1918年，厦门海关重新采用常关税收的“四联单”制度，借以对常关税收进行“极其盼待的改革”。但北京方面一方面对这种试验性步骤“感到高兴”，另一方面也不忘记提醒厦门海关：“除非他们（商人）支持你，否则你将会发现任何改革都是困难的。”（注：《档案选编》，“1918年7月16日，北京来函”，第70页。）与此同时，商会对海关的交涉转到日常事件的处理上。这类事件往往是商会下属行业公会在进出口货物时与海关发生的纠纷，需商会出面加以协商解决。以下是几则三四十年代厦门商会出面为下属行业公会与海关的纠纷事件作协商和努力的个案史料。
    粮油公会请总商会交涉放还海关扣留美义和生油（注：厦门总商会、厦门市档案馆编《厦门商会档案史料选编》，鹭江出版社1993年版，第345页。）
    粮油公会接据美义和理由书，以存货将即运厦，被海关扣留，请为交涉领回。该会即于昨日呈总商会，略称：案据职会会员美义和蔡光崎理由书称：窃光崎素在梧屿，托材安在就地邻近诸乡里收买生仁油，计148珍，欲运到厦，报关过税，讵料于本月8日晨，突有海关巡员拥队至梧屿缉私，登陆向光崎厝内，不分皂白，将所存之生油一切，搜搬以去。会于10及12日，叠呈陈情，未蒙批示准予领回，深恐被其拍卖，则光崎未免吃亏，合亟沥情呈请钧会转呈海关体恤商艰，准予将该生油，使光崎领回，以保血本，实感德便。等由。查蔡光崎所称各节，既未有触犯关章，未稔海关，何为扣彼之生油。一被扣留，不能随时应市，营业上实发生多大影响，商家血本攸关，合应据情呈请钧会，转函海关，将扣留美义和之生油，迅予悉数放行，实感德便云云。
    《民钟报》，1930年3月20日
    商会派代表与海关共谋补救无证进出口货检验办法（注：《厦门商会档案史料选编》，前引书，第275页。）
    市商会于昨下午3时召开各同业公会负责人联席会议，出席商会理监事及公会理事长计40余人，主席骆萍踪，记录陈山明。主席报告赴京出席全国联会情形。讨论要案：关于厦门海关布告，以修正进出口贸易办法，已于11月17日公布施行。自公布日起，货物输入必须呈验输入许可证始准进口，而本市迄未奉到该项办法，商家无从申请领证，应如何请求补救案。各出席者咸以办法虽已实施，而商家无处领证，目前输入货物均无证件，如海关遂予执行，则本市商家向外采办货物，将一概不能进口，商家损失重大，货物调剂亦受影响。热烈发表意见。结果，议决推举常务理事骆萍踪、庄金章、常务监事翁吉人、理事魏英才等4人为代表，于25日上午往海关商洽补救办法，商洽要点为：一、请海关准予延至办法颁到，商家有所根据申请领证后，实施验证进口，在无法领到输入许可证以前，一切输入货物，应准免证入口。二、在办法公布以前， 本市商家在外订购之货物，应有补救办法，准其输入。
    《星光日报》，1946年11月24日
    请改善验货方式致厦门海关公函（注：《厦门商会档案史料选编》，前引书，第346页。）
    （1948年3月24日）
    露寅敬秘164号
    敬启者：据会员商纷纷来会报告，以海关人员对进口货物，每唛均索样品，商家损失甚大，请求转请设法改善，以期减少损失。等情。到会，相应商请查照，敬希查明改善，藉纾商艰，仍盼惠复为荷。此致
    厦门关税务司孟
    而对于商会为这些类似事件而与海关的交涉，厦门海关税务司一方面认为这是“毫无根据的申诉”，另一方面又以前所未有的强硬态度表示：“不能容忍商会干涉我的业务工作，除非该团体能保证：他们代表有异议的商人所接受的任何案件，均曾经过他们周密的调查，并得到他们一致的支持。”（注：《档案选编》，“1918年8月3日，厦门去函，第169号”，第70页。）对此，商会显然始料未及，商会会长向海关监督表示：今后商会将不会有好日子过了。这表明海关在取得商会为代表的地方团体的支持后，一改开始时的小心翼翼的做法，已经明显地加强对地方团体的控制和约束力。