显然，蔡邕并未将整个汉朝的公文形态作为一个历史过程加以考察，所记主要应为其所处时代的制度。我们用它来概括整个汉朝的文书制度，无疑是非常危险的，很容易导致对一些基本文献和实物史料的误读。
    在西汉，丞相、御史大夫和列卿等公卿大臣可以直接上书于皇帝。在公文程式上，“臣昧死以闻”或“臣昧死请”之后，紧接着就是皇帝对这些文书进行批答用的“制曰可”，（注：关于西汉公文的具体程式，还需要严格的论证。基本情况可以参看前引大庭修和汪桂海的论著。）中间并没有其它的环节。在这种公文形态中，公卿大臣作为皇帝私人助手身份的色彩很重。
    从何时开始，形成了《独断》所说的那种文书形态和运作机制呢？文书形态的这个变化，实际上就是汉朝政治体制的变迁历程。此种文书形态的背后，体现的是尚书成了皇帝批办政务文书的私人助手，而作为帝国官僚主体的公卿大臣与皇帝之间多了一道隔阂，宫、府合一的国家形态转变为宫、府分离的国家形态。
    西汉前期也有尚书之官在文书传递过程中所起作用的记载，（注：如《汉官仪》说“初，秦代少府遣吏四人在殿中主发书，故号尚书。尚犹主也。汉因秦置之”。《唐六典》卷一说“初，秦变周法，置尚书于禁中，有令丞，掌通章奏而已。汉初因之”。）还有一些相关的经过转写的文书资料，（注：如《史记·三王世家》载霍去病请立诸皇子为王的上书，其后有“三月乙亥，御史臣光守尚书奏未央宫”一句，接着是“制曰：下御史”，然后是“六年三月戊申朔乙亥，御史臣光守尚书令、丞非下御史，书到言”。这条材料说明尚书令在奏、下文书过程中的作用，但不能说明文书本身出现“尚书令奏”的字样。而且尚书令还要将批复后的文书下御史，而不是直接下达具体的上奏人或执行人。）但我们还无法论明“尚书令奏”落实到文书本身，以及尚书令将批复后的陈事文书直接下达有关九卿或郡国长官执行，而不通过丞相御史或三公这种制度出现的具体时间。其间一定有一个相对长的日积月累的变化过程，可以从以下几个时期来稍加分析。
    第一，汉武帝时期的变化。这种变化主要体现在，随着地方政务和边疆形势的变化，帝国事务大量增加，政治体制随之发生了重大转变。一方面，丞相人选出身构成的变化及其职权的削弱，中朝官的作用突出，九卿的职权加强。元人朱礼在《汉唐事笺》前集“宰相”条中有一段评论：“自武帝以公孙弘为丞相，其后儒者始相继秉轴……既任之以相，乃使侍中出入禁闼，辩论数黜大臣，以侵外庭之权，九卿更进用事，而天下之务不关决于宰相”。在“三公”条中又称“武帝假宠大司马之权而不任宰相，故终汉之世大司马专国柄，而宰相具位，奉行文书而已”。另一方面，原有中央和地方关系的格局被打破，中央对地方事务的干预加强，遣使巡行之事多了起来。朱礼评论说：“文帝在位最久，未尝遣使。遣使之烦，自武帝始。……故劝农种麦，则遣谒者，存问鳏寡，则遣博士”。（注：［元］朱礼：《汉唐事笺》前集卷6“遣使”条， 江苏广陵古籍刻印社，1990年影印本。）
    这两方面的变化都会引起文书制度的变化。祝总斌先生强调了随着奏事文书的增加而形成了中朝官领尚书事的制度，（注：祝总斌前引书，第87页。）我们可以进一步探究，新增加的大量文书在运行程式上是否还遵循原有体制呢？
    《后汉书·光武帝纪》注引《汉官仪》称“尚书四员，武帝置”。《汉书·成帝纪》“初置尚书五人”条主引《汉旧仪》曰：“尚书四人为四曹，常侍尚书主丞相、御史事，二千石尚书主刺史、二千石事，户曹尚书主庶人上书事，主客尚书主外国事”。尽管没有直接材料证明后者所指为武帝时制度，但联系前一条材料看，应是武帝置尚书四员时的分工情况。所谓“主某某事”，即负责某一方面的文书呈递工作，也就是“通章奏”。这是按照上书者的不同身份进行的分工。由于各方面文书的增加，尚书的任务繁重起来，“尚书奏事”因此具有了特定的含义。当所有臣民奏事都要经过尚书奏达之时，汉初那种文书奏行皆由御史的机制便改变了，所以，也正是在汉武帝时期，“左右曹、诸吏分平尚书奏事”成为制度。（注：参《宋书·百官志》和《晋书·百官志》。）汉武帝时期政治体制及文书运作机制的变化，应该是汉朝文书形态变化的一个重要背景，其相互影响的过程还有待进一步探究。
