关于社会各阶级和社党，出版了李棪《东林党籍考》（人民出版社，1957年）以及李文治、杨尚奎、魏金玉、欧阳凡修、李洵、陈鸣钟、左云鹏等撰写的有关论著，分析了明代地主、佃农、雇工人等的状况，研究了东林党人的组成、政治主张、阶级属性等。
    国内民族方面，第一次出现了以各民族平等原则为指导的大规模研究活动。在有关部门的具体领导下，开展了对全国各少数民族的识别和社会历史调查工作，并于1964年铅印了内部传阅的各族简史修改稿或征求意见稿，其中叙述了所记少数族在明代的历史状况，是宝贵的研究成果。此外，这一时期还就明代国内民族发表了许多论著。关于明代女真和满族， 发表的专书和论文有莫东寅《满族史论丛》（人民出版社， 1958年）、王虹《江阴人民的抗清斗争》（四联出版社，1954年）、李天佑《明末江阴、嘉定人民的抗清斗争》（学习生活出版社，1955年）、林振镛《张煌言抗清十九年》（福建人民出版社，1957年）、郭影秋《李定国纪年》（中华书局，1960年）以及郑天挺、王钟翰、李燕光、张维华、商鸿逵等撰写的有关论文等。他们论述了女真人的分布、与内地的经济关系、努尔哈赤的历史贡献、入关前满族的社会性质，以及满族建国后与内地的矛盾冲突。其中对入关前满族的社会性质提出了不同的看法，争论激烈；对满族建国后与内地的矛盾冲突，虽大体上与以前一样皆否定满族一方而肯定内地的抵抗活动，将内地的抵抗活动当成宣传爱国主义的资料，但对内地阵营开始以阶级观点加以分析，强调农民起义军在抗清中的作用，与以往的研究有别。关于蒙古族，发表有赖家度等《明朝对瓦剌的战争》（华东人民出版社，1954年）及《于谦和北京》（北京出版社，1961年）等论著，论述了蒙古族的政治和社会发展状况，以及与明朝的和战关系、经济交流情况，对15世纪中叶明朝抵御瓦剌来犯的活动给予赞颂。关于藏族和其他少数民族，以及西南少数民族地区的土司制度，发表有牙含章《达赖喇嘛传》（最初编写于1952-1953年，印数不多，三联书店1963年重印）、胡庆钧《明代水西彝族的奴隶制度》（《历史研究》1964年第5、6期）、谢华《湘西土司辑略》（中华书局，1959年）、江应樑《明代云南境内的土官与土司》（云南人民出版社，1958年）等论著，研究的广度和深度皆大大超过既往。
    中外关系方面，有周一良《明代援朝抗倭战争》（中华书局，1962年）等，其中将万历年间援朝抗倭战争当做研究中朝友好关系的重要用力之处，是因为现实生活中发生了抗美援朝战争的缘故。此外，其时还重视海外贸易、郑和下西洋、倭寇、耶稣会士来华等旧课题的研究，以及对中外交往史籍的整理。关于海外贸易等旧课题的重要论著有张维华《明代海外贸易简论》（学习生活出版社，1955年）、朱偰《郑和》（三联书店，1956年）、李光璧《明代御倭战争》（上海人民出版社，1956年）、谢承仁等《戚继光》（上海人民出版社，1959年）及陈牧野、朱谦之、乌恩溥等发表的有关论文。他们论及了资本主义萌芽与明代私人海外贸易的关系，开始注意倭寇问题与商业资本及资本主义萌芽的联系，反映了研究的新角度。而对来华耶稣会士的研究，则因受到现实政治生活的影响，除朱谦之等少数学者外，多抱强调消极作用以至基本否定的态度。关于中外交往史籍的整理，主要是中华书局出版了向达整理的巩珍《西洋番国志》（1961年）、《郑和航海图》（1961年）、《两种海道针经》（1961年）等。
    自然科学和技术方面，研究方法和观点达到了新高度，多数学者注意将其成就与当时的社会状况等联系起来进行分析，有的还注意运用实地调查的方法。眼界也相当开阔，研究的领域涉及数学、化学、宋应星及《天工开物》、农学、徐霞客及其“游记”、地理图籍、医药学、水利工程、建筑工程等。重要论著有张资珙《关于宋应星的天工开物》（《历史研究》1956年第11期）、 陈恒力《补农书研究》（中华书局， 1958年）、侯仁之《徐霞客》（中华书局，1961年）、张慧剑《李时珍》（华东人民出版社，1954年）、方楫《明代治河和通漕的关系》（《历史教学》1957年第9期）、 长陵发掘委员会定陵工作队《定陵试掘简报》（《考古通讯》1958年第7期、《考古》1959年第7期）、罗哲文《万里长城（居庸关八达岭）》（文物出版社，1957年）、张仲一等《徽州明代住宅》（建筑工程出版社，1957年）等。
    文学艺术方面，出现了明显的研究特点，即在继续关注有关人物及其作品的一般状况的同时，特别重视其思想倾向的分析、糟粕与精华的辨别、是否反映当时社会现实以及对待人民群众的态度如何等问题的探讨。关于文学成就的总体研究，北京大学学生、复旦大学学生、中国科学院文学所、游国恩等编著的几部中国文学史高校教材，他们都尝试用唯物主义作指导，建立中国文学史的新体系，明代文学是其中论述的一个重要部分。关于小说，有《明清小说研究论文集》（人民文学出版社，1959年）、《〈三国演义〉研究论文集》（作家出版社，1957年）、何心《水浒研究》（上海文艺联合出版社，1954年）、《水浒研究论文集》（作家出版社，1957年）、潘兆明《吴承恩和〈西游记〉》（中华书局，1963年）等论著。关于戏剧，有《元明清戏曲研究论文集》（作家出版社，1957年）、侯外庐《论汤显祖剧作四种》（中国戏剧出版社，1962年）、徐朔方《汤显祖年谱》（中华书局，1958年）、周贻白《中国戏剧史》（中华书局，1953 年）和《明人杂剧选》（人民文学出版社， 1958年）、傅惜华《明代杂剧全目》（作家出版社，1958年）等著作和黄芝冈等撰写的有关论文。关于诗歌，有路工《明代歌曲选》（上海古典文学出版社，1956年）等。关于绘画，有上海人民美术出版社出版的王绂、沈石田、文徵明、徐渭、陈洪绶等人的传记，以及祜曼、李浴、阎丽川、王伯敏、郭味蕖、阿英等撰写的关于中国美术史或版画史、年画史的著作。
    思想方面，除了重视分析社会存在对社会意识的影响及探讨思想家的阶级地位之外，还非常注重对思想家属于唯心主义阵营还是唯物主义阵营的区别，以及对唯物主义思想家和进步思想家的研究。另外，由于研究者所接触的资料的差别以及对唯物史观掌握、理解的程度互不相同，在上述问题的具体结论上互有差异，从而出现热烈讨论的局面。从宏观角度或较大范围进行研究的论著，主要有侯外庐等《中国思想通史》第4卷下册（人民出版社，1960年）、 侯外庐《中国早期启蒙思想史》（人民出版社，1956年）、嵇文甫《明清时代反理气二元论思想的发展概述》（《新建设》1961年第4期）、 中国科学院哲学研究所中国哲学史组《中国哲学史资料选辑·宋元明之部》（中华书局，1962年）等。学者们争论较大的思想家有刘基、陈献章、王艮、李贽等。研究较多的思想家还有王守仁、王廷相、吴廷翰、吕坤等。对王守仁的哲学多持批判态度。关于王廷相，张岱年和侯外庐作了开拓性研究。