伍连德还进一步深入调查本次疫病的疫源，土拨鼠的感受性，细菌的散播方式，与气候关系等。在满洲里及西伯利亚各地乡村调查，未能找到患病或死去的土拨鼠；后终于在克洛尼查到一只死亡土拨鼠，脾脏切片中查见病变。在这些调查基础上，他写了“土拨鼠与瘟疫之关系的考查”一文，1913年8月在伦敦国际医学大会宣读[23]。他又在沈阳作土拨鼠实验，发现有半数因呼吸而传染，在四五日内死去。而且共它兽类或人亦可受土拨鼠呼吸传染，经一潜伏期后发病。土拨鼠在吃了有疫菌的腐尸或食物后，同样会发病。1911年辛亥首义后，他受新成立的民国政府派遣，到海牙出席了第一届国际鸦片会议，1913年又出席第2届。此期间还专程回剑桥大学向座师胡德汉教授及毕格教授请教病理问题，带去了有关组织切片。经一月切磋，于1913年出席伦敦医药会议，发表了“关于肺鼠疫的病理”专题论文，受到与会者好评。1913牧1937年间，他还代表中国到布法罗、新加坡、东京、檀香山、巴黎、万隆等地出席了一系列有关学校卫生、热带医学、外科、狂犬病、乡村卫生等的国际会议[24]，赢得同行们高度尊敬。1924-1925年，他受洛克菲勒基金会资助，在美国约翰霍普金斯大学研究，并获公共卫生学硕士学位。
    国内疫病因战争频仍、军阀割据，仍时有发生。每有疫情，伍连德博士都身先士卒，亲临第一线。1917年山西大疫，延及内蒙、河北、安徽、山东、南京等地，伍氏在极端困难条件下奔走灭疫，终于在1918年5月里将之扑灭。1919年北洋政府在北京设立了中央防疫处，任命伍连德为处长[25]。是年哈尔滨流行霍乱，伍氏救治2000余人，发明高浓度盐水静脉滴注治疗法，效果良好，控制了疫情。[26]1920年10月间，自海拉尔开始又见鼠疫流行，传至达莱诺尔（扎诺尔）等地，伍氏当即前往巡视，查出与旱獭有关。此次流行亦颇迅速，波及东三省及山东等地各大城市，死亡总人数1.15万余人。哈尔滨此时已有30万人口，仅3125人死亡。上次流行时人口7万却死了7千余人，可知从人口比例上看，此次疫病控制是快速而有效的，一系列措施证明切实有效。[27]从一例25岁青年突然死亡的尸检中，发现气管部有疫菌，但死者还未来得及表现出咳嗽等症状，大家认为此例说明本次流行疫菌毒力比上次更大。伍连德与日本富士浪教授共撰《1921年满洲疫症之病理研究》一书，做了详细研究。1922-1923年，他又做了许多土拨鼠呼吸传染的研究，甚至冬眠之中也见到传染而死者。查找鼠蚤，表明鼠蚤确可咬人传疫。此后，他又发表或出版了“关于土拨鼠与花金鼠之肺鼠疫之系统病理研究”、“野生啮齿动物的患疫情形”、《肺鼠疫论文集》、《防疫手册》、《满洲防疫事务所报告书》、《华北疫势之研究》等论文和著作（28），在防疫问题上，对国际间和国内，作出了重大贡献。他始终孜孜不倦地为防疫卫生事业而奋斗。
    6爱国家、爱民族、爱事业，鞠躬尽瘁
    如果说防疫、灭疫及对鼠疫等疫病病理作出研究，包括有关机构和医院的设立、会议的组织和发表论著，是伍连德一生最重要的贡献，那么，我们还必须看到透过他领导的这一系列防疫卫生活动，实际上为中国近代医学卫生事业，奠定了一个全盘的结构基础。传教士医生来华以后的医疗行为、医院和医学校建立等固然也是中国近代西医发展的基础，但那些毕竟还不是结构性、体系性的，而是实用性、填充性的。近现代医学在观念上主要已不完全是治疗性的了，公共卫生体系的建立是更具有标志意义的。伍连德博士工作的实质性贡献意义，已远远超过了某次、某地的防疫、治疗、救人活命的价值。
