《原经》篇近万言，包蕴颇富，其中主要内容可以归结为两个方面：一是驳斥章学诚“六经皆史”说的旨意是将中国学术置于官学的牢笼之下，是要否定史学发展的自主性。其次是根据六经是史书的见解，论述《春秋》一书并非规定时政、预测未来的圣经，其独特的价值在于保存史实，标志着中国史学的开端。
    “章炳麟曰：老聃、仲尼而上，学皆在官；老聃、仲尼而下，学皆在家人。正今之世，封建已绝矣，周秦之法已朽蠹矣，犹欲拘牵格令，以吏为师，以宦于大夫为学。”[13]章太炎对《文史通义》中“六经皆史”说的评价，主要着眼于春秋战国时期学术裂变的脉络中探究其真实意图，这一视角无疑具有准确性。民国以后至今不少名篇专著的阐释虽趋于精巧化，反而给人郢书燕说的印象。因为从章学诚对先秦时代官私之学消长情形的看法和评判入手考察，可以澄清他的“六经皆史”说暧昧不清的含义。在这方面，章学诚的基本观点是，由“周官旧典”构成的官学集道、学、政于一体，从官学到私学的变迁是历史的退化，从而否定私学存在的合理性及其独立性格，否认孔子开创私学传统的历史作用。章学诚说：“六艺非孔子之书，乃《周官》之旧典也。……官守学业皆出于一，而天下以同文为治，故私门无著述文字。”“三代之衰，治教既分，至于官师之分，处士横议，诸子纷纷著书立说，而文字始有私家之言。”“文字不隶于官守，制度不原于载籍，是谓无本之学。”[14]章学诚一方面认为六艺与六经有别，前者是周官政典，后者是儒家信奉的经书；但出于否定私学性质和内容异于官学的观点，又强调两者之间一脉相承的关系，六经只是祖述周公之旧典而已，且周公才是先王治教的集大成者，孔子所集不足一成，所做的只是“表章六籍，存周公乙旧典”，“人如孔子，不过学《周礼》一言足以尽其生平。”[15]因此，“学术之未进于古，正坐儒者流误法六经而师孔子耳。学孔子者，当学孔子之所学，不当学孔子之不得已。”“故知‘道器合一’方可言学，‘道器合一’之故，必求端于周、孔之分，此实古今学术之要旨。”[16]所谓“道器合一”，在这里是官师合一的另一种表述。而“合一”的实际含义是指一种主次、附丽的关系，因为他表示作为先王政典的六艺已经括尽道体，而“后世服夫子之教者自六经，以谓六经载道之书也，而不知六经皆器。道不离器，犹影不离形。”[17]从这些表述中，可以清楚地看到章学诚对君师之间主从、高下关系的价值评判。
    正是根据六经源于六艺、等六经于官典的“本原”之论，章学诚才强调要突出六经的官书性质及其凌驾于私学之上的独尊地位。他在《经解下》中写道：
    “异学称经以抗六艺，愚也；儒者僭经以拟六艺，妄也。……强加经名以相拟，何异优伶效楚相哉？扬雄、刘歆，儒之通经者也。扬雄《法言》，盖云时人有问，用法应之，抑亦可矣。乃云象《论语》者，抑何谬邪？虽然，此犹一家之言，其病小也；其大可异者，作《太玄》以准《易》，人仅知僭经尔，不知《易》乃先王政典而非空言，雄盖蹈僭窃王章之罪，弗思甚也。”
    类似经书不可私拟的议论也见于《易教上》。这些见解受到章太炎的有力指斥，《原经》开头即指出：“挽世有章学诚，以经皆官书，不宜以庶士僭拟，故深非扬雄、王通。”随之征引《吴语》、《论衡》、《管子》、《世经》、《图经》、《畿服经》等文献，说明“经之名广矣。”他以《易》为例，驳斥章学诚必以官私相格的荒谬性。“盖《易》者，务以占事知来，惟变所适，不为典要。故周世既有二家驳文，韩宣子‘观书于太史氏，见《易象》、与《鲁春秋》，曰：周礼尽在鲁矣。’尚考九流之学，其根极悉在有司，而《易》亦掌之太卜。同为周礼，然非礼器制度符节玺印幡信之属不可刊者。故周时《易》有二种，与《连山》、《归藏》而四，及汉扬雄犹得摹略为之。是亦依则古初，不愆于素。学诚必以公私相格，是九流悉当燔烧，何独《太玄》也！”
    章太炎在《原经》中用大段篇幅辩驳章学诚《易教》三篇之论，是因为在这里对《易》的评价直接涉及如何看待《春秋》一书的性质。《文史通义·易教》阐发的旨意是所谓“《易》象包六艺”，认为懂得《易》之象与《周礼》之官、《春秋》之例贯通比兴的道理才是“知类”，“《易》以天道而切人事，《春秋》以人事而协天道”，“夫子学《易》而志《春秋》，所谓学周礼也”。《易》是被章学诚视作周公之政典，所以扬雄拟《易》会被他斥为“不知妄作，不特有拟圣之嫌，抑且蹈于僭窃王章之罪也。”而“易象”的所指，则已被谭献明确概括为“制宪明时”[18]。根据这样的“比兴贯通”之论，《春秋》的义例和内容自然就被归属为周公的制法。这些见解也是谭献评价《春秋》性质的根据，自然会受到章太炎的认真对待。他认为“仲尼赞《易》而《易》独贵，其在旧法世传之史，则筮书与卜梦等夷。”《易》是占卦书之一，“惟变所适，不为典要”，并非是官书；孔子是根据鲁国史记而作《春秋》，“犹冯依左丘明”，“五十凡例，尹吉甫、史籀之成式，非周公著也。”因此章学诚的议论属于“不观会通，不参始末，专以私意揣量，随情取舍。”
    章太炎重视《春秋》，在于以《春秋》为史书，其独特的价值在于保存了东周史实，使得“东周之事，粲然著明。令仲尼不次《春秋》，今虽欲观定、哀之世，求五伯之迹，尚荒忽如草昧。”所以他认为强调《春秋》义例和微言并不足以凸显其特点，类似义例和微言同样存在于司马迁、班固、陈寿的史书中，在这一点上经史无别，“太山、梁父，崇卑虽异哉，其类一也。”章太炎所倾力批驳的则是所谓《春秋》为百世制法之论。他认为：“法度者与民变革，古今异宜，虽圣人安得豫制之？”“《春秋》言治乱虽繁，识治之原，上不如老聃、韩非，下犹不逮仲长统。”“《春秋》二百四十二年之事，不足尽人事蕃变，典章亦非具举之。”因而主张《春秋》规定时政并为后世制法的观点，其荒谬之处即在“以不尽之事，寄不明之典，言事则害典，言典则害事。令人若射覆探钩，卒不得其翔实。”这些明白的事理只能表明《春秋》是保存陈迹的史书，“明其藏往，不亟为后世仪法。”章太炎对“制法”说的严厉斥责，以及反复申明《春秋》的史书性质，既是在揭示孔子和左丘明开创史学传统的功绩，“令迁、固得持续其迹，讫于今兹，则耳孙小子，耿耿不能忘先代，然后民无携志，国有与立，实仲尼、左丘明之赐。”更是要确立历史在保存民族文化和制约政治体制方面不可替代、不可或缺的作用。