4在沈阳主持万国鼠疫大会
    对于这样一场类似于欧洲中世纪的黑死病（Black Death）大流行，奇迹般地被扑灭，总死亡人数约为6万，较之欧洲黑死病死亡百万有余，显然是值得进一步研究、总结的。中国政府当局居然很快发起召开一个万国鼠疫大会（International Plague Conference） [19]，也是令人惊异的。3月初，伍连德接到施绍基电报，称中央政府有此决定，要他作为大会主席到奉天（沈阳）主持。参加国代表来自中、俄、日、德、英、美、法、意、荷兰、奥地利、墨西哥、印度等12个国家。发起此次大会，看来与作为外务部参议施绍基关系最大，他本人将以最高委员身份出席。这是中国医学史上第一次大型国际学术会议，并且贡献良多。
    伍连德遂与同僚商议，将职务移交给北洋医学堂教务长、北京人庄医生代理，搭乘快车由俄人的中东路转日人的南满路，12小时后到达奉天。总督代表、英文秘书等官员已在车站迎接。会议在外城东南隅之小河园举行，外宾将住在附近的中央大厅，已按一等旅馆水平装修一新。一切费用由政府供给，会期预计18天。
    次日伍连德拜会了总督熙良和财政厅长韩某。熙良告诉他力主伍氏主持防疫事务之情状，韩厅长则曾慷慨拨付过500万元以供防疫开支，伍氏深表感谢。外国代表陆续到达。名流有俄国柴波罗耐教授、日本北里教授等。其中日本因自1905年战胜俄国以来把南满视作己之领土，尤显趾高气扬，不可一世。此次来人数量特多，图以先声夺人。施绍基于3月22日达到，共同议决会议事项。施氏仅年长伍氏2岁，辛亥以后出任第一届内阁交通部长，后又任驻英、美大使，实为青年才俊。
    4月3日上午10时正式开幕。熙良、施绍基等身穿朝服出席，并宣读圣旨，发表祝辞。文辞均颇能与国际接轨，重点指出会议宗旨是如何防治鼠疫，造福于全人类。尤其施委员的报告，尖锐提出了与此次鼠疫扑灭过程有关的12个问题，要求大会予以讨论。其中包括本次疫病的起源、传播途径和传染方式、与风土病关系、肺鼠疫细菌毒力与腺鼠疫毒力比较、肺鼠疫是否传人不传鼠、在何种条件下会致成不同疫情、能否空气传染或必经接触传染、疫菌离开人体能生存多久、如何防止重新爆发、是否必须打防疫针、房子有无必要焚毁或消毒已足、种痘和注射血清是否可靠、大豆及毛皮之出口应如何控制等等。非具高级专业水平不足以言此，估计是与伍氏周密商量过的。施氏在演讲中肯定并表彰了伍氏的防疫功绩，与会代表一致表示赞同。伍氏则作为大会主席致辞，恳请大家贡献意见，保证益心善纳。柴波罗耐代表各国代表也致了辞。
    会议共开了23次，伍氏主持20次，出于礼貌请细菌学权威北里柴三郎主持3次。大家推诚相见，各以观察及实验所得，从病理学、细菌学、流行病学等不同角度，详尽地讨论分析了全部疫情经过及病因、病理、临床特征等有关问题，研究了土拨鼠、空气、气候、房舍、火车、水源等各种因素关系，也讨论了预防注射、各种防疫措施的效果。
    意见要求完全一致是不可能的。但基本共识也已得出。此病1905年前后为散发，与土拨鼠有关。1910年10月12日在满洲里出现第1例肺鼠疫，2个月内死亡392人。铁路是传播的主要途径，并与民俗所致人群迁移有关。肺鼠疫的特点是发病突然、咳嗽、高热、咯血、皮肤青紫并迅速死亡，疫菌主要侵犯肺部及血液，与腹股沟淋巴腺鼠疫主要因鼠蚤咬噬然后腺淋巴发炎至全身发病有不同病程，危险性更大、更剧烈。传染途径主要是咳嗽，即使无痰咳出，也有大量细菌散播于空气之中。一般呼吸时则无菌呼出。痰血、涎沫中有大量细菌，尸体埋葬达6月之久亦仍有疫菌存活，且可因穴居之老鼠、土拨鼠等咬啮而造成再次传播。人群集居、迁移、不卫生的居处条件等为疫情爆发的因素，但宽敞高大的屋子内，若有病人咳嗽，同样可致传染。本次流行从10月20日满洲里发现死亡病例开始统计，至1911年4月开会时止，包括东三省、北京、武汉、山东等地，总计死亡51462人，加上未经登记的病亡者，总数不下6万人[20]。隔离的方法十分重要，病院或空车皮征用均可。管制交通，切断传播途径可免疫区扩大。个人预防以戴口罩为第一，北里并提出最好也戴一副眼镜。火葬尸体，包括已埋入坟墓者，焚毁衣物，消毒各种房舍用具和空气，包括用硫磺、石灰、石炭酸、爆竹等，对于消除疫源是有效方法。至于疫菌和抗毒血清等效果尚不稳定，不少人反而死去，伍连德提出是否因注射损及“元气”有关[21]。也有注射效果良好者，可见需要改进。
    会议至4月28日闭幕，荷兰代表致辞感谢东道主盛情招待并祝贺会议成功。伍连德和施委员作闭幕演讲和谢辞。次日代表同往北京，外交部复以盛情招待，并举行了一次东西合璧的舞会。整个会议进行有条不紊，十分成功。中国悠久灿烂的文化给代表们影响极深，而此次会议又大大提高了中国在科学界的地位。
    5为消灭各地疫病而继续奋斗
    在北京，伍连德被任命为陆军少校，并得晋见摄政王载沣（当时宣统帝仅7岁，尚未亲政），并接受蓝翎徽衔赐进士出身的奖励。俄政府颁赠二等勋章，法政府亦予嘉奖[22]。随之，因东三省总督及施绍基之推荐，他被委任为外务部医官，开始了外务部20余年的供职生涯。施氏带同晋谒了内务部大臣肃亲王，肃亲王表示奖掖之意和对他卫生防疫计划的支持。陆军部仍保留了他副监督的职位。伍连德在北京东堂子相同买下一座住宅，雇了车夫、佣仆，把妻儿接到北京居住。但他自己又带了余医生等北上，于1912年在哈尔滨建立起隶属于外交部的“东三省防疫事务总管理处”，东三省总督赵尔巽拨款18万元充作开办费，海关关税中每年列支12万元为日常经费。这是中国政府的第一个防疫事务部门，宗旨是研究防疫问题，制定防疫方针、措施、法律，并建立模范医院、疾疫图书馆、疾疫博物馆、总化验部等。总院在哈尔滨，另设分院于满洲里、牛庄、齐齐哈尔、拉哈苏苏，平时应诊，疫时防疫。除鼠疫外，防治霍乱、天花、狂犬病、猩红热、伤寒等传染病，并制造疫苗、抗血清，化验食品、饮料、药物等，为地方政府助理卫生事宜。