按照原议，留沪代表所组成的只是一个“通信机关”，其职责仅限于“联络声气，以为鄂会后援”，并无决定临时政府所在地与选举临时政府首脑的权力。因此汉口的代表们获悉后大为不满，认为此举事先瞒着他们，“不令闻知”，纯属荒谬越权行为，“既不合理，又不合法”，遂于12月7日作出决议：“由黎大都督电沪都督， 查实如另有人在沪联合推举大元帅、副元帅等名目，请其宣告取消”。（注：刘星楠：《辛亥各省代表会议日志》，《辛亥革命回忆录》等6集，第247页。）这一决议正合黎元洪的心意，12月8日，他即致电各省都督： “各省代表均到鄂，议定临时政府组织大纲，并订期在南京公举临时大总统，组织临时政府。经敝处通电各省，谅已达览。现忽据来电，称沪上有十四省代表推举黄兴为大元帅、元洪为副元帅之说，情节甚为支离，如确有其事，请设法声明取消，以免淆乱耳目。”（注：《黎副总统政书》卷1，第22页； 曹亚伯：《武昌革命真史》下册，第404页。）
    陈其美、宋教仁竭力推举黄兴出来做大元帅，本是出于对同盟会的忠心，使组建临时中央政府的领导权不致旁落，但由于做法欠妥，过于仓促草率，反而效果不佳，不仅武汉方面一致反对，即使上海方面如章太炎及部分江浙军人也拒不承认。（注：《太炎先生自定年谱》，《近代史资料》1957年第1期。）加快组建临时中央政府的步伐， 坚持同盟会的领导权，这无可非议，但要达此目的，首先必须做到革命党人之间的沟通和团结。具体说来，应该重视有重要贡献的首义之区革命党人，尽可能求得他们的理解和支持；必须及时调整和妥善处理与光复会的关系，努力化解分歧，达成统一立场。擅自而为，鲁莽行事，不做切实说服工作，不尊重甚至排斥其他革命党，结果造成嘘声一片，混乱多变，那是十分自然的。
    张謇、程德全等人在这个问题上与同盟会保持一致，那是有着共同的利益和彼此达成妥协的结果。改址南京，便于就近控制，对双方均有好处。赞成黄兴担任大元帅，同时也得到了回报。一是正式公认程德全为江苏都督。就在12月2日这一天，黄兴、章太炎、宋教仁， 连夜致电江浙联军总司令徐绍桢、镇江都督林述庆、浙军司令朱瑞、苏军司令刘之洁等，“推苏州程都督移驻江宁为江苏都督，一以资镇守，一以便外交”。（注：《致徐绍桢林述庆等电》，《民立报》1911年12月3日。）张謇早就策划在攻下南京时，推程德全移驻南京，“趁此并宁、苏为一”，（注：《张謇致赵凤昌密函》，《辛亥革命在上海史料选辑》第1063页。）现在有了同盟会方面的公开支持，终于使程德全名正言顺地取得了江苏省的最高统治权。二是由张謇为两淮盐政总理。陈其美为了取得张謇等人的支持，早就主张公推张謇为两淮盐政总理。至11月底南京垂下之际，程德全建议攻下南京后设立“江苏全省盐务总局，即推张季翁总理其事”。当月29日，张謇电复陈其美，表示愿意“料理盐务”，实现了其控制两淮盐政的愿望。（注：《复陈其美电》，《申报》1911年11月29日。）
    可是，黄兴本人对大元帅一职并不显得积极。汉阳失守后，他的心境一直欠佳。11月27日连夜登轮离开武昌，一到上海即被推为大元帅。由于并非一致赞成，他“谦辞不肯承任”，直至12月5 日开欢迎会时，仍当场“力辞，谓才力不胜”，“愿领兵北伐”。他先推举黎元洪，尔后又说“孙中山将次回国，可当此任”。会议开了两个多小时，与会者一再恳请，有代表说：“方今军务倥偬，时间异常宝贵。孙君诚为数十年来热心革命之大伟人，然对外非常紧急，若无临时政府，一切交涉事宜，俱形棘手。况大元帅为一时权宜之计，将来中华底定，自当由全国公选大总统”。至此，黄兴才答应“暂时勉任”。（注：《黄大元帅万岁》，《民立报》1911年12月6日。）
    黄兴之所以如此勉强，还有另外一层原因，即担心列强趁机干涉，故急待袁世凯迅速反正，推其为民国大统领。他在给汪精卫的复电中说：“北京不早日戡定，恐招外人干涉，”如袁世凯“能顾及大局，与民军为一致之行动，迅速推倒满清政府”，则“中华民国大统领一位，断推举项城无疑。”目前“兴只得从各省代表之请，暂充临时大元帅，专任北伐，以待项城举事后即行辞职”。（注：《复汪精卫电》，《黄兴集》，中华书局1981年版，第94页。）
