冯桂芬与洪仁玕建设和发展工商经济的构想不同，仍奉行以农为本的思想，把发展农业放在经济建设的首位。
    冯桂芬对中国人口的激增、官吏的盘剥、人民不敷温饱的现实颇有体认，加之在太平天国时期，由于长期动乱，促使社会生产力遭到极大破坏。向来以“地窄民稠”号称的江南，历经兵灾之后，土地荒芜和人丁减少的情况也十分严重。这不仅影响地主阶级对农民的剥削，同时也给封建专制国家的财政带来威胁。因而，恢复和发展农业生产，缓和专制国家的财政危机，就成为统治者首要考虑的问题。冯桂芬将变革重点放在发展农业上，是十分自然的，符合经世派关注现实的一贯做法。他说“国家休养生息二百年来，生齿数倍于乾嘉时，而生谷不加辟，于是乎有受饥之人……”（注：冯桂芬《校邠庐抗议·筹国用议》。）冯桂芬的对策是发展农业生产，通过改良农业技术和生产方式，提高粮食产量来满足人口不断增长的需要，缓解土地资源紧张和人口激增的矛盾。
    在新的形势下，冯桂芬发展农业的思路也有较大的拓宽。他把目光转向西方，试图引进先进耕作技术，促进农业发展。他说：“前阅西人书，有火轮机开垦之法，用力少而成功多，荡平之后，务求得之，更佐以龙尾车等器，而后荒田无不垦，熟田无不耕。”（注：冯桂芬《垦荒议》，《显志堂稿》卷十。）
    他进一步分析说：“东南诸省兵灾之后，流离死亡，所在皆是，予遗余黎多者十之三四，少者十不及一。人少即田荒，田荒即米绌，必有受其饥者，是宜以西人耕具济之，或用马，或用火轮机，一人可耕百亩。”（注：冯桂芬《校邠庐抗议·筹国用议》。）在冯桂芬看来，只有引进西方农耕技术，变革传统的工作方法，才能提高劳动生产率，以恢复和发展农业生产，使人民生计得以维系，社会才会导向安定。冯桂芬虽然强调发展粮食生产，但他认识到这仅能解决人民温饱问题，却不能达到“裕国”目标。“然则居而今日而言裕国宜何以？仍无逾于农桑之常说，而佐以树茶开矿而已。”（注：冯桂芬《校邠庐抗议·筹国用议》。）他提倡种植树、茶、桑。因为丝茶是中国传统的出口产品，尤其在两次鸦片战争后，更成为出口大宗。他看到国际市场上对生丝需求量“夷船所购数倍往时，故蚕桑之利，近来更善。”（注：冯桂芬：《校邠庐抗议》“劝树农桑议”、“折南漕议”、“改士贡议”、“采西学议”。）因而他大力鼓励多种植这类可以“裕国”的经济作物，并将茶丝看作“富国之二大源”。冯桂芬自称“无逾于农桑之常说”，正是对经世派发展农桑观念的传承。但他目光转向世界市场，把发展商品化农业视为富国之道，显然超越了经世派的观念，凸显出时代的特色。
    受林则徐、魏源开矿主张的影响，冯桂芬鼓吹破除迷信，推动开采矿业。他认为：
    开矿一事，或疑矿税病民，矿徒扰民，且碍风水，不知风水渺茫之说，非经国者所宜言：开矿非利其税，即经费以外全以与民，不失为藏富之道；诸夷以开矿为常政，不闻滋事。且夷有云：中国地多遗利。设我不开而彼开之，坐视其拥截而去，将若之何。
    从爱国和反侵略的立场出发，并将开矿藏看成爱国富强的一条重要途径。在体制上，鼓励私人开矿，给以丰厚利润，以吸引私人投资，提高经营效益。这与洪仁玕准私人矿主“招民探取矿藏”的主张相似。在《抗议》中，我们还看到冯桂芬倾向于私人经营和雇佣劳动以发展工矿业。
    冯桂芬对资本主义生产关系虽不可能有深刻的认识，但他对封建专制的种种弊端有着一定的体认。在发展贸易方面，冯桂芬除了透过发展农业生产，加强农产品商品化的构想外，还提出变革官办漕运为私人经营与销售，“但令市中有米，即不必官中有米。”（注：冯桂芬：《校邠庐抗议》“劝树农桑议”、“折南漕议”、“改士贡议”、“采西学议”。）提倡私人运输、自由销售，使市场交易得到发展，甚至连各地的贡品，冯桂芬也建议改变传统进贡方法，只有“其地不出，而京师又不时有者，始有其地接纳”，（注：冯桂芬：《校邠庐抗议》“劝树农桑议”、“折南漕议”、“改士贡议”、“采西学议”。）其余折银上交，以促进贸易发展。他还主张开放闭关的国门，发展对外贸易，使国内市场和国际市场进一步沟通，使中国经济融入国际大市场。
    至于大型近代工业，冯桂芬建议由官方创办，他提出：
    宜于通商各口拨款设船炮局，聘夷人数名，招内地善运思者从受其法，以授众臣。工成与夷制无辨者赏给举人，一体会试。出夷制之上者，赏给进士，一体殿试。
    在将西方先进科技当作“奇技淫巧”的时代，冯桂芬提出用封建社会最光耀的功名奖励那些“师夷长技”的科技人才，他的人才观发生了重大变化，对通晓西学和制造技术的人予以破格擢拔。他建议清政府“今欲来西学，宜于广东、上海设一翻译公所。……由是而历算之术，而格致之理，而制器尚象之法，兼综条贯”，（注：冯桂芬：《校邠庐抗议》“劝树农桑议”、“折南漕议”、“改士贡议”、“采西学议”。）以传播西学，培养新型人才。
    从上分析，我们可以看到洪仁玕经济变革方案与冯桂芬经济变革方案有着很大的不同。洪仁玕的经济变革方案中，建立一个近代化社会的目标非常明显。而冯桂芬的经济变革方案通过建立以农为主的社会，缓和阶级矛盾以维持清政府的统治。之所以有此不同的经济变革方案与他们各自不同的出身和经历显然有着密切的关联。
    洪仁玕虽然出身农家，自幼也接受一般的儒学教育，鸦片战争后社会动荡的危机，农村的贫困与凋蔽，个人奋斗的屡屡受挫，使他对社会与清廷产生了强烈的抗争意识。
    在追赶太平军不成，流寓香港以后，身处资本主义文化和西方传教士之中，对资本主义文明比冯桂芬有直接和深刻的认识，甚至还研究西方“邦法”，以期建立一个新的国家。
    相对于洪仁玕的出身和数年流寓生涯，冯桂芬的经历显然与此不同。冯桂芬出生于父亲“转致小康”，母亲家也“风饶俗”的环境中，自幼生活在人文荟萃的苏州地区，科举上的一帆风顺，政治和社会地位的提高，使他对清廷有自觉的认同和效忠的心理。