由五四新文化鼓动起来的国学热潮，一开始就与从欧美输入的科学主义联袂而至。毛子水发表于《新潮》杂志第1卷第5号（1919年5月）的《国故与科学的精神》，直陈国故学是现在科学的一种，“必须具有‘科学的精神’的人，才可以去研究国故”，“科学的精神”是研究国故学的根本。虽然清代汉学家的方法也有科学的精神蕴含其中，但那是不自觉的，“最容易有弊”。要将不自觉转变为自觉，应当取法近三百年发展起来的现代科学精神，即欧西文明（注：毛子水：《“驳〈新潮〉‘国故和科学的精神’篇”订误》，《新潮》第2卷第1号（1919年10月）。引文中部分意思出自该文所附胡适函。），也就是胡适在《新思潮的意义》一文中所说：“研究问题，输入学理，整理国故，再造文明。”（注：《新青年》第7卷第1号（1919年12月）。）然而，在欧化热浪中，胡适的这一点理性仍被斥为“钻到烂纸堆里去白费劲儿”。为了免于误导青年的罪责，胡适后来表示“深深忏悔关于研究国故的话”，声称自己不存卫道的态度，也不想从中寻求天经地义来安身立命（注：《研究所国学门第四次恳亲会纪事》，《北大国学门月刊》第1卷第1号。），而是要“捉妖”和“打鬼”，“化黑暗为光明，化神奇为臭腐，化玄妙为平常，化神圣为凡庸”，“要人明白这些东西原来‘也不过如此！’”以国故学者判断旧文化无用的结论，“使少年人一心一意地去寻求新知识和新道德”（注：《整理国故与打鬼》，《胡适文存》第3集，第211-217页。），并宣称国学是条“死路”。这样，整理国故实为“介绍欧化”的前驱。受此影响，在世界潮流面前有落伍之感的部分南社社员组成新南社，“愿一弃从前纤靡之习”，一面“整理国学”，一面“引纳新潮”（注：《新南社发起宣言》，《新南社组织大纲》，1923年5月5日《民国日报》。）。
    对于胡适等人的科学，章门弟子的《国故月刊》固然不满，南京东南大学的《学衡》派也不以为然。这个以归国留学生为核心，主张昌明国粹，融化新知的同人杂志，与胡适等人争论的焦点其实是输入西学的正统和研究学术的纯正。其简章规定，于国学则主以切实之工夫为精确之研究，“于西学则主博极群书，深窥底奥，然后明白辨析，审慎取择，应使吾国学子，潜心研究，兼收并览，不至道听途说，呼号标榜，陷于一偏而昧于大体也”（注：《学衡》第1期（1922年1月）。），隐指胡适派的伪西学或伪学术。两派的是非曲直暂且不论，由此升温的国学热，在教育和研究领域引起连锁反应。自1922年北京大学成立文科研究所国学门之后，清华、厦门、燕京、齐鲁和东南大学等校相继组建国学研究所或国学院，辅仁、厦门、东北、西北、大夏、中国、齐鲁、正风等大专院校成立或改建了国学系或国学专修科。在1928年召开的全国教育会议上，甘肃教育厅提出《融合并发扬中华民族文化案》，要求从融合五族文化入手，巩固共和。其八项办法中的两条，一是大学院设立国学研究所，以整理国故；一是全国各大学均设国学专科（注：中华民国大学院编《全国教育会议报告》，第182-184页，引自沈云龙编《近代中国史料丛刊续编》第43辑。）。
    学术上最能体现国学与西学关系的，当属国学研究所和国学院。其建制按照近代西学分类设科，其研究方法与课程遵循国际学术范式。北大国学门分设文字学、文学、哲学、史学、考古学等5个研究室，并相继创立歌谣研究会、风俗调查会、整理档案会、古迹古物调查会（后改名考古学会）、方言调查会，以贯彻其学术宗旨。清华研究院国学科融合中国书院与英国大学制，分中国语言、历史、文学、音乐、东方语言，另设考古学陈列室（注：《研究院纪事》，《国学论丛》第1卷第1号。）。燕京大学国学研究所确定的国学范围是，历史、文学、哲学、文字学、考古学、宗教、美术（注：《燕京大学国学研究所征求名著稿本通告》，《燕京学报》第4期（1928年12月）。）。东南大学国学院计划分科学、典籍、诗文三部，从学说、图谱、器物三方面，运用各种相关学科的方法，研究中国的民族、语言文字、思想学术、文学、诗词曲剧、美术、天文数学、法制、经济学、交通及国际交通、农商工业、哲学、教育、宗教风俗等历史现状（注：《东南大学国学院整理国学计划书》，《国学丛刊》第1卷第4期（1923年12月）。）