第二阶段为八届十一中全会到1966年10月中央工作会议前后。这一阶段，周恩来对“文革”是在矛盾、困惑、不理解中被动地跟进
    八届十一中全会后，“文化大革命”形势的迅猛发展，很快就超出了周恩来的原有认识和预料，周恩来的一些想法、做法也与毛泽东的考虑出现分歧，与利用毛泽东的某些错误、蓄意把运动推向动乱的林彪、江青一伙的做法更是尖锐对立。他开始对“文革”感到困惑、矛盾和不理解。
    在周恩来看来，反修防修除了在思想文化领域的革命外，还要搞好经济建设。1963年2月26日， 周恩来在一次讲话中肯定中国有出修正主义危险的同时，又说：反对现代修正主义，首先是要搞好国内建设。对于这一点，我们一定要有充分的认识。基于这样的认识，当8 月份风起云涌的红卫兵运动开始影响到党和国家的正常工作和经济建设的正常开展时，周恩来采取了一些措施，试图使运动有组织、有步骤地朝健康的方向发展。8月下旬， 周恩来指示陶铸起草了一个关于在文化大革命中一些具体问题的通知；9月初， 他又亲自起草了《关于红卫兵运动的几点意见》（未定稿），主要精神是要求各级党组织加强对运动的领导，对广大红卫兵进行政策教育，使运动尽量不要影响党和国家的正常工作。然而，这两个文件先后遭否定，没能发出。（注：《周恩来年谱》（1949-1976）下卷第54、57页。）
    在对待红卫兵串连的问题上，周恩来考虑到大规模的红卫兵串连给铁路交通造成的极大压力和给社会秩序带来的混乱，主张广大师生回原单位闹革命，外出串连的人数应当有所限制。但毛泽东认为：现在学生心思不在学校，要到社会上去横扫牛鬼蛇神。我们在领导上，在报纸宣传上，不要违反学生的潮流。（注：《周恩来年谱》（1949-1976）下卷第52页。）在关于批判“资产阶级反动路线”的提法上，周恩来也同毛泽东的想法有分歧。（注：《周恩来年谱》（1949-1976）下卷第72页。）
    10月初，林彪指示全军文革小组起草了《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》，要求军队院校“必须把那些束缚群众运动的框框统统取消”。中央文革江青、张春桥等看后，认为还不够，又加上“取消院校党委对文化大革命的领导权”一条。他们还在各种场合的讲话中，别有用心地说《紧急指示》适用于一切单位。这等于宣布可以踢开党委闹革命，与周恩来所强调的加强党对运动的领导、反对无政府主义背道而驰。11月，上海发生王洪文等制造的安亭事件，代表中央文革前往上海处理此事的张春桥公然违背周恩来给华东局的电示，擅自承认“工总司”是合法组织，其卧轨拦车是革命行动。
    对于“文革”，周恩来越来越感到困惑、不理解。难道文化大革命可以不顾一切？难道这么多的领导干部都是走资本主义道路的当权派？难道群众运动可以不要党的领导？周恩来在许多场合都说过：“说老实话，我在无产阶级文化大革命初期也不是很理解，没有想到今天这样的局面。”（注：《周恩来年谱》（1949-1976）下卷第258页。）然而，尽管这样，在这一时期，周恩来从主观上还是力图去理解、去紧跟“文化大革命”。他还总是从主观上检讨自己的思想跟不上毛泽东，不如毛泽东站得高看得远。这一心态，周恩来在八届十一中全会和10月中央工作会议上都流露过。他在八届十一中全会上说：这次文化大革命是史无前例的。我们按老的办法、旧脑筋对待新革命、新运动，就不对头。过去是对的，今天就不见得是对的，因为条件变了，环境变了嘛！（注：1966年8月2日的讲话记录。）10月中央工作会议上，周恩来又说：要敢于革命，敢于革自己的命。这次文化大革命，我们都是没有思想准备的，也没有经验。但毛主席对运动的前景是看得清楚的。我们看不清不要紧，要紧跟毛主席，不要掉队。（注：1966年10月13日中央工作会议第五小组会议记录。）他还说：八届十一中全会后，我努力紧跟主席，但还有掉队的危险。大中学生放假闹革命，实行革命串连，我们接待计划总是偏于保守，原来只想接待几十万人，现在想限制在150万人左右。主席说不行，要准备突破200万、300万人。但我有信心，知错必改，努力赶上。（注：1966年11月26日中央工作会议记录。）
