第二，互助进化史观高于竞争进化史观
    如果说，《天演大同辨》是以两种进化史观的半分天下的均势进行综合的话，那么，随着克鲁泡特金的无政府主义思想特别是他的《互助论》传入后，则天平开始倾斜，“竞争”模式逐渐向“互助”模式倾斜。克氏《互助论》是对生存竞争进化论的“一种抗议”。首先，他认为“互助”是一种宇宙人类的普遍现象，不仅存在于动物自然界，也存在于从“蒙昧人和半野蛮人的社会”到“现代文明”的人类社会，它是从动物到人类的一种“生活法规”，一种本能，所以他说：“合群、互助与互相扶持的需要与人类的本性是不能分离的，”其次，“互助”也是人类社会进化的重要原因，“互助的根源很早就深深地渗入人类过去的进化中”，而且比“竞争”更重要，“我们可以坚决地承认互助与互争皆是自然界中的法则；但是论起进化的原因，互助或许比较互争重要得多，因为互助大有利于种族的保存和发展，互助能以较少的劳力予各个体的较大的安适和愉快”；第三，“互助”本身就是一种道德情感，就是“爱、同情、牺牲”，“人类道德之进步，如按大体立论，亦由互助的原理逐渐扩张而成”。〔11〕克鲁泡特金的“互助论”、与康有为的“仁爱进化论”有着很大程度上的一致性和道德主义色彩，只不过克氏“互助论”更理论化。
    克鲁泡特金的思想是伴随着无政府主义思潮和西方各种社会主义思潮而传入中国的。至迟在1907年，他的《告少年》、《秩序》就曾由新世纪书报局作为《新世纪丛书》被译介到中国（译者为“真民”），中国无政府主义者正是以克氏“互助论”来挑战竞争进化论的，也就是说，严复进化史观在风靡了多年后，遭到了比康氏进化史观更具现代意味、也更具有某种实证科学意味的互助模式的挑战。这可以中国无政府主义代表李石曾的《无政府说》来分析。李文虽然也承认“竞争”和“互助”是进化过程中的两种力量，不可偏废，“互助而不竞争，则偏于太柔；竞争而不互助，则偏于太烈；太柔，则不及进代之效力；太烈，则过进化之作用。不柔不烈，相遇得当，无过无不及之患，是谓最得进化之大道”，〔12〕但是他明确强调“互助”高于“竞争”：
    第一，在进化的动力方面，“互助”比“竞争”更具有重要性：“人谓世界无竞争，则无进步。吾更言曰：无互助，则更无进步，且欲竞争而不能”，又说：“夫生存未必赖竞争，竞争未必有进步。所以赖以生存，生存而有进步者，在互助而不在竞争也”；第二，“竞争”只能导致一个“惨杀世界”，“世界之所以终不能免为惨杀世界者，以竞争时多，而互助时少也”，而且，“自有生物以来，论于天演之淘汰者多，出于自然之进化者少，盖皆重竞争而轻互助也……此世界之所以至今日尚为惨杀之世界也”；第三，从作用来看，“互助”的作用高于“竞争”，李石曾从四方面进行比较：（甲）互助，则优劣俱胜。并进。（乙）不互助，则优劣俱败，同退。（丙）竞争，则优胜劣败。单进。（丁）不竞争，则优败劣胜。只退。从这一比较中，作者倾向于“互助”。
    第三，“智识进化”与“道德退化”的“俱分进化论”。
    无论是“两种进化史观调和论”，还是“互助”高于“竞争”论，都还没有对“进化”本身提出怀疑，然而，到章太炎1906年发表的《俱分进化论》〔13〕，则明确对“进化”本身作出反思和质疑，使近代进化史观的发展获得了一种新的理论深度。应该承认，“善恶俱进”论从进化论一传播就已开始存在了。《天演论·演恶》中说：“以天演言之，则善固演也，恶亦未尝非演”，只是严复在“按语”中反对赫胥黎这一观点而少被人注意，章太炎则将之发挥到极致，从而表现出对人类历史进化过程中“二律背反”复杂现象的深刻认识。
