7月11日（旧历六月十六日），先生之子吕正民君患伤寒症病殁，现仅剩翼仁一女。中年失子，先生悲痛万分，作挽联日：
    三世单传自兹面斩
    将衰二老何以为情
    1932年（民国二十一年，壬申）49岁
    4月，往安庆省立安徽大学作短期讲学；8月假期满，先生仍回光华任教。
    1933年（民国二十二年，癸酉）50岁
    30年代前期，先生在光华大学开设课程有中国通史、中国近代史、中国文化史、中国社会史、中国民族史、史学研究法、史学名著研究、文字学等。
    1936年（民国二十五年，丙子）53岁
    1936年前后，光华学生数大增，学生就餐发生困难。先生向校方提议，再建公厨与饮食习惯的改革同步进行，为此撰成《吃饭的革命》一文，提倡注意饮食卫生，多吃寒食和杂粮，认为这类改革可使妇女获得解放，也使生活更符合现代社会之状况和节奏。
    1937年（民国二十六年。丁丑）54岁
    日军侵入上海，先生于8月回常州与家人商量今后行止，10月偕家眷返回上海，几度搬迁。一家三口始终挤于一间，两张板床，两张书桌，两架书架，一小方桌。几只凳子，是为先生家之全部家具。
    是年先生将历年撰写的部分札记整理成篇，名之日《燕石札记》，交商务印书馆出版。先生从小就学习写读史札记，50年如一日从未间断，札记总数达l00多万宇。先生的论文、著作，都是在有计划地阅读和撰写札记的基础上，再加以综合研究、融会贯通而成的。
    1940年（民国二十九年，庚辰）57岁
    孤岛时期，先生避居沪上租界，抱着书生报国之志，撰写大量史学著作和论文，还留意时局，关心祖国命运，他以“野猫”、“乃秋”、“六庸”、“程芸”等化名，写了许多洋溢民族正气、揭露日寇暴行的文章刊于租界内的抗日报刊上。作家兼报人范泉称先生为“孤岛上的斗士”
    1941年（民国三十年，辛巳）58岁
    12月，太平洋战争爆发后，租界沦陷，光华大学对外改称诚正学社（原文学院）和格致理商学院（原理商学院），先生除仍在光华上课外，还在沪江大学、无锡国学专修学校兼课。
    中年以后，先生计划独自完成六部断代史（先秦史、秦汉史、两晋南北朝史、隋唐五代史、宋辽金元史、明清史）的撰写，是年，此计划的第一部著作《先秦史》由开明书店出版。先生自评：
    此书论古史材料，古史年代，中国民族起源及西迁，古代疆域，宦学制度，自谓甚佳。
    《秦汉史》和《两晋南北朝史》分别于1947、1948年出版。
    1942年（民国三十一年，壬午）59岁
    8月，回常州故里，旧宅已被敌火炸毁，其时，先生诗作颇多忧国忧民之句；
    1942年至l943年，先生在城外游击区湖塘桥青云中学和坂上镇大刘寺辅华中学两处同时兼课，开设的课程有中国文化史、中国近百年史、国学概论、国文等。
    1943年（民国三十二年，癸未）60岁
    1942至1943年间，在苏州中学常州分校兼任国文课，讲授《古文观止》，文史专家黄永年曾从业问学，称先生讲课议论纷发，精彩迭出，多有真知灼见。
    1945年（民国三十四年，乙酉）62岁
    l0月光华大学复校，先生偕女儿翼仁至上海；
    抗战胜利之年，先生精神极为振奋，先后撰写了《抗战的总检讨和今后的方针》、《战后中国经济的出路》、《战后中国之民食问题》、《怎样将平均地权和改良农事同时解决》等一系列文章，检讨历史，筹划未来，对战后国家之重建充满了期望。
    1946年（民国三十五年，丙戌）63岁
    是年秋，光华大学迁到新校舍，先生一家也随至搬入欧阳路新校舍；
    1946年至l947年间
    先生应复旦大学政治系主任耿淡如邀请，在上海复旦大学教授中国政治制度史，又应邀在诚明文学院兼课。
    1950年（庚寅）67岁
    4月，被选举为校教育工会主席。
    1951年（辛卯）68岁
    9月，光华大学召开最后校董事会议，先生为校董并任代校长，为学生毕业文凭签字盖印，处理学校结尾工作。10月，光华大学并入华东师范大学，先生遂入华东师范大学历史系任教，并迁入华东师大一村教工宿舍。
    1952年（壬辰）69岁
    参加三反及思想改造运动，学习结束时写有《三反及思想改造学习总结》。《总结》分四部分：（一）个人历史简历；（二）思想演变回顾；（三）三反及思想改造检讨；（四）教学、著述之检讨。结尾处言及今后之希望：道德贵于力行而已，不欲多言，学术上：（一）欲删定旧作；（二）研究《道藏》之书，为后人之研究开启途径。
    1953年（癸巳）70岁
    1953年，先生最后一本断代史《隋唐五代史》写成完稿，但出版无望。计划中的《宋辽金元史》、《明清史》，已做了史料上准备，但都未能最终完成，遂成学术史上永久之遗憾。