1942年，日本侵略军为了控制沦陷区人民的抗日斗争，堆备发放“良民证”，并让每个领证人都要捺手印，他无比愤慨，决定不做这等有辱国格人格的事。此时，常州乡间游击区正在筹办中学。于是，他到常州南乡湖塘桥青云中学高中部和坂上镇大刘寺辅华中学执教，其时环境恶劣，条件艰苦，先生疲惫不堪，大病了一场。一年后，便辞去两校教职，回常州专事撰述《两晋南北朝史》，藉稿费度日。他虽然生活清苦，但是立身持正，志节凛然。在常州期间，城门口的日本兵虽撤，不必再行鞠躬礼，但有的地方仍有日本兵的岗哨，行人经过时还要脱帽，他“遂不帽，誓言吾必光复乃戴帽。”1945年日本侵略军投降后，光华大学复校，翌年先生特在上海买了一顶六合帽戴上，扬眉吐气，昂然归故里。
    蜡炬成灰泪始干
    中华人民共和国建国后，先生积极参与各项社会工作，先后担任过光华大学工会主席，江苏省政协委员。同时，他还对自己的思想进行回顾总结，不断地随着时代的进步而前进。1954年6月撰成的《中国史籍读法》，是他治史五十年后留下的最后一部历史著作，书中指出要用马克思主义学说，观鉴社会变迁，“因以发明其发展之由，推测其前进方向”。
    “春蚕到死丝方尽，蜡炬成灰泪始干”，先生疾病缠绵四年之久，仍抱病著作，病逝前两年尚撰《燕石续札》，校《隋唐五代史》，修订《文字学四种》，还给华东师大历史系教授校阅讲义，代孟宪承校长考查有关研究中国教育史的资料。直至1957年9月27日才将增订的《字例略说》之最后一篇《文字之改革》脱稿，10月4日至8日仍在校阅《隋唐五代史》，10月9日晚上病逝于上海华东医院。遗憾的是先生用力十年之久的最后一部巨著，未能看到它的出版，就悄悄地走了，先生可谓尽瘁于学术矣。
    吕先生的著作融会古今，博大精深。为了适应史学家深入开展研究的需要，其全部著作已汇编成总集《吕思勉史学论著》，陆续出版，其著作在海外亦广泛流传，有着深远的影响。
    学术思想与论著
    “一物有多少相，是没有一定的，有多少人看，就有多少相，看的人没有了，就相也没有了。”这是吕思勉先生在1945年出版的《历史研究法》中写下的几句话。14年后（1959年），吕先生遗著《隋唐五代史》由中华书局出版，卷首的“出版说明”引了这几句话，由此可初窥先生治史之精神。
    一、学术思想与成就
    1、桃李不言，下自成蹊
    上海师范大学的萧功秦先生在提到吕思勉先生时，曾说先生可以算是在中国现代史学界创造了三个“中国之最”，即治学最勤、著述最富、研究领域最广。说他治学最勤是因为他一生中把二十四史从头到末读过二至三遍；说他著述最富，是因为他的全部著作合计达九百万字；说他研究领域涉及面最广，是因为他的著作从先秦史、秦汉史、魏晋南北朝史、隋唐史、中国制度史、政治思想史、文化史、民族史、经学史到中国通史几乎无所不及，而且在每一方面，都有独特的见解。
    2、立足国学，自学成才
    上海师范大学古籍研究所的虞云国先生在《论吕思勉的新史学》一文中谈到吕思勉史学的构成背景时认为，在先生23岁立志治史时业已完成的教育，从内容到方法都是传统旧式的。这种教育包括四个方面：
    （1）目录学的知识。从初能读书起，吕思勉系统阅读了《四库全书总目提要》中经、史、子三部与集部之半，做过六本札记。
    （2）小学与经学的基础。吕思勉认为，小学经学功夫不仅解决了欲读古书必先识字的问题，而且为后来研治古史运用材料，导启了门径，培植了初基。
    （3）文学的修养。吕思勉少时先后过录了前三史的评本，点读过《三国志》，阅览了正续《古文辞类撰》。
    （4）史学的训练。第一层面为史料的积累，到23岁立志治史时，已将二十四史通读一过，通过对编年、政书、纪传三大系列史籍广泛系统的攻读，他对前代历史和史料已了然于胸了；第二层面为方法的领悟，可以说传统的国学训练在其史学构成中所占的比重要明显大很多，说其自学成才一点都不过分。
    3、喜新而不厌旧，崇洋而不唯外
    以考据见长的吕思勉十分重视史学方法论，在史学方法的创立上，吕思勉可谓喜新而不厌旧，重洋而不唯外，既立足于旧式传统教育，又不拘泥于传统--“历史永远在重做之中”是其史学方法论的亮点。
    虞云国先生在谈到吕先生的治学方法时指出，吕思勉认为：在拿来西学新方法时，必须继承汉学家的考据方法。史料是历史研究的基本素材，史料搜集是历史研究的第一步，史料的比较、鉴别、考订，是历史研究的中间环节，只有这一环节的准确无误，才可能决定史事真伪与取去，评断历史是非与功过，进而勒成著述，公诸当世。
    4、动静结合，自成体系
    吕思勉认为马端林《文献通考序》所概括的两端最能代表史家的意见，即“治乱兴亡”和“典章制度”，前者实为政治史，后者则包括广义文化史的内容。吕思勉在《白话本国史绪论》里首次论及这对概念，称前者为“动的史实”，后者为“静的史实”；并认为，不仅一切历史现象都包括在这两者中，历代史籍也都以二者为记载中心。吕思勉这种将政治演变与典制沿革分别部类的通史断代史的编撰方法，是针对当时流行的通史、断代史著作在叙述政治史时夹叙进被割裂的典章经制的内容，令读者难以通贯把握而作出的推陈出新的探索，这一尝试对新史学编撰学的完善有着积极的作用。
    5、“风化”与“山崩”
    在纪念吕思勉先生逝世40周年研讨会上，复旦大学的周振鹤和上海大学的李向平均提出了“风化”和“山崩”这一概念。其中，周振鹤在《吕思勉先生整理旧史籍的意义》一文中提到，吕思勉在他的本国史里主张，历史应该重视对普通人与普通事的研究，因为这是“风化”，而不应该把注意力只放在特殊人物和特殊事件上，因为这只是“山崩”，山崩的出现有时往往是风化的结果。
    在那时，先生已经敏锐地感觉到：历史的动力并不在帝王将相，而在一般的百姓身上。他的这一观点在当时的史学界可以说是相当超前的，为我们搞清历史的真正动力指明了方向。