方氏宗族把真应庙转变为统宗祠，是要将东汉时代祖先方储的子孙们都包括在联宗收族的范围内。而欲将真应庙转变为名符其实的统宗祠的尝试，早在万历年间即已开始了。万历二十四年三公发起“初引”时，已有“庙后方湛等议建一祠”的构想（注：《方氏会宗通谱》卷一八《歙令钱公中选谳语》）。此后，万历二十八年的“再引”对该构想写作“改迁庙基，重立庙貌”，万历四十七年的“三引”又作“原庙后鼎建”。表现形式虽不同，但其构想却一脉相承（注：《方氏会宗通谱》卷一八《歙南柳亭山真应庙纪事》）。入清之后的顺治年间乃为“并力草创”，方绍尧撰写“重引”的前一年即康熙八年是“竭力鼎新”（注：《方氏会宗通谱》卷一八《歙南柳亭山真应庙纪事》）。所以，在真应庙的地基上建造统宗祠的尝试可溯至万历二十四年（公元1596年）。
    自万历年间开始几经周折而进行的真应庙的修建，更确切地说是统宗祠的建造，直到康熙十四年（公元1675年）才完成，达到“堂构岿然”的规模。然而当时尚无寝室和厢房，因此仍需要宗族继续捐献。康熙二十三年（公元1684年），方睨等人列举门楼和墙垣尚待修筑、祭器不足、敕额及厢屋有待制作和建造等，向各派请求捐献。由于各派的积极响应和齐心协力，三年之后落成的统宗祠，可谓庙貌堂堂，大功告成，祀事也完全步入正轨。据重制敕额来看，祠堂门楼上仍悬挂着“真应庙”这一赐额，以夸耀其并非一般祠堂，乃是规格崇高的敕庙（注：《方氏会宗通谱》卷一八《歙南柳亭山真应庙纪事》）。然而从实际内容上它已完全转变为祭祀包括各派始迁祖在内的多位祖先的综宗祠，以加强同族结合的凝聚力，并为日后的进一步扩大联宗打下基础。
    据“纪事”载，康熙四十三年（公元1704年）决定，除对身为绅士而照祠规捐款者赐胙之外，还对下列有功于祠产者永久地颁赐“功胙”：
    控追庙产者：苏磻派方彦达。
    方村派 方尚武、方尚和。
    磻溪派 方弼。
    倡首鼎新者：环岩派 方绍尧。
    方村派 方世裕。
    督工任事者：灵山派 方蕙。
    方村派 方儒、方一贯、方应鹤。
    潭派方旻。
    磻溪派方期生。
    苏村派 方梦鹤。
    沙溪派 方瑜。
    搜出庙钟者：灵山派 方希周。
    输奉重资者：联墅派 方成可、方敬。
    临河派 方都。
    环岩派 方组绶、方秉翰。
    柘田派 方一燧，
    增广祠产者：环岩派 方如珽、方怀德。
    江村支众。
    环岩上路口支
    方士琯。
    上述这些有功于祠产的人，上起明代弘治年间，下迄清代康熙年间，包括所谓十二派中的九派人物。康熙九年十二派中新增的联临派，在这里以联墅派和临河派记载，而十二派之外的江村派和上路口派亦在其中。不难看出，方氏为守护真应庙祠产而不断加强各派间的密切合作。
    雍正九年（公元1731年），环岩派的方为淮倡议新建寝室及修补堂庑，并依例规定，愿将祖父神主配享于该派始迁祖神主者，捐献30两。此规定一出，竞相会集之神主竟多达60余位，捐献银两达1800两以上，这与康熙四十三年以后的“虽人文蔚起，而遵祠规输资者杳然”情形相对照，不难看出，此时方氏各派族众都把将自己祖父神主配享于敕庙看作是至关重要的事情（注：《方氏会宗通谱》卷一八《歙南柳亭山真应庙纪事》）。
    乾隆十六年（公元1751年），环岩派58世孙方世环和上路口59世孙方善祖在始建于康熙二十六年的厢屋倒塌废墟上，重建三间用于更衣和住宿的厢屋。方世环负担了约一半费用，方善祖增购了祀田并撰刻《重造厢屋记》石碑。从“重记”碑记可知，当时方善祖因全力撰修会宗统谱而无暇他顾，实际督造者是年过七旬的方村派的方正绫（注：《方氏会宗通谱》卷一八《歙南柳亭山真应庙纪事》）。至此，真应庙作为统宗祠的各项建筑臻于完备。