    第二，从西汉成帝到东汉光武帝时期的变化。祝总斌先生论证了成帝时期尚书制度变化的意义主要在于分曹办事，有了固定的曹名和职掌；又指出东汉前期尚书的职掌一般还是按照上奏文书者的身份加以分工的。（注：祝总斌前引书，第90－93页，第135页。 ）《后汉书·百官志》记“成帝初置尚书四人，分为四曹”之说并不可信。（注：祝总斌前引书，第92页。）成帝时尚书有五曹，《百官志》注引蔡质《汉仪》曰：“三公尚书二人，典三公文书”，“（常侍曹尚书）主常侍黄门御史事。世祖改曰吏曹”。这个说法与本注所记其它诸曹职掌相符，即五曹分别负责三公、常侍黄门御史、郡国、凡吏及外国夷狄所上文书。东汉初年大体应延续此种设置与分工。尚书分工负责文书接收保管的制度已经很完善，尚书令掌“奏、下尚书文书”（注：《后汉书·百官志》。）的职掌也更加明确。这是汉武帝以来尚书制度的完备化，但还没有脱离传递文书的范围。
    第三，东汉中后期的变化。这种变化主要体现在尚书的职掌逐渐转向按任务的性质进行划分。祝总斌先生已经敏锐地指出，由按上奏者身份分工到按事务性质分工的演变，是尚书权力发展的必然趋势，并为魏晋以后代替三公府准备着条件。（注：祝总斌前引书，第136页。 ）传递文书的尚书取得对某一方面事务文书进行谋议参决的职权之后，这种职权一旦落实到制度上，一定要反映到文书本身，成为文书的规程。否则，就没有制度的保证。蔡邕所说群臣有所奏请，“尚书令奏”之下有“制曰”，天子答之曰“可”的文书规程，应该就是在这种制度变革的背景下形成的。此种形态的文书，还未见到实物史料，有些转写的史料，如记录灵帝光和四年太常“奏”和批复诏书的《无极山碑》，大抵可以反映此种形态。碑文略曰：
    光和四年［缺］月辛卯朔廿二日壬子，太常臣耽、丞敏顿首上尚书：谨按文书云云。请少府给圭璧，本市祠具，如癸酉、戊子诏书故事报。臣耽愚矸，顿首顿首。上尚书，制曰可。大尚承书从事，上［缺］月十七日丁丑，尚书令忠奏洛阳宫。光和四年八月辛酉朔十七日丁丑，尚书令忠下。光和四年八月辛酉朔十七日丁丑，太常臣耽、丞敏下常山相［缺］从事下承［缺］用者如诏书。书到言。（注：《隶释》卷3， 参见严可均辑、许振生审订《全汉书文》卷108，北京商务印书馆1999 年。）碑文并非照录当时公文的原文，而是记录对祭祀无极山之事进行请示和批复的经过，大致是由常山相上太常、太常上尚书、尚书奏皇帝及皇帝批示后尚书令下太常、太常下常山相的程式。按照《独断》的记载，这份太常上尚书的文书，应是用于“其中有所请”的“奏”，批复用语是“制曰可”，但文书的用语却与“上言稽首，下言稽首以闻”不合。是实际运作中的文书形态，当比《独断》的记载要复杂，且处于不断变动之中。其中“上尚书，制曰可。大尚承书从事，上［缺］月十七日丁丑，尚书令忠奏洛阳宫。光和四年八月辛酉朔十七日丁丑，尚书令忠下”一段文字，恐是根据批复奏事文书的诏书进行的转写，“尚书令忠奏洛阳宫”的字样未必不是文书的原文，然后是“制曰可”。
    需要强调的是，《独断》中关于汉代文书形态的记载，并不能涵盖整个两汉时期的文书制度，只是两汉文书形态演进链条中的一个环节。尽管不同时期的具体文书形态还不是很清楚，整个汉朝文书形态的变迁轨迹也无法完整地勾勒出来，但以《独断》有关记载和其它汉代文书的研究成果为前提，结合学界已有的对两汉政治体制变迁的论证，我们还是可以简要条缕出汉朝奏事文书形态的演变与政治体制变迁之间的关系。章表奏议四种形态的文书，即使从文书的名称上说是适用于整个两汉时期的文书，但其应用范围、批复程序和奏递途径等，随着两汉时期政治体制的变迁，势必发生着不断的变化。而蔡邕记载到《独断》里的情形，只是其所处时代公文书的形态而已。