但当到了常关收回的第三个年头，显然总税务司对厦门海关迟迟不能对关税税则做出改革流露出极大的不满。1916年11月21日，北京来函中提到新任海关监督访问总税务司：“我接见他并谈到有必要朝常关税则改革的方向做出一点成就。厦门是唯一无所作为的口岸。”（注：《档案选编》，“1916年11月21日，北京来函”，第37页。）对此，厦门海关税务司的解释是：“这个问题（指关税改革）没有被忽视。但是在这里提出的比在北京估计的要困难得多”，并且他指出在新任海关监督对当地商会施加影响，使他们收回原来的反对意见之前，事情仍然处于比较难办的境况当中。而且他感到“当地关税改革的努力，将会遭到那些臭名昭著的顽固派商人们强劲的反对”。（注：《档案选编》，“1916年12月10日，厦门去函，第129号”，第38页。）
    北京方面显然认同来自厦门海关税务司的观点，但它并没有放弃其既定的目的：即改革常关税则，提高税收。为此它建议厦门：放弃各地区通用一个统一的税则的观念，而代之以各个地区分别对待并尽可能为之的政策。意思就是对厦门可以区别对待，从而减轻反对势力的影响。它认为，“商会自然需要认真对待，而且既得利益也需要考虑。我知道厦门有特殊的困难需作斗争，但我相信其他地方所能做的，在厦门如有耐心和机智，也同样能够做到。首要的是要人们普遍了解到，改革是不可避免的，而且将会遇到像眼前所展现的那种困难。对商会的开导是这第一步中的一部分，希望你能注意到”。（注：《档案选编》，“1916年12月27日，北京来函”，第39页。）而且总税务司要求力求与海关监督搞好关系，因为来自他的支持值得获取。
    在这种情势下，厦门海关税务司展开了对商会的沟通和交流，希望在常关税则改革上获取商会的支持。他采取了一种极其灵活的方式，在发布关税改革的通告之前，邀请华人商会会长（黄庆元），“一位颇具声望的银行家”，到他的办公室，当面向黄解释情况。而在此之前，税务司利用他和该会长同在同文书院理事会任职的关系，（注：税务司时任同文书院理事会的副主席，商会会长则是一位理事。两人在理事会的年会上曾相识。）已取得部分的熟悉和了解。海关监督对税务司的做法大加赞赏，认为这是“一件鼓舞人心的事，因为此人是一位在厦门颇有影响的人物。得到他的支持，就不必担心来自其他华人行业的麻烦”。（注：《档案选编》，“1917年6月25日，厦门去函，第141号”，第46页。）对于海关即将进行关税税则改革，商会会长的评价则一反以往的抨击态度，评论有两点：“首先，这次增加的很少（指税率），--比百分之一略多些--既然这个税率是经过你（税务司）亲自批准的，就不会有什么反对意见；其次，他（商会会长）希望无论如何这仅仅是一项权宜措施，因为不会太久就将建立国币，而使人头痛的‘两’的问题即将废除。”同时，商会会长要求税务司应该“写信给商会，宣布此项即将出台的变化，并同时解释该项新的税率曾经是如何计算出来的”，税务司表示乐意遵从，并称双方在有关常关的问题上应该保持密切联系，这对双方均为有益。（注：《档案选编》，“1917年6月25日，厦门去函，第141号”，第46页。）于是双方之前的矛盾迎刃而解，商会会长对于税率的提高，演绎出一个巧妙的办法来解释提高的原因，并为中国商人所理解并接受。（注：这个方法是：从增加10％的原有基础出发，这一增加比例必然是累进的，那就是说，如果重量是100，要增加10；10还必须再增加1；1还必须再增加十分之一；十分之一必须再增加百分之一，由此类推。结果与海关的计算方法是一致的。但就本地人的理解力会更加明白易懂。而且还有一个好处是它基于“厘”。）厦门海关常关税率改革顺利走出第一步。
    从以上论述中我们可以看出：只有在征得商会或者商会上层领导人的同意并获得他们的支持后，海关对常关关税的改革才得以实现。这是在保障双方利益的前提之下实现的。海关在制定计划时，把商会列入必须加以考虑的一股力量。只有在这一股力量的允许之下，海关的小心翼翼的改革才能得以实现。但不管怎么说，这为厦门海关对常关的管理和改革提供了一个良好的发展方向，即与地方社团（商会）共同协商处理常关问题，必须对双方利益都加以考虑。
    在此之后，北京显然对厦门的改革是满意的，并且在之前的基础上提出常关革新的目标：简化手续，统一税则，充分管理，尽可能增加税收。至此，厦门海关对常关的管理和改革全面展开。