其二，严格实行考试制度，杜绝人情，择优录取学生。在台湾光复之初的几年里，台湾大学由于日本人撤退以后许多管理制度、章程都废除了，新的规章制度没有建立，所以教学管理十分混乱，招生考试马马虎虎，请托作弊现象严重，学生良莠不齐，许多学生只要考得入学资格便万事大吉，吃喝玩乐，不认真学习，学校也不管不问。傅斯年有一个传统的观点，就是学校是培养人才的地方，一定要把好学生吸收到学校，再经过严格教育，使学生德才兼备，学校的责任是向社会输送合格人才。因此，他到任后，首先从严格招生考试入手，把好录取学生的关口。而做到这一点，有相当大的困难。国民党军政官员及工商学界携眷赴台者甚多，其子女急欲入学就读，再是由于战乱，流亡台湾学生众多，而台湾大学是台湾惟一的国立大学，自然是青年追逐的首要目标，故台大招生的压力很大，许多权要试图用不正当的手段把子女送到台大，大大增加了台大招生、管理方面的混乱。
    1949年夏季是傅斯年到任后第一次大规模招生，为保证学生质量，傅斯年在校刊公开发表文章，宣布招生办法，他说：“这次办理考试，在关防上必须严之又严，在标准上必须绝对依据原则，毫无例外。由前一说，出题者虽有多人，但最后决定用何一题，只有校长、教务长知道，这是任何人事前无法揣到的。印题时，当把印工和职员全部关在一楼上，断绝交通，四周以台北市警察看守，仅有校长与教务长可以自由出入。考题仅在考试前数点钟付印，考试未完，监守不撤。……录取标准决定之前，不拆密封，故无人能知任何一个人之分数及其录取与否。”他着重声明，自己一定秉公办事，决不会循私舞弊，并要求大家进行监督，他说：“假如我们以任何理由，答应一个考试不及格或未经考试的进来，即是我对于一切经考试不及格而进不来者或不考试而进不来者加以极不公道之待遇，这对于大学校长一职，实在有亏职守了。奉告至亲好友千万不要向我谈录取学生事，只要把简章买来细细的看，照样的办，一切全凭本领了。我毫无通融例外之办法，如果有人查到我有例外通融之办法，应由政府或社会予以最严厉制裁。”傅斯年说到做到，在录取学生阶段，又在校长办公室门旁用毛笔赫然写一个条幅：“有为子女入学说项者，请免开尊口。”由于傅斯年制定了一系列招生制度，又带头严格执行，使1949年招生顺利进行，基本上刹住了请托、说情、走后门等不正之风。
    为避免考试题泄露，傅斯年严格实行“入闱”制度，即在台湾大学图书馆选一间房子，命题人不准携带其他不相关的物品进去，出完题就呆在里面，等到考试结束才能放出。傅斯年的老友屈万里曾回忆当时情况说：“出题时之审慎，印题时关防之严密，迥非外人所能想象。印题的场所门窗都糊得撒土不透，室外密布岗警，有人用‘如临大敌’四字来形容，确恰到好处。”
    傅斯年也承认用这种方法招生有不妥之处，他不无感慨地说：“这种招生办法，充满着防贼的心理，申韩的‘治术’是与教育原则不合的。”但他又认为：“在目前不能无考试，既有考试，即不能不如此。”也确实如此，这种严格的招生制度，杜绝了许多弊端，对于扭转台湾大学校风和学风起了相当大的作用。
    其三，对学生严格管理。傅斯年采取种种措施严格考试录取制度，只是保证优秀学生能够被录取，有求学的机会，更重要的是对学生进行教育，为学生学习创造优良的条件和环境，在这方面傅斯年也采取了许多措施。
    一是修定台湾大学“学则”，改变学生不努力学习，随意旷课，混资格、混文凭的现象。其主要措施是实行学分制，严格学习期间的考试制度，杜绝各种形式的作弊行为。如规定“学生学期成绩不及格科目之学分数，达该学期修习学分总数三分之一，不得补考，即令退学”。“凡旷考者以零分计，全部旷考者， 自然退学”等。 傅斯年说到做到，1949年第二学期结束，因成绩不合格退学者多达31人。被勒令退学的学生家长有不少是有权势者，子女被勒令退学，他们十分不满，想方设法向学校发难，有人在省参议会上对傅斯年提出咨询，给其施加压力，迫其让步，傅斯年坚决不肯让步，他在回答咨询时强调说：“台大光复以来，实不能尽人满意，本人到校之初，所见情形，不特不能达到教育之理想，而且将为社会之累赘，故尽量改革，求其实事求是，求其进步。在校学生必须养成向学之习惯，然后学校风气方面可良好。养成良好习惯之办法不一，而加严课业，实为必要。向任何学生不论在校成绩如何，皆能随时毕业，则学校万无进步之理。”
    二是设置各种奖学金、助学金，为贫困学生创造学习条件。傅斯年在教育上有一个重要思想，就是教育机会均等，从早年他就一再强调贫富人家子弟受教育的机会应是均等的，虽然他自己也认为这个理想在当时的社会是不可能实现的，但他不止一次地提出应以多设奖学金的方式帮助出身贫苦的优秀子弟，使其不失去求学的机会。他任台湾大学校长时更是努力实现这一理想，在台湾大学设立几种奖学金、助学金，并做了许多具体规定帮助贫困学生完成学业。傅斯年在致学生的公开信中曾特别强调：“诸位中要想鬼混的，休想政府的帮助，其用功而有优良成绩的我决不使他因为无钱而辍学。”傅斯年为此做出了许多努力，他临死前几分钟，在省参议院回答参议员是否废止助学金问题时再次强调：“奖学金制度不应废止，对于那些资质好肯用功的，仅只为了没钱而不能升学的青年，我是万分的同情的，我不能让他们被摒弃于校门之外。”据统计，仅1949年就有1600人享受了各种类型的助学金。
    三是解决学生住宿问题，在傅斯年任校长以前，台湾大学内没有学生宿舍，个别需要住宿的同学在校外租房居住。傅斯年出任校长时，因各种情况流亡到台湾的穷学生相当多，他们住不起校外的公寓，只好在学校内寻找栖身之处。研究室、教室乃至洗澡间，到处都住有学生，甚至台大医院传染病房，也成为学生宿舍。傅斯年面对这种情况，实在是既心疼又头痛，不解决学生住宿问题，学校简直无法再办下去，要解决又谈何容易。傅斯年曾经声称：“我们办学，应该先替学生解决其所有之困难，使他们有安心求学的环境。然后才能要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，而只要求他们努力读书，即是不近人情的。”他奔走呼吁，四处求告，终于筹集了一大笔资金，加紧建造了一批学生宿舍，在不到一年的时间里解决了1800多名学生的住宿问题，占全校人数的60%，整个学校学生住宿问题大为缓解。
    傅斯年曾在台湾大学校刊第56期发表一篇文章，题目是《几个教育的理想》。其中第一个理想是崇尚“平淡无奇的教育”，在其中强调了三个原则，第一，协助解决学生的生活问题。第二，加强课业。第三，提倡各种课外娱乐的运动。他概括说：“以上的话，总括起来，可以说一句笑话：‘有房子住，有书念，有好玩的东西玩。’”