其次，反教官民认为基督教内盛行多项邪术，如男女混杂、教士诱奸妇女、诓取目睛，炼作白银，丸药惑人，骗取童精、红丸等，甚至连著名思想家魏源、夏燮及两广总督耆英、广东巡抚黄恩彤、两江总督陆建瀛等封疆大吏也都有类似的看法。这些错误认识主要是由于国人对基督教洗礼、男女同堂聚会、终博（教士为即将去世的信徒施行的圣礼，以利于灵魂升天）等仪式不够了解，用中国古代传统的房中术、炼丹术和各种巫术加以穿凿附会所致。
    再次，反教官民认为基督教为谋反的邪教。在中国历史上，国人杂拜各家鬼神，迷信观念极其盛行，神权是支配人们思想的主要因素之一。恩格斯曾经对神权占统治地位的群众运动有所论述，指出：“对于完全受宗教影响的群众的感情说来，要掀起巨大的风暴，就必须让群众的切身利益披上宗教的外衣出现。”（注：《马克思恩格斯选集》第四卷，人民出版社1972年版，第251页。）中国也毫不例外。东汉末年张角兄弟的五斗米教，明清时期北方的白莲教、八卦教、三香会，南方的天地会、三合会、哥老会等都对联络民众有号召力。在中国官绅的脑海里，“邪教”与谋反有着密不可分的关系，因而他们对于来自异域的基督教极具戒心，认为它以“异端惑众”，“坏人心术，丧人廉耻，在潜移默化之中，其机尤隐而弥毒”（注：王明伦选编：《反洋教书文揭帖选》，齐鲁书社1984年版，第327、283页。），连咸丰帝也把天主教视为“邪教”。恰在这时，洪秀全以拜上帝教为工具，打着太平天国的旗号，掀起了一场大规模的反清起义，几乎倾覆满清王朝的江山社稷。拜上帝教虽然吸收了基督教的一些观念和仪式，但经过洪秀全的改造，己变成农民起义的工具，与主张宽恕忍耐的基督教有着本质的区别。然而，国人不察，将拜上帝教完全等同于基督教，把太平天国视为基督教祸乱中国的明证，这就更增加了他们反教的决心。
    总之，国人（尤其是官绅）对基督教的疑惧是其反教的深层次的、潜在的因素。在近代早期，此类教案虽然只有两起（注：《鸦片战争》（二）、《教务教案档》第一辑。），但它的影响绝不可忽视。实际上，这一时期清廷的限教政策，各级官吏迫害习教百姓的10起案件（注：《清末教案》第一册；《筹办夷务始末》（咸丰朝）；《清实录》（文宗）；《十九世纪美国侵华档案史料选辑》。），以及驱逐进入内地的外国教士的32起案件无不受此种因素影响。
    综上所述，列强侵略、部分教士教民横行霸道和国人对基督教的疑惧为引发近代早期教案的重要因素，没有绝对的主要、次要之分，那种把侵略或文化冲突做为近代早期教案主要原因的观点显然难以成立。
    二近代中国早期教案的特点
    近代早期教案有其突出的特点，具体说来，主要有以下四个方面：
    第一，分布不均。这一时期的教案主要集中在华北、华中、华东的沿海沿江省份，包括直隶（14起）、江苏（11起）、湖北（6起）、福建（6起）、浙江（5起）和江西（4起）6省，6省共发生教案46起，占总数的74.2%，而内蒙、山东、西藏、四川、山西、云南、广东、广西的教案只有1-3起，数量很少，黑龙江、吉林、奉天、河南、新疆、外蒙、甘肃、贵州等省竟没有一起教案。可见，早期教案的分布极不均衡。
    第二，没有发展到反洋教运动阶段。所谓反洋教运动，是指有领导、有组织、有纲领的群众性反教活动，而此期反教斗争虽有官绅作为领导者，但没有组织、没有纲领，一般民众参加的反教活动只有10起（1844年江苏南京教案、1847年江苏上海教案、1848年福建福州和江苏青浦教案、1850年山东武城和福建福州的两起教案、1851年江苏上海教案、1857年江西新建汤家园教案及1859年江苏上海教案）（注：《鸦片战争》（二）；《筹办夷务始末》（道光朝、咸丰朝）、《清实录》（宣宗）；《中西纪事》；《清末教案》第一册；《教务教案档》第一辑。），占总数的16.1%，根本无法称之为群众运动。所以，此期的教案仅是孤立的、分散的反洋教斗争，远远没有发展到反洋教运动阶段。