傅斯年1949年1月正式就任台湾大学校长，1950年12月去世， 他任台湾大学校长近二年的时间可以看作他一生的最后岁月。他这个时期的所做所为，过去大陆了解甚少，记载颇多讹误，近几年随着资料的面世，对傅斯年这一段生活有了较多了解，这里叙述几个片段。
    临去徘徊
    1948年冬，国民党政权在大陆败局已定，开始着力经营台湾。而台湾大学校长庄长恭到任不到半年，一来感到台湾大学人事政务难以处理，二来不愿意长期留在台湾，乃悄然离职携眷返回上海，让杜聪明代理校长。国民党当局为安定台湾，权衡再三，决定让傅斯年出任台湾大学校长。傅斯年于1948年8月从美国治病回国， 临行时美国主治大夫特别叮嘱其回国不要担任繁巨行政职务，如果操劳过度，高血压病很容易复发，后果将不堪设想。傅斯年回国不久，就开始为主持史语所及其重要文物迁台事务而东奔西走，身体已感不堪承受。当教育部长朱家骅要其出任台湾大学校长时，傅斯年立即严辞拒绝，但朱家骅并没有改变决定，亲自找傅斯年晤谈，又让傅斯年的几位朋友轮流规劝游说，1948年11月傅斯年勉强接受了任命，但并没有前去上任，仍处于徘徊状态。
    1948年元旦之夜，南京城中失去了往年节日的喧嚣，呈现出凄惶不安的景象，此时胡适正从北平回到南京，傅斯年与胡适聚会共度岁末，两人置酒对饮，相视凄然。一面饮酒，一面谈论时局，尽管两人都是民主人士，但与国民党政权关系较为密切。他们目睹国民党政权军事惨败，政治孤立，既痛恨国民党政府腐败无能，又为自己的前途命运担忧。二人同时低吟起陶渊明的《种桑长江边》。回首数十年之往事，奔走操劳，殚精竭虑，取得了抗战胜利，可是国共内战又起，他们虽然曾为国共和谈斡旋奔走，但最终没有阻止这场战争。在国共之间，他们一直把国民党政权视为合法政权，以在野的身份参政议政，而目前国民党政权失败已成定局，自己何去何从，难以决断。瞻念未卜之前途，留恋乡土之情顿生，思前想后，两人都十分伤感，不禁潜然泪下。
    在傅斯年徘徊不定之时，台湾有关人士函电交加催促其迅速上任。庄长恭12月15日致函傅斯年，要求傅斯年迅速赴任，办理交接手续。杜聪明于12月18日、20日分别致电、致函傅斯年，要求傅斯年早日命驾，莅校主持。陈诚于1月5日就任台湾省主席，同日致电傅斯年，要求傅斯年迅速赴任，电报说：“弟已于今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍须有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负钜艰。”陈诚与傅斯年私交甚好，他的催促，傅斯年是必须认真考虑的，傅斯年平时办事以干脆，有决断著称，这次因关系他个人后半生的前途命运，所以格外慎重。他将自己关在一个房间，三日三夜未出房门，绕室踱步，反复吟咏、书写陶渊明《种桑长江边》的诗句，考虑去留问题，最后决定暂且去台湾就职，但仍怀有去看一看的思想。他原想带全家去台湾，并且已买好了机票，临时决定，把部分亲属留下，退掉了机票，对他们说：共产党对文人还是要用的，我可能很快就回来，临行又把许多图书、家产留了下来。1月19日， 傅斯年只携带部分亲人和主要生活用品乘飞机去了台湾。次日到台湾大学就职，并继续兼任历史语言研究所所长职务。
    整顿台湾大学
    台湾大学是日本占领台湾时期于1928年建立的，原名日本台北帝国大学。日本建立此学校的目的是对台湾人进行奴化教育，所聘用的教职人员多是日本人，其管理和教育都是采用日本模式。1945年日本战败投降，11月由中国接收，改名国立台湾大学，由罗宗洛出任校长。由于日籍教师大部分撤走，师资缺乏，再加经费困难，罗宗洛任职不久辞职，其后陆志鸿、庄长恭继任，三人任职长的不到二年，短者仅数月。台湾大学在日本人撤退时，就是一个烂摊子，接收重建以来，校长频繁更换，没有得到很好治理，傅斯年就任时，学校内部管理一片混乱，外部台湾政局动荡，国民党军政人员及其家属大量撤往台湾，其中许多大、中学学生被裹挟去台，要求入学就读的学生骤然增加，学校难以容纳。傅斯年就任后决心全面整顿，其整顿和改革内容主要集中于以下几个方面：
    其一，积极罗致人才，整顿教师队伍。傅斯年长期从事高等教育，对高校中师资的地位有深刻的认识，他曾强调：“大学以教授胜任与否为兴亡所系”，他对此阐述说：“在行政的事项，一件事人才半充实，也许可以做到四分之三充实的成绩。在学术事业上，则一分人才，一分成绩，半分人才，半分成绩，毫不含糊。校长坏了，固然可以把学校弄得很糟，校长不坏，也没有法子把学校弄得格外的好，学校的好不好，糟不糟，只有一句话，人才集中不集中。”日籍教师撤离后，台大教师很少，又因台湾穷僻之地，与大陆有海面相隔，局势又不稳定，大陆学者教授一般不愿赴台任教，故高层人才奇缺。而同时，大批军政人员撤至台湾，许多人官场失意，欲进入台大任教，也有一些政府官员由于各种原因想到台湾大学兼职，而这些人多是学无专长，仅依仗权势或辗转请托谋求教职。傅斯年针对这种情况，排除种种干扰，坚持以才学取人，对各种请托严加拒绝。他曾对各界公开声明，聘任教师只注重学术水平和工作能力，而不考虑其他因素，坚决不接受因所谓积极反共或官场失意的贤士到台大任职，他说：“这半年以来，我对于请教授，大有来者拒之，不来者寤寐求之之势，这是我为忠于职守而尽的责任，凡资格相合，而为台大目前所需要者，则教育部长之介绍信与自我介绍信同等效力，如其不然，同等无效。”他到任不久，便在主持的第一届校务会议上制定了《国立台湾大学教员聘任及升级标准》，标准共六条，其中最主要的一条便是：“教员新任及升级根据学术成就、贡献（见于著作或发明者）及年资、教学成绩为准。”又专门建立了“聘任资格审查委员会”，使教师聘任规范化、制度化。按规定，要聘任一位教师，先由院长与系主任商议，向校长提出；或由校长委托院长考虑，经院长同意，然后提交学校行政会议讨论，通过后送“聘任资格审查委员会”。这样自下而上反复审查，才能决定聘任一位教师。
    由于傅斯年到任时台湾大学师资十分缺乏，为提高学校教学质量和学校名望，傅斯年利用仍兼任历史语言研究所所长的特殊条件，聘用了研究所的一些专家学者到台湾大学教课。如著名学者李济、董作宾、凌纯声、芮逸夫、高去寻、石璋如、王叔民等都曾受聘到台大任教。傅又利用自己在学术界的声望从大陆各地罗致和吸收了一批知名学者，如历史系的刘崇宏、方豪、陶希圣，中文系毛子水、屈万里，哲学系方东美，外文系英千里、赵丽莲，化学系钱思亮、张仪等，这些人皆学有专长，在各自的学科领域颇有建树。再加上原有教授，台湾大学在不长的时间内成为师资队伍阵容整齐的综合性大学。