    章太炎首先是从对“真、善、美”的怀疑开始的。真善美本是人类追求的一种价值理想，严复就曾多次肯定：“东西古哲之言曰：人道之所贵者，一曰诚，二曰善，三曰美”〔14〕然而章太炎却对此表示怀疑：“希腊古德以为人之所好，曰真、曰善、曰美，好善之念，惟是善性，好美之念，是无记性；好真之念，半是善性，半无记性。虽然，人之所好，止于三者而已乎？”〔15〕如果人类追求的是真善美的美好理想，那么，人类社会到现在怎么会仍到处是“伏尸百万，蹀血千里”。因此，章太炎更进一步指斥道：“希腊学者，括人心之所好而立真、善、美三，斯实至陋之论。”〔16〕那么人的追求和理想还有什么呢？章太炎补充道：“今于人性好真、好善、好美而外，复有一好胜心。好胜有二：一，有目的之好胜；二、无目的之好胜。凡为追求五欲、财产、权位、名誉而起竞争者，此其求胜非以胜为限界，而亦在其事、其物之可成，是为有目的之好胜；若不为追求五欲、财产、权位、名誉而起竞争者，如鸡如蟋蟀等，天性喜斗，乃至人类亦有其性，如好奕棋与角力者，不必为求博赆，亦不必为求名誉，惟欲得胜而止，是为无目的之好胜……”，这样，人类的追求便是真、善、美、胜“四好”，这“四好”中，前三者属于“善”，后者属于“恶”，因此“其所好者，不能有善而无恶，故其所行者，亦不能有善而无恶”。
    当他从现实经验中总结出人的“好胜”的“恶”本性之后，便试图从佛教唯识宗基础上予以解释，并参照德国哲学家哈特曼 （hartmann）的宗教哲学。唯识宗主张“我”，“法”两空，“一切唯识所现”，“识”指眼、耳、鼻、舌、身、意、未那识、阿赖耶识“八识”，阿赖耶识作为世界的本体虽然无善无恶，但由于未那识“常机藏识以为自我”，便产生了“我执”，于是生出所谓“我痴”、“我见”、“我慢”、“我爱”四种心，“我慢心”便产生了“恶”，因此人性本身就潜藏着善恶二重性，“抑吾尝读赫尔图门之《宗教哲学》矣，其说曰：有恶根在，必有善根”，〔17〕正是在认识到人类“恶根性”这一意义上，章太炎说，人是“万物之元恶”，〔18〕从而推出他的“俱分进化论”：
    “进化之所以为进化者，非由一方直进，而必由双方并进，专举一方，惟言智识进化可尔。若以道德言，则善亦进化，恶亦进化；若以生计言，则乐亦进化，苦亦进化，双方并进，如影之随形，如罔两之逐景。非有他也，智识愈高虽欲举一废一而不可得。（nang）时之善恶为小，而今之善恶为大：（nang）时之苦乐为小，而今之苦乐为大。然则以求善求乐为目的者，果以进化为最幸耶？其抑以进化为最不幸耶？进化之实不可非，而进化之用无所取”。
    章太炎的思想是很深沉的，这里既没有康有为那种乐观地将道德的进步视为人类进化的动因的仁本主义心态，也没有严复那种以天演哲学理直气壮地为“自我保存”为“恶”（人的自然本质）正名的昂扬的呐喊，而是带有更多的感伤和忧虑，一种对近代工业文明的深刻怀疑和否定，他意识到了智识进步与道德退化的二律背反现象：“自微生以至人类，进化惟在智识，而道德乃日见其反张。进化愈甚好胜之心愈甚，而杀亦愈甚”，〔19〕意识到了文明进步与非人道的根本冲突：“知文明之愈进者，斯蹂践人道亦愈甚”，〔20〕也意识到了道德本身善、恶并进、苦乐同行的内在矛盾，这些认识都是相当深刻而超前的。马克思曾经说过：近代工业文明“一方面产生了以往人类历史上任何一个时代都不能想像的工业和科学的力量；而另一方面却显露出衰颓的征象”，又说：“新发现的财富的源泉，由于某种奇怪的、不可思议的魔力而变成贫困的根源。技术的胜利，似乎是以道德的败坏为代价换来的。”〔21〕章太炎以其特有的睿智表现出对近代工业文明的深刻洞察。但是这种对近代文明历史进步与道德退化的敏锐感受，并没有使他有勇气来承受这种不可避免的二重分裂的历史事实，他没有也不可能有历史前进中不可避免的社会阵痛的代价意识，因此，他反对近代工业文明：政治上反代议制，经济上反资本主义，价值理想上反真善美等等，而歌颂乡村文明和道德，于是又回到传统的思路上去了。因此，章太炎的进化史观并没有独立地形成第三大进化思潮。形成持久影响的依然还是竞争与仁爱--互助论。