。齐鲁大学国学研究所分中国哲学、史地、文学、社会经济四科（注：《国学研究所业已成立》，《齐大月刊》第1卷第1期（1930年10月10日）。）。厦门大学国学院筹备之际，该校文理商教各科主任均参与其事，结果所订章程囊括一切，分历史古物、博物（指动植矿物）、社会调查、医药、天算、地学、美术、哲学、文学、经济、法政、教育、神教、闽南文化等14组，后招聘到北京大学国学所的几位骨干，组织上基本继承北大风格，设语言文字学、史学及考古学、哲学、文学、美术音乐等5组，并组织风俗调查会（注：《厦门大学国学研究院组织大纲》，《厦大周刊》第134期（1926年1月2日）；《国学研究院章程》，同上，第160期（1926年10月23日）。）。这些设置，均突破了传统学术七略、四部等分类，体现了近代西学的精神。
    形式改变，是内容变化的表现。国学虽是中国固有学术的代名词，机构却是现代教育组织的一部分。各国学院校系所的课程均增添西学，即使传统科目，也依据现代学术规范重新编排。厦大国学系要求选修普通发音学、比较语言学、修辞学、英国文学史、西洋美术史、人类学、美学概论、印度和泰西哲学。齐鲁大国学系增设了逻辑学、文学史、文字学、修辞学等课程。中国大学国学系在吴承仕的带领下，改革课程，增设了唯物辩证法、政治经济学、西洋文学史、新俄文学选读及由新学者讲授的中国历史哲学课。就连无锡国学专科学校，其学生所开列的最低限度国学书目也有常识一类，包括史地学、哲学、论理学、政治学、社会学、经济学、自然科学、教育学、心理学、数学和英、日文（注：陶存煦遗稿《天放楼文存》下册，影印稿本，第637-639页。）。
    研究机构的课程设置与指导学生更接近国际学术规范。被胡适称为可以代表“‘整理’是用无成见的态度，精密的科学方法，去寻求那已往的文化变迁沿革的条理线索”之精神的北大国学门，有林玉堂开设的“中国比较发音学”和“标音原则”班，讲解以国际音标注国语及方言的方法，考定中国重要方言的音声。其方言调查会宣言书特意指明中西治学方法不同，“今日方言调查范围，非仅区区训诂学中之一事，而实为与音韵学、殖民史、印度支那语言学等不可分离的一种研究。”（注：《北京大学日刊》第1421号（1924年3月17日）。）而风俗调查会将风俗调查视为“研究历史学、社会学、心理学、行为论、以及法律、政治、经济等科学上不可少的材料”（注：《国学门纪事·致本校同学启事》，《国学季刊》第1卷第3号；《北大风俗调查会征集各地关于旧历新年风俗物品之说明》，《北大研究所国学门月刊》第1卷第5号。），并批评一般人对这门学问的轻蔑（注：顾颉刚：《一九二六年始刊词》，《北大国学门周刊》第2卷第13期。）。古迹古物调查会认识到考古学范围广，发展会员时特别提出：“应网罗地质学、人类学、金石学、文字学、美术史、宗教史、文明史、土俗、动物、化学各项专门人材协力合作。”（注：《国学门纪事·附古迹古物调查会草章》，《国学季刊》第1卷第3号（1923年7月）。）清华研究院目的有二：一是对西方文化宜有精深之研究，二是对中国固有文化之各方面须有通彻之了解（注：吴宓：《清华开办研究院之旨趣及经过》、《研究院章程》，《清华周刊》第351、360期。）。考试科目除经史、诸子、文学、小学外，有世界史、统计学、人类学、西洋哲学、中国哲学、普通语音学、心理学、声学、数学，以及东西交通史、东方语言学、西人之东方学和多种外国文，普通演讲和指导科目则有历史研究法、中国文化史、东西交通史、普通语言学、方音学、现代方言学、人文学、考古学、人体测验等。厦大国学院成立时，主任沈兼士认为：“现时欲研究古学，必得地质学、人类学、考古学、古生物学等等，作为参考，始有真确之可言”（注：《国学研究院成立大会纪盛》，《厦大周刊》第159期（1926年10月16日）。）。该院师生的选题均偏重上述方面。