    他在国内的一系列活动，他自己也许意识到了，也许并不是完全抱着这样一种改善全国医疗卫生事业的目标而去进行的，但他确实在客观上全面地推动了医学卫生的进步。早在1907年他第一次到上海并结识颜福庆等同行时，他们就达成了某种默契。1910年他登报征询意见，倡议组织一个中国医生自己的协会[29]。那时外国医生在中国成立有“博医会”，却长期以来不允许中国医生入会[30]。1914年4月，伍连德到上海，与颜福庆、俞凤宾、萧智吉、古恩康、黄琼仙等7人谋划，联名发起成立中华医学会（The National Medical Association of China）。翌年1月，全国医生代表36人在上海开会，至2月5日正式宣布成立，公推颜福庆为首任会长，伍连德任秘书，刁信德为司库，庶务俞凤宾。假南京路34号俞凤宾医师诊所作为中华医学会事务所办公地址。从此中国医生有了一个自己的学术团体，可以共谋中国医学卫生事业的发展。并决定出版中英文双语《中华医学杂志》，伍氏任总编辑，10月份就出版了第1期，次年3月定为季刊，至1924年改为双月刊，1934年改为月刊，学术发展迅速。会员在第一年即达到232人。1916年2月开会改选，伍连德当选为中华医学会会长，连任两届至1920年。他在会上建议用国语交流，并呼吁注意公共卫生教育，积极扩大学会活动，为学会工作竭尽了心力。由于中华医学会发展迅速，受到全国各地医生广泛拥护而成绩斐然，终于在1932年，博医会也要求并入。英文名遂改为Chinese Medical Association [31]。此外，在1933年，他还与颜福庆等发起成立了全国防痨协会，任常务理事，组织大家防治结核病。1936年，又在上海请准拨地建起火葬场。
    伍氏一生在华任职颇多。1913年6月被时任大总统的袁世凯召见，总算第一次见了面，委为医学顾问。皇帝梦破灭后袁世凯心身交瘁，伍氏曾为之诊，是糖尿病和肾脏炎，但其意见不被采纳。以后黎元洪、冯国璋、徐世昌等上台，仍聘为总统侍医，总统医官，兼任京汉、京奉、京张、津浦四条铁路总医官。1916年在财长周学熙支持下，他在北京建起当时最大、最现代化的中央医院，伍氏任院长，即今北医大人民医院前身，打破了外国医院在京垄断局面。1919年应张作霖、张学良父子之邀，办起了一个制药厂，一个东北陆军总医院，规模宏大。他赤诚爱国，1915年在哈尔滨参加反对日本“二十一条”群众集会，见工人张泰演讲后刺腹血书“誓死报国”，深为感动，便立即为之救治于滨江医院。1916年底与詹天佑一起接受香港大学名誉法学博士学位，席间提出港大应聘任中国医生为教授，给中国学生颁同等学位。1919年到上海焚毁鸦片1200箱。1925年哈尔滨群众集会声援上海“五卅”受难同胞，募捐义演，伍氏亲自登台表演、赞助[32]。1926年霍乱大流行，伍氏积极领导防疫机构人员投入扑灭。他认为霍乱、猩红热等之流行皆是外国输入，因卫生恶劣所致，强烈提出检疫主权应收回，归中国自己管辖，由中国担任检疫医官[33]。在未果之前，他与时任东三省防疫事务管理处医官的林家瑞一起，在滨江医院基础上建立了哈尔滨医学专门学校，培养医药卫生防疫人员。此即今哈尔滨医科大学前身，伍氏任校长。同年他获颁东京帝国医科大学医学博士学位，这在日本是第一次破例授予一个外国人。