一次生产问题的大鸣、大放、大争”。由此，农村大辩论的重心，由两条道路问题转向农业发展纲要修正草案，酝酿发动“大跃进”，两条道路的大辩论基本结束。
    三几点浅识
    通过将近半年的两条道路的大辩论，似乎达到了预期的目的，在“大辩论”的强大压力下，散了的合作社得以恢复，已经退社的农民重新回到社里。到1957年年底，参加高级社的农户达到了全国总农户数的98%；粮食征购的速度也大为加快，到1957年11月初，全国已完成1957-1958年度粮食征购任务的76%以上。
    但是，这场大辩论由于是在对农村两条道路斗争的形势作了过于严重的估计的前提下进行的，加之运动的方式是所谓“大鸣、大放、大争、大辩”，而不是真正耐心细致地做农民的思想说服工作，它对我国农业生产和农村发展产生了不可忽视的负面影响。
    第一，农村两条道路的大辩论尽管解决了当时一度担忧的农民闹社、退社问题，但在合作社是否具有优越性的辩论中，片面地夸大其优越性，掩盖了匆匆忙忙实现合作化过程中出现的许多本来应该并可以解决的问题。两条道路大辩论的直接起因，就是以富裕中农为主体的闹社、退社风潮。这本可通过整顿合作社，作适当的政策调整，提高干部素质和管理水平来解决。可是，在大辩论中，一味地强调合作社的优越性，在“资本主义道路”这样的大帽子下，干部、社员对于搞好合作社的许多正确意见却不敢提。而且，用大辩论这样的方式来解决思想问题，实际上并不能做到各种思想自由交锋、自由辩论，而是有意识地先放出被认为是不正确或者错误的言论，以便届时好组织辩论即批判，实则有点“引蛇出洞，骤而歼之”的味道，很难听到真实的声音。这样，表面上看来，思想统一了，合作社巩固了，实际上导致社员闹社、退社的原因并未真正找到，合作社中存在的问题也未得到切实解决，像分配中的平均主义、干部工作中的强迫命令作风等问题仍然如故，并且一直存在于随后由合作社转变而成的人民公社中，成为影响广大农民生产积极性的重要因素。