黄宗羲在对治乱原因的探索中，提出了一套社会改革方案：通过设置丞相、倡导君臣平等、发挥学校与法治的作用来限制君权；通过“授民以田”、“田土均之”、减轻赋税来消除贫困；通过奖励“绝学”（科技），促进科学技术进步。主张工商皆本，发展社会经济。此外，对军事制度、货币制度、边防政策及人才铨选等也描绘了改革蓝图。这些认识既是资本主义生产关系萌芽在意识形态中的反映，又是他对大量历史事实研究中，特别是从明朝溃灭的教训中总结出来的，是其经世思想的集中体现。
    黄宗羲的经世思想产生了巨大影响，振起百年聋聩，一扫诸儒附会支离之风。顾炎武“以经世之学推梨洲”[27]。钱穆称“固不失为新时代学风一先驱也”[28]。清代众多史学家、尤其是万斯同、全祖望、邵晋涵及章学诚等浙东史学家将这一思想继承下来并发扬光大。
    （2）阐述民族思想中国古代民族思想与“华夷之辨”密不可分，自孔子作《春秋》，内诸夏而外夷狄，汉族便具有反抗外族压迫的传统，这一现象反映到历史学家的头脑中就是对民族思想的阐发，如宋元时期的吕祖谦、王应麟、胡三省等人。清初学者亲眼目睹了清廷实行的残酷的民族高压政策和全国各地的抗清浪潮，激发了他们强烈的民族感情，唤醒了他们潜伏的民族意识，奋笔疾书，痛斥清王朝，歌颂抗清志士，黄宗羲、顾炎武、王夫之、吕留良等人是其杰出代表。
    黄宗羲是明末东林党人黄尊素之子，自幼深受东林党人尚廉耻、重气节的影响。清兵进攻江南，他率众抗击，后追随鲁王抗清，多次被清廷缉捕，屡濒危难，失败后，“饰巾待尽”，表现出强烈的民族气节。康熙十八（1679）年后，随着清朝统治日渐稳定，黄宗羲思想也逐渐发生变化，他派弟子万斯同参修《明史》，剃发易服，使用康熙年号，且称康熙为“圣天子”，清为“国朝”，实际上是承认了清朝政权的合法性，但他一生不仕清廷，多次拒绝清廷俸禄诱惑。
    生活环境、亲身经历培育了黄宗羲的民族思想。顺治十（1653）年秋撰成的《留书》，其中充溢着“华夷之辨”思想，说“中国”与“夷狄”有根本的区别，以“中国”治理“中国”，以“夷狄”治理“夷狄”，犹人不可“杂之于兽”，兽之不可“杂之于人”，指斥清朝为“伪朝”。《海外恸哭记》中称清军为“虏”、清帅为“虏帅”，清帝为“虏主”，满族为“禽兽”[29]。康熙二（1662）年撰成的《明夷待访录》，自谓“发言多冒人，举足辄违天”[30]，可知书中有许多反清言论。遗憾的是今见《待访录》已非原本，全祖望说《待访录》“原本不止于此，以多嫌讳弗尽出”[31]。该书之所以对清廷多有冒犯之处，因为它是《留书》的续作。黄宗羲在康熙十二年《待访录》序中说，顺治十（1653）年，“为书一卷，留之箧中（指《留书》），后十年续有《待访录》之作，则其（尤）者，多采入焉，而其余弃之。甬上万公择（斯选）谓尚有可取，乃附之《待访录》之后”[32]。《待访录》对《留书》内容“其（尤）者，多采入焉”，思想更深化、更成熟。晚年，黄宗羲虽承认了清朝政权，但民族思想并未泯灭，康熙二十二（1683）年，尚挥毫赋诗曰：“亡国何代无，此恨真无穷。”[33]民族情感，溢于言表。
