屯军所以必须承受这样高额的子粒负担，据说是因为除屯种之外“别无差役”。按照规定，正军本身豁免其他一切差役，在营辅佐正军的余丁和原籍户下一丁也得豁免差役，以供给正军之需[(25)]。永乐三年所颁屯军《红牌》更明白刊示：“管屯的官，务要不离屯所，谨慎提督，不许循情纵放军人懒惰，又要公平抚悉，一毫不许擅科，一刻不许擅差”[(26)]。但这些法令没有行得很久。就在永乐年间，屯军已被调去运粮、备操、守御。而后诸如修边墙、城堡、墩台、粮仓，养马、采草、采薪，力役丛集。嘉靖以后，“科差无度”，屯丁与民丁一样，既纳银差，又服力差，额外负担越来越重。迫使屯军破产流亡，人逃地荒。
    关于土地荒芜的具体情况缺乏完整统计。在“九边”地区留有一些零星数字和概括性描述。嘉靖初年，陕西三边“屯田满望，十有九荒”[(27)]。“甘肃屯田，名存实亡”[(28)]。嘉靖二十五年（1546）都御史杨博奉命巡抚甘肃，“入境以来，见所至荒田不下万顷”[(29)]。隆庆三年（1569）荒芜情况更加触目惊心。蓟镇“屯田之荒芜者1100顷有奇”[(30)]。辽东“行伍空虚，屯田荒废”，城堡附近尚有些生气，“旷远之地，满目荒秽”，“屯堡萧然，十室九空”[(31)]。大同，“各路荒田，何啻万顷”[(32)]。延绥，“其屯田荒秽者强半”[(33)]。宁夏，“荒地不下数万顷”[(34)]。
    针对上述抛荒原因，几代大臣提出了不少对治措施，如减轻输纳，合并差役，制止额外勒索，废除屯粮包赔，等等，都收效甚微。于是不少官员把重新招佃垦荒作为中心环节来抓。然而不论是无地可耕的余丁还是外来流民，要么招之不来，要么来而复去，推其原因，还是怕屯军的枷索。第一，种军田要受军管，纳军粮，当军差，承受包赔之苦，抽军之害，遭受军旗的克扣，将领的诛求。“未受富饶之利，先受剥肤之害。以故宁甘贫穷，不敢承认”[(35)]。第二，地权不明。辛苦开垦之后，“田终非己业，徒劳无补”[(36)]。“田未垦时，荒田也，官田也。既垦而主人至矣，则拉与赔欠粮，赔欠差。甚至本非其田而赖之使赔者亦有之。故人之视荒田不啻坑井”[(37)]。时势逼迫得人们改弦更张，突破旧框框，一切服从现实的利益。
    首要的问题是确定地权。这个办法始于南京的镇南、和阳等卫。鉴于该处荒旱连年、土地荒废的严重情况，嘉靖九年（1530）朝廷被迫接受方日乾的建议，允准南京镇南等卫“荒芜屯田，不拘军民僧道之家，听其量力开耕，待成熟之后照旧纳粮，令永远管业，不许补役复业者争告”[(38)]。有了这个成案，其他地区渐有奏请。隆庆初年，庞尚鹏在“九边”更积极推行这个办法。在蓟镇，分拨军士耕种，三年后征收子粒，“其田给为永业”，并向社会明立召种之令，凡开垦荒田，通免抽军及佥充粮头并杂泛差役，官府给予执照，“永为己业”[(39)]。在延绥，凡军余自愿出力开垦，“其田不拘亩数若干，尽行给为己业”[(40)]。在甘肃，则是“不拘军民僧道流寓土著人等，悉听尽力开耕，给予执照，世为己业”[(41)]。用确定地权来挽救“军逃地荒”，后来一直推行下去。地权，就是土地的私有权，就是对土地的自由处置权力。这正是军民人等的耕种积极性之所在。这种耕种的积极性是在官田框架内的任何改革所无法比拟与焕发的。
    其次是降低租率。本来，正统元年（1436）曾针对陕西屯军发布过一个诏令：“旗军余丁所种屯田五十亩之外，每亩征粮五升”[(42)]。而后各地沿用此例，出现了许多轻科地，有改科、新增等名目。据方日乾说，南京镇南、和阳等卫，“比较地”，即原额屯田，每亩纳粮1.2斗，“改科地”每亩0.535斗，减额一半多，“新增地”每亩纳银1分6厘，又轻于改科。这样“比较地”便大量荒芜。如果照“比较”科则招种，则无人应承，于是奏请，除去满足“永为己业”的条件外，将抛荒地三年垦熟后与其他二科化一征收[(43)]。朝廷也只得让步：“久荒地减作轻科”[(44)]。这个成案也为各地所沿用。在西北边荒地区，永乐二年曾诏令：“各荒屯空土，毋问土客军民官舍，尽力开垦，永不起科”[(45)]。嘉靖间又加以重申。现在原屯地又大量荒芜，而招垦裹足，成案扩充势所难免。嘉靖二十五年（1546）杨博奏请：“各边抛荒田土，听其尽力开垦，永不起科”[(46)]。隆庆初年，庞尚鹏经理“九边”屯务，对密云等处分拨军士垦荒“永不起科”所取得的成绩加以肯定与完善，命其余荒地，“凡诸色人等有能尽力垦种，悉免起科”[(47)]。在甘肃，命各堡人户，“不拘流寓、土著、校尉、土夷，悉免起科，听其尽力耕种”[(48)]。这些“不起科”地，自然难得“永远”，最后仍免不了纳粮当差。但只能纳入民有土地的系统，而无法塞进屯田子粒的官田框子。总之，官田抛荒，反映了军屯官田制度本身的弊端，而整顿抛荒的几个措施所以如水之就下，顺乎人心，正表明官田民田化私有化是一种难以逆转的趋势。
    2.势豪武官霸占。势豪包括王府、勋戚、功臣、太监、地方豪强等，武官包括从都督、总兵到千百户各级官吏。这些人起初慑于严刑峻法，稍有收敛，从宣德以后渐渐放纵，以至积重之势难返。任何一种国有制公有制，首先都是为强权者自己打破的。明代军屯也是被这些人从内里蛀空的。
    王府护卫的屯田，通过请乞或趁护卫调拨，一般都化作了王府庄田。王府、太监、勋戚所拨受牧马草场因与屯田阡陌参差，疆界交互，也造成他们蚕食鲸吞的方便条件。
    正统末年的“土木之变”使北方屯田大片荒芜。为了移民实边，加强防务，景泰元年（1450）允令“近边官豪势要一应人等有力之家尽力开种”[(49)]。这个口子一开，在京功臣、勋贵等争相占据口外城堡附近膏腴田地，开立庄田。次一等的则被镇守总兵、参将、指挥等官据为己有，役军耕种。慢慢地，京畿、边镇屯军的田地也渐成其彀中之物。其中，接纳贫军或奸猾者投献是官势之家占种屯地的重要方法。南方地区的屯田则往往被当地官僚豪绅所占据。