就在万斯同入徐氏兄弟幕府的次年，即康熙十九年（1680），著名的《古文尚书疏证》的作者阎若璩（1636-1704）也应邀来到徐乾学幕府。当时，阎若璩因应上年的博学鸿儒科不第，正滞留京师。在一次与翰林院编修汪琬关于丧礼的辩论中，引起徐乾学的注意，遂被邀至邸第，“延为上客，每诗文成，必属裁定”（注：张穆：《阎潜丘先生年谱》，康熙十九年。）。但大约一年后，阎若璩离开徐幕，客游福建。
    康熙二十二年（1683），阎若璩复应徐乾学之邀至京师。此时，另一位考据学大家--《易图明辨》的作者胡渭（1633-1714）已于上年入徐幕。阎、胡二人第一次在徐乾学幕府会面。在这之前，胡渭馆于大学士冯溥邸第长达五年余，直到冯病卒。（注：夏定域：《德清胡明先生年谱》，康熙十六年至康熙二十一年。）康熙二十三年（1684），著名地理学家黄仪（1636-?）也来到徐乾学幕府。（注：夏定域：《黄仪传略》，《文教资料》1995年第2期。）
    清廷开明史馆的政治意图，主要是拉拢有遗民思想的学人，这一招果然奏效，因为“许多学者，对于故国文献十分爱恋。他们别的事不肯和满洲人合作，这件事到底不是私众之力所能办到”（注：梁启超：《中国近三百年学术史》，上海中华书局1936年版，第16页。）。因此，到康熙二十六年（1687）的时候，刘献庭、王源以及黄宗羲之子黄百家等均来到京师，以徐乾学幕宾身份参与修史工作。（注：李：《王子传》，《怒谷后集》卷六；黄百家：《万季野先生斯同墓志铭》，《碑传集》卷一三一。）当时，徐乾学除了担任明史馆总裁外，还兼任大清一统志馆总裁。阎若璩、胡渭、黄仪、刘献庭等又参与了《大清一统志》的编纂。顾祖禹（1631-1692）在两次拒绝徐乾学的延聘之后，也大约在此时接受邀请，参纂《大清一统志》。（注：夏定域：《顾祖禹年谱》，康熙二十六年。）这样，除了清初诸大师外，当时大多数有名的学者，都聚集到了徐乾学幕府。
    刘献庭（1648-1695）字继庄，号广阳子，直隶大兴人。年十九，亲殁，挈家而南，隐于吴。“继庄之学，主于经世，自象纬、律历以及边塞、关要、财赋、军器之属，旁而岐黄者流，以及释道之言，无不留心，深恶雕虫之技”（注：全祖望：《刘继庄传》，《錡埼亭集》卷二十八。），是一位知识非常广博而又具有强烈经世精神的著名学者。万斯同“于书无所不读，乃最心折于继庄，引参明史馆事”（注：全祖望：《刘继庄传》，《錡埼亭集》卷二十八。）。两人在修史过程中，配合得很默契。全祖望说：
    余尝闻之，万先生与继庄共在徐尚书邸中，万先生终朝危坐观书，或瞑目静坐，而继庄好游，每日必出，或兼旬不返，归而以其所历告之万先生，万先生亦以其所读书证之，语毕复出。故都下求见此二人者，得侍万先生为多，而继庄以游，罕所接。（注：全祖望：《刘继庄传》，《錡埼亭集》卷二十八。）可见，万斯同与刘献庭作了分工，一人出游考查，一人静坐观书，然后以所得互相印证。
    除延聘学者参修《明史》及《大清一统志》外，徐乾学又组织大批学者编修《通志堂经解》。该书卷帙浩繁，汇集了宋元理学家的经学著作。徐氏幕宾顾湄、张云章等为主要校订者。（注：《顾湄》，《国朝耆献类征初编》卷四一七；《张云章》，《国朝耆献类征初编》卷四三二。）徐乾学还请万斯同、阎若璩、胡渭等，排比正史，参考诸书，编纂《资治通鉴后编》。（注：《四库全书总目提要·史部编年类》。）
