至于关章修改，迫于商民的力量和军宪的干预，总税务司赫德虽出于无奈，但也做出了以下修改：
    （一）汇并、修订常关税则和规费。光绪三十一年十月，赫德选派三都澳税务司甘福履到厦门，协助新任厦门关税务司包罗进行此项工作，同时指示：“现在所有费例册簿暨税则应行综核，另定一并之则例刊发各商、俾众知晓”，但在汇并和修订时必须注意“从关务商情两面设想，不必似商人万难承认之例。总须两面情形无碍方能为永远遵守之办法”。最后经多次会商厦门商会，订立新章24条。
    （二）改革罚办制度。赫德要求今后“凡关涉罚办暨充公等案，须将当时情形及货价、税数综核详酌，秉公订办。”不准随意罚款。
    （三）延长办公时间，及时验放各商货物。为缓和矛盾，赫德要求税务司包罗必须“将常关办公员役分上下班，展长办公时刻，俾使各商便易过关，并派可靠之帮办督理一切”。（注：庄清水：《清末厦门英租界闹关事件始末》，前引文。）
    在整个闹关事件发生、解决的过程中，我们可以处处看见厦门商会的作用。首先，出于维护商民利益的需要，商会曾多次与海关交涉，在无果的情况下导致闹关事件的发生；其次，在问题的解决上，海关在常关税则和规费的修订上，须同商会多次会商才得最后订立；最后，从最终对关章的修订来看，商民无疑是最大的受益者，这也从侧面反映出商会在整个事件中所起的作用。
    毫无疑问，1905年的厦门海关闹关事件的影响是比较大的，这让总税务司、厦门海关税务司等人在对此后石码常关的收归和对常关的改革上持绝对谨慎的态度，小心翼翼地注意商会的态度。甚至到了1916年，在对常关的税则做出改革时， 厦门关税务司仍然谨慎地提醒北京：“我们不能忽略往事。由于1905年的事记忆犹新，我们必须认清如果事前未经过商会的赞许，任何提高常关税率的企图，必会导致混乱。”（注：厦门海关档案室编，戴一峰主编《厦门海关历史档案选编》（1911年-1949年）第一辑（以下简称《档案选编》），厦门大学出版社1997年12月第1版，“1916年12月10日，厦门去函，第129号”，第38页。）总的来看，在这一阶段海关与商会呈直接对立的局面，这归咎于海关对于以商会为代表的商民利益的忽视。
    二
    厦门海关对常关的兼管的第二阶段是对石码常关的收归。这一管辖权于1913年10月1日实现。海关税务司充分利用民国初年福建地方政局不稳的形势，在海关监督的协助之下实现了对石码常关的管辖。这可以从北京总税务司给厦门海关税务司的信函中可以看出：
    1913年8月26日北京来函收回50里以内的常关关卡
    你现在将得到税务处的指示，海关监督也将得到。在北京命令不起作用的一个独立地区，要做有关该地区的许多工作是困难的。但我的意见是当独立被取消时，你可以拿出你得到的指示，要恢复原职的海关监督遵从，直截了当地乘上你的汽艇去接收这些关卡。有协定书做后盾，你的合法地位是无可非议的。一旦控制住这些关卡，要赶走你是困难。我希望你能以这种方式去完成某些工作。……（注：《档案选编》，“1913年8月26日，北京来函”，第14-15页。）
    对石码常关管辖权的实现显然并不是海关的最后目的。北京的精神是：常关革新要达到的目标是，简化手续，统一税则，充分管理，尽可能地增加税收。（注：《档案选编》，“1917年7月3日，北京来函”，第51页。）然而在实际的操作过程中，海关所持的是绝对谨慎的态度。厦门关税务司的态度是要“非常小心地进行”，（注：《档案选编》，“1913年11月19日，厦门去函，第75号”，第18页。）这得到北京方面的赞成。（注：《档案选编》，“1913年12月2日，北京来函”，第19页。）在未获得来自地方上支持之前，北京总税务司的态度十分小心，甚至为了求稳定而不惜否认海关兼管常关的根本目的。在1915年8月3日北京给厦门海关的信函中，北京方面对于常关的改革持绝对的否定态度。北京总税务司称：“不！我并未（对常关改革）寄托很大期望。厦门将是一个难以对付的地方。我很了解并很懂得你那称之为‘十诫’的含义。然而，有一点你应记住：我所渴望的并非增加税收，甚至亦非简化手续。”（注：《档案选编》，“1915年8月3日，北京来函”，第36页。）