    基于上述认识，黄宗羲对抗清志士及保持民族气节的“亡国遗民”备加讴歌。认为天地所以不毁，名教所以留存，原因在于“亡国之人物”的抗争，在《思旧录》、《行朝录》、《弘光实录钞》、《海外恸哭记》和《西台恸哭记》及文集中，对“国难诸公，表彰尤力”[34]，清军下江南时，刘蕺山绝食死，黄漳海以兵死，徐隽里自经死，国亡与亡，黄宗羲称颂他们是“一代之斗极也”[35]。张煌言从事抗清斗争十几年，不屈不挠，黄宗羲对他极为钦佩，将其比作民族英雄文天祥，说宋明之亡，“古今一大厄会”，可传忠义之士，非它代可比，其中历尽险阻艰难，屡遭挫折，有进无退者，则文天祥、张煌言“两公为最烈”[36]。康熙二年九月，张煌言杭州殉难，临刑，遥望吴山，叹曰：“好山色”，内心痛苦，不可堪言。黄宗羲闻讯作诗哀悼，“廿年苦节何人似，得此全归亦称情，废寺醵钱收弃骨，老声颓笔记琴声”[37]。黄宗羲歌颂抗清义士，也表彰不仕异族的“亡国遗民”，将遗民譬如“天地之元气”[38]。
    黄宗羲民族思想反映在其历史著作编纂上，就是将汉族建立的政权视为“正统”，把少数民族政权看作“僭伪”。认为唐修《晋书》，将“五胡”建立的政权归入“载记”，有失史体。尤其反对元修《辽史》、《金史》和《宋史》时，将三者并列“正统”，还把明修《元史》对蒙古人建立的元朝的承认看成“为虎作伥”[39]。因此，他自己计划重修一部《宋史》，“置辽、金、元于四夷列传，以正中国之统”[40]，后事不遂，仅成《宋史丛目补遗》三卷。
    黄宗羲民族思想还表现在对清廷与俄国边界交涉中软弱态度的批评和对俄国的警惕，值得注意。康熙二十八（1689）年，在清朝作出重大让步的情况下，中俄签订《尼布楚条约》。黄宗羲闻后说：“不图元裔卵育之区，乃再有兴者，是又一腹心贼也”，为此，“唏嘘良久”。[41]
    黄宗羲的民族思想，在今天看来有严重的大汉族主义倾向，但在当时却有它的进步意义，它是汉民族长期以来培育出来的反抗异族压迫的强烈的民族感情与民族气节的体现，不能否定。
    （3）寓褒贬、蓄垂训孔子作《春秋》，主旨“寓褒贬”，惩恶劝善，孟子所谓使“乱臣贼子惧”。黄宗羲继承这一传统，认为作史必须起到扬善瘅恶的作用，“为史而使乱臣贼子得志于天下，其不如无史之为愈也”[42]。为使“大奸大恶”受到笔伐，他主张将“其人之行事载之于史，传之于后，使千载而下，人人欲刃其颈，贱之为禽兽”[43]，充分发挥史书惩恶扬善、垂训未来的作用。各种史体均应体现这一原则，“列传”要反映“善善恶恶”，“言行录”更应如此，所谓“史之为体，有编年，有列传。言行录固列传之体也。列传善善恶恶，而言行录善善之意长，若是乎恕矣，然非皎洁当年，一言一行足为衣冠之准的者，无自无入焉，则比之列传为尤严也”[44]。方志属史之一种，也应寓褒贬，“志与史例，其不同者，史则美恶俱载，以示褒贬。志则存美而去恶，有褒而无贬，然其所去，是亦贬之例也”[45]。墓志铭亦属史之一种，当然也不例外，“夫铭者，史之类也。史有褒贬，铭则应其子孙之请，不主褒贬，而其人行应铭法则铭之，其人行不应铭法则不铭，是亦褒贬寓于其间”[46]。但他又强调史学家应具有客观精神，称赞韩愈给人撰写墓志铭时，“言有裁量，毁誉不淆”[47]。只有直书才能保证史书的客观性。
    上述可见，黄宗羲史学思想既继承中国传统史学的优良学风，又具有时代特色，使其站在时代前列，对后世产生深远影响。