    康熙二十八年（1689）冬，徐乾学因其一子行为不端，并曾诈取进士功名，为副都御史许三礼所劾。徐上章乞假南归，获得批准，但仍奉旨携书局即家编修。京师时期的徐乾学幕府遂告结束。
    三 苏州时期的徐乾学幕府
    康熙二十九年（1690）春，徐乾学辞别内廷，回到苏州，开书局于洞庭东山，继续编纂《大清一统志》及《资治通鉴后编》。万斯同与黄百家因修《明史》，仍留徐氏京邸，未与同行。不久，明史馆监修徐元文亦休致回籍，万斯同与黄百家遂为新任监修张廷玉及总裁陈廷敬、王鸿绪等所留，修史于京师江南会馆。后黄百家以父年迈，不能久留，遂任史志数种，归家成之。（注：黄百家：《万季野先生斯同墓志铭》，《碑传集》卷一三一。）万斯同则为王鸿绪延致邸第，继续纂修《明史》，直到康熙四十一年（1702）病卒。（注：王焕镳：《万季野先生系年要录》，康熙三十三年至康熙四十一年。）刘献庭也未随徐乾学南归，他在京师，“以馆俸之得，钞史馆秘书无算”（注：刘坊：《万季野先生行状》，《石园文集》卷首。），准备归里后，招集同志，私撰《明史》。遗憾的是，他在回籍后不久即病卒，夙愿未能实现。
    阎若璩、胡渭、顾祖禹、黄仪等仍应徐乾学之聘南下修书。徐乾学又疏请姜宸英偕行，当时姜正以布衣食七品俸，在明史馆任职。（注：张穆：《阎潜丘先生年谱》，康熙二十九年。）回到苏州后，徐乾学“复延访四方耆儒名宿，共襄厥成，郁郁彬彬，络绎奔诣，皆大国词人之选”（注：裘琏：《纂修书局同人题名私记》，《横山文集》卷七。）。裘琏有《纂修书局同人题名私记》一篇，记当时幕府盛况，以及书局的修书生活。文中写道：
    ……琏海滨下士，劣固陋，获与诸君子游处，又以其暇，领公教诲，可不谓幸！……慨夫昔之作者侈张卷轴，罔顾纰缪。而公核校精严，务极根柢，稗言莠字，片不安，或集多士，送难于登临，或抽架帙，刻烛于飞觞，拨繁壹虑，不疲以乐，公于是书（按：指《一统志》）可谓勤矣。夫揽大纲者，多忽细故，善器使者，或略躬亲，公则体国奉公，不辟劳动，一日之耗，动逾中产，公犹必以尽善切属多士，而不务求速成塞责，……琏等辑校之暇，间与诸君子凭眺湖山，寄情鱼鸟，作为诗歌，共相唱和。……作为是记而叙名于左，后之览者慨然以思其不徒作交游聚散观也哉。其人德清胡渭生，无锡顾祖禹、子士行、秦业，晋江黄虞稷，山左阎若璩，太仓唐孙华、吴暻，常熟黄仪、陶元淳，钱塘沈佳，仁和吕澄，慈溪姜宸英、袭琏。（注：裘琏：《纂修书局同人题名私记》，《横山文集》卷七。）
    裘琏列举参与修书之学者凡十四人，其实不止此数。唐孙华《哭座主玉峰尚书徐公》诗有“两年书局幸从游，鹤盖成阴裹胜流”之句，自注云：“公开书局于洞庭，与余同事者姜西溟、黄俞邰、李武曾、胡朏明、查夏重、邵子湘暨同年沈昭嗣、吕山浏、陶子师、吴元朗。”（注：唐孙华：《哭座主玉峰尚书徐公》，《东江诗钞》卷二。）可知，李良年（武曾）、查慎行（夏重）、邵长蘅（子湘）等，都参与了修书工作。另外，徐善当时正在洞庭东山，也参与了修书活动。
    康熙三十一年（1692），徐乾学因故落职，书局亦撤。于是，幕宾相继星散。两年后，徐乾学病卒于家。此时，《大清一统志》尚未完成，《资治通鉴后编》“草创甫毕”。徐乾学去世后，他的遗嘱连同《大清一统志》草稿钞本以及其他几部著述一起送往北京。未几，徐乾学之弟徐秉义奉诏卒《一统志》之役，复延黄仪参与考订（注：夏定域：《黄仪传略》，《文教资料》1995年第2期。），但此书直到乾隆八年（1743）年才最后定稿。