争取教育的相对独立
    傅斯年早年就主张教育独立，强调教育自身的发展规律，政府不应过多地干预。他一再强调：教育不独立是办不好的。他出任台湾大学校长以后，更是积极争取和努力坚持教育独立，反对政府对教育过多地干预。
    他任职期间，整个台湾相当混乱，国民党政权为了巩固在台湾的统治，实行白色恐怖，乱捕乱杀，稍有嫌疑，就有被逮捕屠杀的危险。对台湾大学也是如此。傅斯年到任不久，台湾发生了学生运动，台湾当局大肆逮捕学生，史称“四六”事件。傅斯年对当局不经任何手续到台湾大学逮捕师生十分不满，亲自找国民党最高当局进行交涉，要求没有确凿证据不能随便到台大捕人，即使有确凿证据逮捕台大师生也必须经校长批准，并且相约成为一项制度。有文字记载，蒋经国当时曾负责军警特宪事务，他要台大某人资料对某事调查，也只好找傅斯年交涉，专门写信要求。信中说：“孟真先生道鉴：兹派员前来洽取于某有关文件，即请面交带回，以供系考。”当时人的一些书信和回忆文章都说明，军警宪特到台大不能肆行无忌。傅斯年力争此项权力是他坚持教育独立，摆脱政府控制教育的一项重要举措。
    当时国民党政府还要求各机关学校实行联保制度，其方法是公教人员几人相互监督，相互保证对方思想纯正，没有染上共产思想，万一发现联保中有人思想不纯正，保证人都要受连累。台湾省当局也要求台湾大学师生办理这种手续。傅斯年出面对国民党当局说：凡是在台湾大学任教和服务的教职员每个人都思想纯正，没有左倾思想，他一个人可以保证，有问题发生，他愿意负全部责任。结果台湾大学没有实行联保制度。当时有些人攻击台湾大学有些院长系主任是“共党分子或亲共分子”，说他们把持的院系是“共产党细菌的温床”，许多学生受其影响。傅斯年对此公开发表文章进行反击，在文章中强调：“假如我对于这样的举动妥协了，我念这几十年书的工夫也就完了，还谈教育吗？我不能承认台湾大学的无罪学生有罪，有辜的学生为无辜，此之为公平。不能承认任何人有特权，此之谓公平。……宁可我受诬枉。我既为校长，不能坐视我的学生受诬枉。”傅斯年这些行为都是他教育独立思想的外在表现。正如他去世后台湾的一些报纸所评论：“傅斯年先生在台大两年最大的成就，在保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气，但遭到最严重的打击、攻讦、阻挠，种种困难的也在此。许多不学无术的党棍子，想进台大，许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭，栽赃诬陷，就地打滚，集无耻之大成的各种手段，都对傅斯年施用过，而傅先生英勇坚定地绝不为所动，贯彻自己主张，且与这些丑恶势力对垒作战。”这种评论反映了傅斯年在教育方面的立场和行为，坚持教育的相对独立，与干涉破坏教育的邪恶势力做坚决斗争。
    傅斯年作为大学校长更注意自己人格的独立，不像政府官员那样具有严重依附和等级思想。有一件事很能说明他的立场和意识。1949年盟军统帅麦克阿瑟访问台湾，当时国民党政府刚退守台湾，迫切需要美军的保护，因此视麦克阿瑟为太上皇。麦克阿瑟专机到达台湾时，蒋介石亲率五院院长、三军总司令等政要到机场迎接，并通知傅斯年到场，傅斯年虽然去了机场，但表现出与众不同的风格，第二天重要报纸刊登的照片，当天在机场贵宾室就座的仅三人，蒋介石、麦克阿瑟和傅斯年，其他五院院长及政要垂手恭候，三军总司令立正挺立，傅斯年则坐在沙发上，口叼烟斗，翘着右腿，潇洒自若。当时报纸新闻说：“在机场贵宾室，敢与总统及麦帅平坐者，唯傅斯年一人。”有人曾引《后汉书》范滂评价郭林宗的语言称赞傅斯年：“隐不违亲，贞不绝俗，天子不得臣，诸侯不得友，吾不知其他。”傅斯年一生不从政， 从事教育和学术，努力保持个性独立，在某种程度代表了中国传统中最有价值的“道统”观念和西方的自由平等思想，他要求教育独立，并为之努力奋斗，在当时是可贵的。
    身殉台湾大学
    傅斯年任台大校长期间正是台湾的非常时期，他日夜谋划，锐意改革，统筹大政，同时处理繁巨的日常事务。其侄傅乐成回忆说：“他（傅斯年）经常每日在校办公六小时以上，一进办公室，便无一分钟的休息，有时还须参加校外的集会。……他那希望台大赶快办好的意念，竟使他坐卧不安。”傅斯年的秘书那廉君说得更明白，他说：“我可以说傅校长这一年零十个月来，每天除去吃饭睡觉的时间外，统统是用在台大上头。”傅斯年久患高血压病，本来不堪过分劳累，因此，身体不久便垮了下来。他也知道校长事务繁多，自己的身体难以胜任，曾向朱家骅诉苦说：“你把我害了，台大的事真多，我吃不消，我的命欲断送在台大了。”但是说是说，做是做，面对台湾大学百废待兴的局面，繁巨冗杂的校务，他无法偷懒休息，只好抱着鞠躬尽瘁、死而后已的态度奔走操劳。
    1950年春，傅斯年血压猛然增高，亲友皆劝其静养，他置若罔闻。夏天，又患了胆结石，动手术休息几天，尚未痊愈又开始了工作。11月，教务长钱思亮赴法，傅斯年的工作更加繁忙。
    12月20日上午，傅斯年出席了由蒋梦麟主持召集的农复会会议，主要讨论农业教育改革和保送大学生出国深造问题。傅斯年想借机多保送台大学生出国留学，在会上频频发言，提了许多意见和建议，据蒋梦麟回忆：会议进行两个多小时，傅斯年讲话最多。午饭后他又去省议会，列席省议会第五次会议，此次会议参议员咨询的主要是有关教育行政的问题，多数由教育厅长陈雪屏作答。下午5时40分左右， 参议员郭宝基咨询有关台大的问题，包括国民党教育部从大陆运到台湾保存在台湾大学的教育器材的失盗和放宽台大招生尺度问题，这些问题须由傅斯年答复。这两件事尤其是器材失盗之事，使傅斯年相当愤怒。原来台湾大学保存一批由大陆运出的器材，结果被台湾大学保管股长杨如萍等人盗卖，后来被侦破，当时在社会引起一定反响。此事出在台湾大学，一向嫉恶如仇的傅斯年深受刺激，曾在报纸上发表声明，要除恶务尽，清除所有败类。现在参议员再次提起，傅斯年仍然相当激动，引起突发性脑溢血，6点10分会议结束后傅斯年倒在议会大厅，经抢救无效， 终于在晚上11点左右去世。
    傅斯年猝然去世在台湾引起了巨大反响，人们给予这位大气磅磅的学人以高度评价，台湾大学在校园内择地安葬了傅斯年，并专门建造了一座罗马式纪念亭。从此，傅斯年安葬地称为“傅园”，每年都有许多人前往祭奠凭吊。