    三
    12月12日、13日，江西、浙江、湖北、湖南、奉天、河南、山西、福建、江苏、广西、广东、四川、直隶、安徽、山东15省共40名代表，分别从汉口、上海等地先后到达南京。12月14日，召开全体代表会议，选出浙江代表汤尔和为议长，广东代表王宠惠为副议长，福建代表潘祖彝为书记，追认汉口代表会议所议定的《中华民国临时政府组织大纲》，由新增奉、晋、赣、粤4省代表补充签名，并议决于12月16 日开会选举临时大总统。
    可是第二天，12月15日，由鄂续到南京的浙江代表陈毅带来了袁世凯代表唐绍仪已抵武汉的消息，他向代表会议报告：“袁内阁代表唐绍仪到汉时，黎大都督代表已与会晤，据唐代表称，袁内阁亦主张共和，但须由国民会议议决后，袁内阁据以告清廷，即可实行逊位”。（注：刘星楠：《辛亥各省代表会议日志》，《辛亥革命回忆录》第6集， 第250页。）此时，胡瑛、王正廷也从武汉函告：袁“极欲平和了结。 ”“瑛等与唐即日赴沪，宁会选举，务乞稍缓。俟唐、伍（即伍廷芳）会商后再举，必得美满结果。此事关系极重，乞诸公极力维持”。（注：《胡瑛、王正廷致各省代表团函》，《辛亥革命在上海史料选辑》第1075页。）于是代表会议当日决定暂缓选举临时大总统，虚位以待袁世凯，为此承认原留沪代表所推举的大元帅、副元帅、并在《临时政府组织大纲》中增加一条：“大总统未举定以前，其职权由大元帅暂任之”。（注：刘星楠：《辛亥各省代表会议日志》，《辛亥革命回忆录》第 6集，第250页。）
    此时被公认，已经索然无味，12月17日黄兴致电南京，“力辞”大元帅，推荐黎元洪担任。各省代表会当即改举黎元洪为大元帅，并决定黎“暂驻武昌，由副元帅代行大元帅职权，组织临时政府”。事到如今，正副帅位忽又倒置，黄兴更无意就任。黄兴不到位，议长汤尔和“因病”留沪，副议长王宠惠又因议和事去沪，这样在南京的各省代表便处于进退维谷的尴尬境地。20日，各省代表会又举山西代表景耀月为代理议长，“备公函请黄克强君即速来宁，组织临时政府”。21日黎元洪来电，谓承受大元帅名义，并委副元帅代行其职权。22日江浙联军代表李燮和赴沪敦请。其间，程德全也当面劝说。正当黄兴在众请之下稍有回心转意之际，忽然接到孙中山已经归国行将抵沪的确讯，于是又决定暂缓赴宁，等待孙中山归来。
    孙中山是全国公认的革命领袖。由于此前长期流亡海外，所以各省代表在酝酿新政府元首人选过程中实际并未真正考虑过他。现在，正当临时中央政府陷入难产，孙中山适时从海外归来，各省代表顿时喜出望外。
    12月21日孙中山行抵香港，当即向前来迎接的胡汉民等表示：“今日人民及党人所望于我者，非望我有坚强之兵力也，乃在能收拾残破之局，以拨乱反治也。……今之大患即在无政府，如能创建政府，则满清之政府固必倾覆。”他不同意胡汉民要他留在广东的建议，认为“沪宁在前方，不以身当其冲，而退就粤中以修战备，此为避难就易。……我若不至沪、宁，则此一切对内对外大计主持，决非他人所能任”。（注：《孙中山全集》第1卷，中华书局1981年版，第569-570页。） 孙中山坚持北上，当晚离港赴沪，并邀胡汉民同行。启程前，胡致电陈其美、黄兴：“汉民到港接孙先生，同英邮船来申，乞招待”。（注：《广东胡督来电》，《申报》1911年12月23日。）
    25日晨，孙中山所乘英邮轮“丹佛号”驶抵吴淞口，旋进泊浦东码头，时有黄宗仰等以“江利轮”恭候，接其驰至三马路（今汉口路）海关码头。同船到达的有胡汉民、谢良牧、李晓生、黄子荫、陈琴航、朱本富、余森郎、朱卓文、陆文辉、黄菊生，以及美国友人咸马里夫妇、日本友人宫崎寅芷、池亨吉、山田纯三郎、太田三次郎、群岛忠次郎、绪方二三。（注：《孙中山归国纪》，《民立报》1911年12月26日。）孙中山一行受到了上海军政及中外各界人士的热烈迎接。他的到来，打破了筹建临时中央政府的僵局，使酝酿已久的政府元首终于有了众望所归的人选。