南美洲发现的考古文物年代则更久远。在秘鲁、阿根廷和哥伦比亚发掘出来的史前文物经测定都在14000年以上。智利南部沿海的维尔德山（Monte Verde）的史前人类居住区遗址显示这里的人类早在13000年前即懂得怎样利用附近的森林、海岸和山上的资源。这种知识不可能是第一批迁徙到此的人类所能拥有的，而应是几批以上的移民经验的积累。在该遗址的下面发现的五块石片和疑为火炉的遗物，年代初测为距今33000年。
    在巴西东北部的帕德拉·弗拉达山岩下也发现了史前人类居所遗址。从火炉中的木炭和岩墙上掉下的涂有图画的石片的测定年代为32000年前。在该地区400多处原始人类遗址中的一个原始居所内的火堆中找到的木碳，经碳14测定为50000年前。巴西考古学家妮德·瑰德在此处已发掘30年，她在1987年发现的一具人类颅骨碳14测定为15000年前。（注：阿历克斯·贝洛斯：《考古学家争论谁是最古老美洲人》（Alex Bellos,“Archaeologists feud over oldest Americans”，The Guardian,2000年2月11日）。）这表明人类极可能在45000年到40000年前就到达美洲。一个可能的解释是人类在这一时期前的一次冰河期间经白令海峡陆地到达美洲。然而，考古学家目前尚未发现西伯利亚此时有人类活动的证据，而传统理论也认为北美大陆15000年前尚无人类活动。
    以前，尽管有许多无法解释的证据，传统理论仍牢牢地统治着美国考古人类学界。按照这种理论，来自东北亚的亚洲人在约11500年前经白令海峡陆桥到达北美阿拉斯加，然后穿过加拿大，进入西南部，最后散居到东部，成为土著美洲人的先祖。19世纪30年代新墨西哥州克洛维斯发掘出的石矛尖，年代测定为11000年前。以此为证，该处被确定为美洲新世界的最早人类遗址，石矛尖也就被做为“克洛维斯文化”的代表性器物。这种美洲殖民的理论模式在美国考古人类学界的影响如此之大，以至于任何所发现的年代早于“克洛维斯文化”的石器都被认为年代测定不准，任何足以推翻该理论的史前人类遗骨都被束之高阁。一位美国人类学家甚至认为美国人类学界存在一个极力维护该理论的所谓“克洛维斯黑邦”。不少人类学家为了使自己的学术声誉不致遭到学术权威的抨击，当发掘到克洛维斯文化层时就停止而不再继续往下挖掘。
      新理论
    1990年，美国通过一项联邦法案，要求博物馆把馆藏的史前美洲人类遗骨归还给所属印第安部落，科学家们于是被召来确定头盖骨的部族归属。体质人类学家通过精确测量每具头盖骨在约90个部位上的尺寸，能够判断出该具颅骨属于地球上哪个人类种族，并且还能通过在颅骨上填充“肌肉”和“皮肤”重现其面貌。目前已对发掘出的约2000具美洲史前人类颅骨建立了这样的数据库。对其中十余具颅骨的面貌复原和分析产生了令人惊异的事实。
    现存美洲年代最为久远的史前人类遗骸之一是在巴西中部发掘出来的，约距今11500年。圣保罗大学的人类学家瓦尔特·内维斯去年对该具遗骨的研究表明他属于南亚人或土著澳大利亚人。在内布拉斯加州和明尼苏达州发现的距今约7840至8900年的三具颅骨也被确定为基本上属于南亚人或者欧洲人。1989年在爱达荷州的布尔（Buhl）发现的一具距今约10600年的年青妇女遗骸被认为是波利尼西亚人。内华达州法伦附近的精灵洞穴（Spirt Caveman）发现的史前人类遗骨距今约9200年，研究表明此人属于曾居住在日本的高加索人种。高加索人种曾散布在欧洲、北非和亚洲某些地区。
    1996年7月28日，华盛顿州两名大学生在观看哥伦比亚河上的水翼船比赛时发现了一具距今约8000年的男性史前人类遗骨。其脸部狭窄，鼻梁高，再加上其它特征，初被描述为是欧洲人种，后被确认为属波利尼西亚人和曾住在日本的高加索人之间的人种。在1998年一期的《美国体质人类学杂志》上，首都华盛顿斯密森研究所的体质人类学家简茨和奥斯勒测量分析了11具美洲史前人类颅骨。他们的研究表明除了一具而外，其它10具颅骨化石均不像印第安人而更像欧洲人和南亚人。他们认为这证明了11000年前，美洲已是一个多种族混居的大陆，包括南亚人、东亚人和欧洲人，而且美洲原始人类的人口数量远不是我们原来所想象的那么少。
    美国自然史博物馆的大卫·托玛斯认为当今美国印第安人同所发现的史前美洲人类遗骨化石在体质上的差异也许是10000年的进化造成的。人类学家詹姆斯·卡特尔斯则提出了更为激进的解释：最早的美洲移民来自波利尼西亚或者欧洲。他们没有成为现今美洲印第安人的祖先，很可能是被后来的移民消灭了。在华盛顿州的哥伦比亚河边发现的肯尼维克人遗骸的臀部有被石矛尖戳伤的痕迹，这极可能是有部族战争的证据。石矛尖的形状类似喀斯喀特（Cascade）文化器物。创造喀斯喀特文化的史前人类那时刚移入美洲。另一种可能就是由于他们和后来的移民通婚，其种族特征因而逐步消失了。