    尽管周恩来从主观上试图对“文化大革命”努力想通、努力紧跟，但面对“文革”带来的严峻的社会现实，忧国忧民的周恩来又难以想通和无法紧跟。全国上下陷于混乱，工农业生产和各种紧急业务工作受到严重影响，这么多为革命出生入死的老干部转眼之间被打成“走资派”，周恩来怎么能想得通，又怎么能跟得上呢？相反，对党、国家和人民的高度责任感，又促使周恩来在他力所能及的范围内对“文革”采取了一些限制性的举措。正如他在1966年9月7日参加中国科学院的辩论会时所说：既要进行无产阶级文化大革命，又要进行生产斗争；凭我的责任来说，我不能看着这样的情况继续下去。8月底9月初，周恩来主持起草的试图对运动作一些限制的两个文件连遭否定，但他并没有因此而放弃自己的努力。就经济工作方面来说，他先是指示陶铸组织起草了《人民日报》社论《抓革命，促生产》，并在9月7日发表。接着又征得毛泽东的同意，于9月14 日同时向全国下发了《关于县以下农村文化大革命的规定》（又称《农村五条》）和《关于抓革命促生产的通知》（又称《工业六条》）。11月，周恩来又组织起草了《人民日报》社论《再论抓革命、促生产》，还支持余秋里、谷牧召开全国工业交通座谈会，拟出了《工交企业进行文化大革命的若干规定》（又称《十五条》）。上述社论、文件、会议都是同一个精神，就是强调工农业生产的重要性，革命不要影响生产，实际上是试图把“文化大革命”之火阻于工农业生产领域之外。此外，周恩来在接见红卫兵和各群众组织代表时也一再强调，红卫兵不要到工厂、农村去串连，不要去影响工农业生产，工人、农民不能像学生那样放假闹革命，否则，吃什么，用什么？
    周恩来对“文革”的这种态度，得到了毛泽东一定程度的支持，但遭到林彪、江青一伙的极力反对。在12月5日至6日的中央政治局扩大会议上，林彪针对周恩来一再表明的“欲罢不能，势不可挡”，说：“我们应该不是被动地而是主动地让这场革命进入到工业、农业，进入到社会。因此，不应该是势不可挡，不是挡不挡的问题，而是迎接的问题；不是刹的问题，而是要扩大的问题。要让这场革命席卷每一个领域。”（注：1966年12月6日中央政治局扩大会议记录。）
    林彪这次讲话以后，中央连续下发了两个文件，“文化大革命”的“洪水”全面涌入农村、工矿企业。
    在这种情况下，周恩来对“文革”的态度由过去的“挡”变为“因势利导”。就在林彪主持的政治局会议结束后，12月10日，周恩来把参加工交座谈会和被揪来京的各省市负责人召集到一起，说：“要准备迎接汹涌的浪潮。大势所趋，万马奔腾来了，你根本挡不住，要因势利导，否则，就会被冲垮。”（注：《周恩来年谱》（1949-1976）下卷第100页。）
    周恩来对“文革”由“挡”到“因势利导”的过程，很能说明周恩来在“文革”中处境的艰难和斗争的复杂性，也很能使我们理解周恩来在“文革”中为什么没有采取“拍案而起”，而是选择了一种更为艰难、更为痛苦的韧性的斗争方式。这种韧性的斗争方式，其深层动因是周恩来对党、国家、人民的高度责任感，其意义是周恩来没有被打倒而得以在“文革”中起一种特殊的中和作用，减少了动乱带来的损失。