第三，多数教案都是由传教士直接引发。近代早期由传教士违约传教、强租房地产、还堂、教士横行等挑起的教案竟多达46起，占总数的76.2%，可见，此期教案大都由外国传教士直接引起，教士成为主要打击对象。
    第四，天主教案远远超过耶稣教案。在近代早期的62起教案中，有4起教籍不明（1847年浙江川沙教案、1848年江西吴城镇教案、1850年福建福州教案和1851年江苏上海教案）（注：《清末教案》第一册；《中西纪事》；《筹办夷务始末》（咸丰朝）；《十九世纪美国侵华档案史料选辑》。），在剩余的58起教案中，耶稣教案仅有6起（1848年江苏青浦教案、1850年福建福州另一教案、1854年福州白水营和石码的两起教案，以及1859年的江苏上海教案）（注：《清末教案》第一册；《中西纪事》；《筹办夷务始末》（咸丰朝）；《十九世纪美国侵华档案史料选楫》。），其余48起均为天主教案，天主教案为耶稣教案的8倍，大大超过耶稣教案。
    从上述特点可以看出，近代早期教案属于初级的、低层次的，这是由当时的历史条件决定的。
    这一时期，来华的天主、耶稣教士仅有200余人，按规定只能在广州、福州、厦门、宁波、上海五口活动，活动范围极其狭小；两教的教民虽有40余万（注：《法国对华传教政策》，第630页；徐泰来主编：《中国近代史记》中册，湖南人民出版社1989年版，第631页。），但除五口外，基本上没有取得合法地位。由于教士教民只能在有限的范围内活动，与全国绝大多数平民没有接触，也不可能发生冲突，这就导致早期教案数量极少（年均3.26起），分布不均衡。由于平民与教士教民接触太少，总的来说教士教民远不如以后横行，国人受教会欺压的感觉还不太严重，尚未产生将反洋教斗争发展成为有领导、有组织、有纲领的群众性运动的意识，因而这一时期的教案还未达到反洋教运动的阶段。
    如果把教士与教民相比较，教民的行为比较检点。因中国教民有40多万，但由教民横行引发的教案仅有6起（注：《清末教案》第一册；《法国对华传教政策》；《教务教案档》第一辑；《十九世纪美国侵华档案史料选辑》。），官府打击迫害教民的案件则多达10起（注：《清末教案》第一册；《法国对华传教政策》；《教务教案档》第一辑；《十九世纪美国侵华档案史料选辑》。）。相形之下，传教士因有列强炮舰、驻华使领人员的保护，享有治外法权，有恃无恐，地位较高，故这一时期多数教案均由教士直接引发。
    这一时期，来华的天主教士多于耶稣教士。据载，1860年来华耶稣教士有100多人，而1856年时来华的天主教士就有100多人。据此推断，1860年来华天主教士应多于耶稣教士。1860年中国耶稣教徒仅2000余人，而同期天主教徒则多达40万人（注：《法国对华传教政策》，第630页；《中国近代史记》中册，第631页。），是耶稣教徒的200倍。既然天主教士、教徒远远超过耶稣教，它所引发的教案自然就比耶稣教多。此外，这也与两教的活动特点有关。天主教士不仅在五口活动，而且常常非法潜入内地传教，这种违禁行为理所当然地遭到清廷反对，引发教案；同时，天主教士作风霸道，为达目的不择手段，极易引起冲突，故天主教案数量较多。这一时期，耶稣教士基本上都在五口活动，他们重在研究中国语言文字，翻译《圣经》，创办学校，出版并分发宗教宣传品，为大规模的传教活动做准备（注：（台湾）林治平编：《基督教入华一百七十周年纪念集》，宇宙光出版社1977年版，第4-12页。），其作风比较温和，故直接引发的教案较少。