在哥大，胡适选修了杜威的课“伦理学之宗派”。杜威认为，有系统的思想通常要通过5个阶段：第一阶段是困惑、疑虑的阶段， 导致思想者认真地思考；第二阶段决定这疑虑和困惑在何处；第三阶段面临一些现成的假设的解决方法任凭选择；第四阶段，思想者选择其一作为对他的困惑和疑虑的解决方法；第五阶段思想者要求证，把他选择的假设，证明出来哪是他的疑虑和困惑最满意的解决。杜威的理论使胡适对一般科学研究的基本步骤有了明确的了解，并加强了他关于现代的科学法则和中国古代的考据学、考证学在方法上有相通之处的意识。这是胡适自恃为发前人之未发的思想收获。在杜威那门课的启发下，胡适决定了博士论文研究的课题：“中国古代哲学方法之进化史”。
    胡适在为中西考证学、校勘学方法的相同而惊奇、欣喜的时候，并没有让民族情绪左右理性的沉思，简单地当作“古已有之”信条下的一个例证。中西考证学、校勘学方法的相同固然令人欣喜，但是，在胡适看来，这又是很正常的，因为都是从人类的常识出发的。抹去神奇的光晕，在理性的审视下，就方法论问题似乎可以进一步思考：它们的差异是什么？为什么导致了不同的结果？等等。这促使胡适对中国古代思想方法进行了批判。
    胡适认为，“证”与“据”是有区别的。“据”是引经典之言以证明自己的观点，而“证者，根据事实，根据法理，或由前提而得结论（演绎）；或由果溯因，由因推果（归纳）：是证也。”他认为，中国的旧论理，“但有据而无证”。（注：《胡适留学日记》，第752页。 ）以“诗云”“子曰”作论理，这同欧洲中世纪引《圣经》之言以为论理前提是一个模式，这种思维模式并不能引导人们发现真理。
    胡适认为，哲学的发展是受方法论制约的，宋明理学家试图以《大学》为基础建立新的方法论，但是由于是纯理性的和伦理的，结果归于失败。二程和朱熹把“格物”解释为“穷究事物”，十分接近归纳方法；但是没有对程序作出详细的规定，这说明宋代理学家的“格物”与西方近代的归纳法还相去甚远。另外，“朱熹和王阳明都同意把‘物’作‘事’解释”（注：《先秦名学史》，第5页。）， “格物”主要是以人心的道德修养为对象，这也不同于西方近代以自然为对象的观念。由于没有适当的逻辑方法，严重地阻碍了中国哲学和科学的发展。
    当中国与世界其他思想体系有了接触时，近代中国哲学中缺乏的方法论，似乎可以用西方已经发展了的哲学和科学的方法来填补。但是，在胡适看来，问题并没有如此简单，方法论的改造不能“采取突然替换的形式”，“我们当前较为特殊的问题是：我们在哪里能找到可以有机地联系现代欧美思想体系的合适的基础，使我们能在新旧文化内在调和的基础上建立我们自己的科学和哲学。”（注：《先秦名学史》， 第8页。）胡适认为，这个基础不是长期影响人们思想的儒学，而是“非儒学派”。非儒学派的后期墨家“是发展归纳方法和演绎方法的科学逻辑的唯一的中国思想学派”。但是，先秦以后，墨家成了“绝学”，它的逻辑方法没有进一步发展，更没有进入中国人的心灵，因此，现在要借助于现代西方哲学去研究那些已被忽略的本国学派。胡适自己就比较具体地进行了这一工作。
    在美国留学时期，胡适希望回国以后，能模仿英国前一代“牛津运动”（宗派的改良运动）的领袖们如牛曼（Newman）、傅鲁得（Froude）、客白儿（Keble）诸人。他们为了共同事业，相互期许。 据说牛曼曾引用著名诗人荷马的诗句，题在他们3人的诗歌集上， 大意是说：“如今我们已回来，你们请看分晓罢！”胡适十分推崇他们的那种抱负，“其气象可想。此亦可作吾辈留学生之先锋旗也。”后来，胡适和国内新文化运动的领导者陈独秀建立了联系，在《新青年》上发表《文学改良刍议》一文，倡导文学改良。归国后，他更是全力从事新文化运动的工作，几年中，写下了大量的论著，介绍西方文化、抨击封建主义、宣传资产阶级的民主和自由，成为五四新文化运动的领袖之一。显然，这是他在美国留学时期探求的结果和继续。