五、要伸张正义，杜绝其狡谋。法人的用心甚狡，或者强词夺理，说什么越南本不是中国的藩属；或者危词挟制，说什么中国军队不应该暗中支持黑旗军。其目的无非想扰乱我军的谋划，并窥探我方的动静。从越南的形势看，法军自感部署未周，兵饷又难以为继，“非利在速战，即利在暂和”，我们若主战不坚定，便会“为其所算”；若遇和即表同意，便将“堕其术中”。因此，我们务必“勿受甘言，勿图省事，力破红河为界之谬论，明举恢复越南之义师，足以杜狡谋而弭边患”（20）。
    六、我军援越抗法，获得越南人民的支持。越南臣民正要反对不平等的《顺化条约》，其所以不敢立即行动，是担心兵力不足。中国若全力出击，声色并壮，必将重振越南人民的斗志，届时“内应反间，随地而有”（21），何愁不能击败法军。
    七、须趁法军立足未稳，将其赶走。半年来，法军伤亡甚众，虽占踞了部分越南领土，由于用兵未息，而“矿务关税，利未尽开；筑垒屯兵，力未尽厚”，这正是收复失地的大好时机。否则，经过若干年后，法人已根深蒂固，形成“攻守异形，劳逸异势，我于彼则无隙可乘，彼于我且因利伺便”（22），我方将由主动变为被动，那时就来不及了。
    八、我们二十年来高喊“自强”、“御侮”，现在已是时候到了。我国过去年年论自强，日日言御侮，所以无一成效者，“其病在有名无实，有始无终。……每逢横逆之来，犹不敢轻言一鼓。”（23）养兵千日，用在一朝。希望在搞了二十年的洋务之后，结束光喊“自强”、“御侮”的局面，在此关键时刻，拿出爱国的真实行动来。但是，由于中国的积习很深，往往平时因循，临事又支绌，结果，“铁甲已成而不至，水师屡议而未行。彼以十数船之偏师，声东击西，可以越重溟而蹈隙（按：指发动马江战役），我以南北洋之重镇，此疆彼界，不能分一旅以救邻；主客异形，劳逸反势。事至今日，若不通筹全局，综计初终，必至忽战忽和，包羞贻患。”（24）后来事态的发展，不出宝琛之所料：虽然马江海战受挫，但在越南陆路的主战场上不论东西两路都大获全胜，而清政府却仍然心甘情愿地签订了既出卖越南，又丧权辱国的《中法越南条约》。
    再次，他坚决主战，并出之于愤懑，以实际行动表示“愿尽致身之义”。认为“法人怙恶，陆梁日甚，……此其激我以不可不战之理，迫我以不得不战之势”，基于此，除了议战之外，已没有别的选择余地。但是，宝琛所顾虑的“不在议战之无人，而在主战之不定；不在迭胜迭负之连兵莫释，而在旋战旋和之召祸弥深”。因为自1860年《北京条约》签订以来，清政府一意羁縻求和，造成琉球不问，乃有朝鲜之役。今日之事，如果再求和示弱，那么外人知道中国对待战事的态度，照例是“有名无实，有始无终。臣恐拱手而去者不独越南，沿海之边隅皆越南也；虎视而起者不独法人，环瀛之雄国皆法人也。”以后的历史发展，证明陈宝琛的话没有说错。他又进一步分析说：“彼之声言犯粤者，欲以牵我之出师耳；声言取琼者，欲以禁我之救越耳。”从而主张今日之要著，在以急谋收复越南失地；而沿海各省也不可不严海防。他指出：“此次战事断无中止，应请严谕各疆臣，责令实力筹维，勿怀观望，亟蒐军实，首固民心。”他认为我们既然进兵越南，法人必全神注越，一定无暇分兵。即使它出“偏师豕突，一隅偶胜，亦于全局无妨。是我之谋越，即以杜彼之内侵。否则防不胜防，撤不胜撤，其劳师縻饷且十倍于战”（25）。
    光绪九年十二月十九日（1884年1月16日），陈宝琛慷慨激昂地上疏表示：为阻止法国入侵，“普天率土，敌忾同仇。臣虽迂腐，何敢自同局外。如果战事既开，或有用臣之处，艰苦盘错所不敢辞，庶酬特达之知，而尽致身之义。”（26）十年四月十四日（1884年5月8日），终于得奉上谕：“内阁学士陈宝琛，著会办南洋事宜。……准其专折奏事。”（27）宝琛得旨，遂于闰五月十六日（7月8日），由江西起程赴江宁。
    1884年5月，法国一度通过德人德琳牵线，由李鸿章与法国海军军官福禄诺在天津签订了不平等的《简明条约》五款。陈宝琛得悉，立即向清廷上《论法约无利有弊折》，一一加以分析和驳斥，指出：“如第一款之含混其词；第二款、第四款之显相矛盾；第三款之漫无界限。”希望朝廷决不可“朝三暮四，掩耳盗钟”，否则，“各国孰不效尤，中国何以自立？”（28）但是，他中途又“奉议约”之命，仅到宁三日即遵旨赴津。嗣复留沪月余，随即偕同许景澄，乘坐“钧和”轮于六月二十九日（8月19日）下午离沪，经江阴，圌山关、镇江等地，沿途查看并督操水靶。于22日返抵下关，与两江总督兼南洋大臣曾国荃会晤，告知沿途所见：“台炮施放尚为灵捷，而取准未能悉娴；兵船之抛泊尚属联络，而扼守似宜因势。”（29）
