艰难的轨迹
    1979年10月1日新的《巴拿马运河条约》正式生效。巴拿马城20 多万人参加了接管运河区主权的隆重仪式，涌进了与国土分割70多年的运河区，欢庆这一历史性的伟大胜利。美、巴两国的关系也因新条约的签订和生效恢复正常化。
    但是，新条约的实施不是一帆风顺的，而是留下了艰难曲折的轨迹。随着巴拿马运河回归日期的临近，美国国内出现了一股要求修改1977年《巴拿马运河条约》、企图延长美军驻扎巴拿马期限的势力。进入80年代以后，美国曾多次提出延长在巴拿马的军事基地期限的问题。据报道，里根在竞选总统时曾对卡特总统签署1977年的运河条约进行了激烈的批评；80年代中期里根总统曾给巴拿马方面传话，表示修改1977年运河条约的愿望。美国白宫和国会中抱有同样愿望的政治家也不乏其人。
    1983年诺列加出任巴拿马国民警卫队（后改称国防军）司令后，逐渐独揽军政大权，实行军事独裁，肆意干政，使巴拿马民主化进程发生逆转，引起巴拿马政界特别是反对派的强烈不满。但在运河问题上，诺列加坚持民族主义立场，维护国家主权，拒绝美国方面有关修改1977年运河条约的各种要求，并且经常揭露美国违反新运河条约的行为。此举在国内颇得人心，但美国对他大为恼火，必欲除之而后快。1988年2月5日美国联邦检察官在迈阿密对诺列加提出控告并向新闻界公布了一份长达30页的起诉书，为诺列加罗织了走私贩毒、扼杀人权等12大罪状。
    1989年布什就任美国总统后，继续对巴拿马实行经济制裁、政治高压、外交孤立和军事封锁，妄图逼迫诺列加下台，在巴拿马扶植亲美政府，实现修改1977年条约之目的。但其招数用尽，并不奏效。出于无奈，布什遂以“保卫美国驻巴拿马军民的生命财产安全、恢复巴拿马民主制度、维护巴拿马运河条约的完整性、拘捕诺列加到美国受审”为由，于12月20日凌晨下令出动两倍于巴拿马国防军的兵力，在最新式隐形战斗机的配合下，对巴拿马发动突然袭击，武装攻占巴拿马。巴拿马国防军寡不敌众，很快被瓦解；准军事组织民兵“尊严营”进行了近乎悲壮的抵抗。1990年1月3日，国防军司令诺列加向美军投降，被押往美国受审。美军的入侵给巴拿马人民的生命财产造成巨大损失。
    入侵第2天，美军扶植反对派领导人恩达拉宣誓就任总统。 但1990年2月和1991年5月恩达拉总统两度拒绝美国有关修改1977年运河条约的要求后，也被美国指责存在“涉嫌”贩毒的问题。由此看来，运河问题是两国关系的症结所在。美国尽管同巴拿马签订了新运河条约，但它并不甘于按期拱手交出运河，撤出驻军。美国参议院外委会主席赫尔姆斯曾大声疾呼：“你们想想吧，美国国旗将于1999年在巴拿马降下来，我们怎么能听之任之呢？必须把它矫正过来。”（注：《巴拿马拒绝美国参议院关于保留军事基地的决议》，埃菲社巴拿马城1996年9月9日西文电。）这应该是美国真实意图的最典型的表露。
    尽管如此，在巴拿马政府和人民坚决反对延长基地期限、强烈要求美国按期撤军的压力下，美国政府最终还是按1977年的条约规定，逐步从巴拿马撤离其驻军。1993年1月美国国防部宣布了撤军计划。1994年6月，美国驻运河区的193步兵旅开始正式撤离。 南方司令部负责人在撤军仪式上宣布，到1995年拟将驻巴拿马的1万名军人减至6 000人，而后继续分阶段撤离，在1999年年底全部撤完。可是，就在刚开始撤军的同时，美国国会不断传来不谐调的声音。1995年6月和1996年9月美国众议院和参议院先后通过决议，要求克林顿政府同巴拿马政府举行谈判，以便将美国在巴拿马的军事基地保留到2000年以后。1998年7 月赫尔姆斯和美国众议院国际委员会主席吉尔曼再次建议克林顿总统同巴拿马谈判延长军事基地问题。美国国会及其成员的倒行逆施遭到了巴拿马政府和人民的强烈反对和谴责。
    在要求修改条约和延长军事基地期限的图谋失败后，美国又想通过将运河区霍华德空军基地转为“多国反毒中心”，变相地保留军事基地。尽管建立“多国反毒中心”的建议是巴拿马总统巴利亚达雷斯于1995年9月首先提出来的，但这也正是美国想利用的。美、巴双方经过3年的酝酿和谈判，未能达成协议，谈判于1998年9月以失败而告终。 其中主要原因是在建立“多国反毒中心”问题上美国坚持“除了缉毒，还可以从事其他活动”的立场，以及巴拿马人民强烈地和一贯地反对。（注：《法制日报》，北京，1998年10月2日。）
    撤军过程中尽管有几多插曲，但“青山遮不住，毕竟东流去”。美国不得不依条约行事，继续分批撤军。1997年9月25日， 美国南方司令部大本营从它占领了50多年的夸里海茨驻地最后一次降下美国国旗，驻扎在那里的最后一批200名军人迁移到迈阿密。据报道， 南方司令部总部将迁至波多黎各首府圣胡安附近的瓜伊那沃的布坎南堡基地。1999年7月30日，南方司令部所属陆军部队200名官兵在运河区克莱顿基地举行了“美国从巴拿马撤出最后一批军队”的告别仪式。巴拿马总统巴利亚达雷斯、外长里特尔和美国驻巴拿马大使西蒙·费罗应邀出席。告别仪式标志着美国在巴拿马长达近1个世纪的驻军历史走到了尽头， 也标志着美国在除古巴关塔那摩基地之外整个拉美地区军事存在的结束。驻克莱顿基地459名军人、212名预备役军人和700名文职人员遂从8月初开始陆续前往波多黎各的布坎南堡基地。