    朝廷希望曾、陈二人在江南共事，能“和衷共济，力挽时艰”，陈宝琛觉得“顾名思义，固亦有其应尽之责，若自安缄默而不言，则于臣之微抱有所未安，似亦非圣慈所以命臣之意”，所以，既“不敢雷同以负圣明，亦不敢独断而偾大局。慎以从事，诚以待人”。他表示“臣以愚戆之性，过蒙殊眷，躯命所不敢惜，毁誉所不敢知”（30）。也就是说，为了搞好工作，他将不顾个人的名誉地位，甚至牺牲生命也在所不惜。他还及时地将“沿途巡视兵轮炮台情形，均经竭诚告知曾国荃，冀备采用。旬日中或面商或函白，虽不能有所裨补，而不敢不罄其千虑之愚”（31）。但是，曾国荃对他以一介儒生而参与戎事，既不重视，也不放在眼里。因此，“臣与曾国荃即欲虚衷商榷，臣即欲参与末议，然限于日力，局于事势，均未暇及也。”（32）“况曾国荃方以战守自任，凡所论奏施措，皆事后以一公牍相闻。臣稽查既托空言，补救更成虚语”（33）。由此看来，陈与曾共事本属双方的，不能只一厢情愿，由于曾对陈根本不屑一顾，因此怎能做到“和衷共济”！陈虽尽心尽力，仍痛感其抱负无从发挥，只好徒唤奈何。
    陈宝琛以军务为重，又于9月30日轻装减从，乘坐“祥云”小轮船出省，再次察看兵轮停泊形势。10月1日到江阴，次日出吴淞，3日还轮，4日至镇江停两日，“得遍阅焦山、象山、都天庙诸炮台，演试炮靶，并测量焦山北港水道”，7日还抵江宁。这次巡察，他发现“南洋诸炮台，向来不知有炮表、炮尺测量勾股之法，于配药之多寡，取准之远近，均不能尽炮之用。……盖管驾不深明勾股测量之法，则不能察天象、辨山头、识沙线、记港道。往来长江犹可藏拙，若放洋稍远，则茫无把握”。这样的海军，如何能保卫海防和对外作战？！“臣昨所阅新放水雷二具，电线尚灵，但皆守放近岸浅沙；药力故猛，若置之中泓，沈之多日，其灵否？尚未及验耳。”而那些“新调之兵，操演仅及月余，有试靶一二次者，有初次试靶者，其不能命中固无责焉”。根据以上所见的情况，为了应急，只得“目下但嘱其临战安船，宜散不宜聚，宜整不宜乱，免致烟雾迷茫之际，手足忙遽之时，自相轰击，蹈马江故辙”耳。
    更可笑和可恨的是，宝琛“于回轮江阴之日，冒雨登南琛、开济二船，该管驾均已上岸。际此海氛孔迫，岂容片刻离船！乃知臣方出省，即恭谨来迎，闻臣不停船，即逍遥自适。其防敌乎直防臣耳。且闻管驾中有聚赌累日，胜负辄数百金！臣以牵累多人，不欲穷治其事，但告知曾国荃，请其申饬，以警将来”（34）。又海防募勇，往往“多多益善，而其中积弊实难破除”。他闻“外间人言则谓某营勇数仅二三百人，某营只发小饷一日百文，某营有帮办而无营官，某营有营官而扣薪水。臣虽不敢尽谓可信，亦不敢尽谓无因”（35）。
    陈宝琛在对付外来顽敌问题上，认为必须竭尽全力，相信和依靠群众，因此，曾向朝廷上疏，建议破格用人。他说：“至于用人，必先破格。……战端既启，或造军器，或筦军储，或战或防，需才甚众。朝廷诚破格以求，无论已仕未仕，有能荷戈前驱，献策却敌者，咸予录用。效则加以不次之赏，不效则加以倍等之罚；恢复越南一省者，即以一省封之；夺获法军船械者，即以所获予之。以天下之大，沿海各省复与夷狎，而畏无智略勇敢之士出而集事，臣不信也。”（36）从这段话中，可以看出他是继承了林则徐在鸦片战争时期的御侮思想的。
    综上所述，陈宝琛虽然没有直接调赴中法战争前线与敌战斗，但他在会办南洋事宜任上，已经是废寝忘食，殚精竭虑，全力以赴地尽了他应尽的责任。总之，他不是专会夸夸其谈说空话的人，而是言行一致身体力行的爱国者。
    然而，因他和张佩纶曾经“力举唐炯、徐延旭堪任军事，请饬分统滇、粤各军出境防剿，卒至偾事，贻误非轻”。光绪十年十二月癸未（1885年1月27日），奉上谕“陈宝琛，著交部严加议处；张佩纶，著即行革职”（37）。6天后，即“戊子（2月2日），吏部遵议处分一折，……前内阁学士陈宝琛，著照部议降五级调用。”（38）陈宝琛只好回福州休闲家居，“终德宗（光绪）之世不复出”。“宣统改元，始起复原官”（39），重新入京，从事他后半生的活动。