学诚晚出，所凭藉者深，理论更加精纯。其曰：“通者所以通天下之不通也。……汉人以通为标目，梁人以通入史裁。……通史人文，上下千年，然而义例所通，则隔代不嫌合撰”（《释通》）不啻夫子自道。例如《书教》发“记撰注述、圆神方智”之论；《诗教》揭“后世之文体备战国、战国之文源出六艺”之说；《史释》则推明“府史”与“五史”皆守掌故而无异义；《释通》则论证通史之修，有六便、二长、三弊；乃至《原道》阐“道有自然”，“道器合一”、“道始三人居室”之旨；《原学》辨“学问”，“词章”，“义理”之同源；《答客问》论“独断”、“考索”、“比次”之异用，都是学诚深造自得的创见，是真能“深悉古人大体，进窥天地之纯”的议论。至于《古文十弊》之痛下时文针砭，《修志十议》之建立方志体系，更是众所周知的了。
    会通、创例、探赜、索隐，正是“寓诸子于史裁”的著作方法。《史通》、《通志二十略》、《文史通义》诸书，通过具体的实践，在我国文史批评学上达到这样高的水平，不能说不是“诸子”降而为“文集”后，一千多年来罕见的例子。当然，他们的“会通”思想，在史学观点和编纂学上有其进步的一面，但是他们并没有也不可能进而企图探求历史发展的原因以及历史发展的规律，这是时代和阶级的局限，不能强求于古人的。
    （三）尊疑解蔽，实事求是、发扬中国唯物主义的光辉传统
    荀卿“解蔽”，王充“尊疑”，司马论“六家”，刘歆次“七略”，中国学术思想史上这一批判性总结的优秀传统，二千年来，始终没有间断过。刘知几、郑樵、章学诚三人所处时代的学风虽有不同，各人治学范围，也广狭有别，但是这种尊疑批判的人文主义思想和唯物主义的光辉传统，却始终贯穿在他们的全部著作里面。知几早岁即抱有删定旧史（因其旧文，普加厘革）的宏愿，故于旧史的利病得失，了如指掌。自谓“喜述前非”（《自叙》），传称“工诃古人”（《新唐书》），并不过分。例如，他于《疑古》篇批判《尚书》，《惑经》篇批判《春秋》，《申左》篇批判《公》，《谷》，《杂记》篇批判诸史，坚持历史的进化和发展观点，认真对待真理，从不固执成见。虽然他推重断代的《汉书》，却也肯定通古的《史记》，如说“二书互有修短，迭闻得失，而大抵同风，可为连类”（《鉴识》）。《表历》篇虽说：“载诸史传，未见其宜”，尤以班书《人表》为甚；但在《杂说上》，却说“观太史公之创表也，虽燕越万里，而径寸之内犬牙可接；昭穆九代，而方尺之中雁行有序”。其反对二文（天文·艺文）有志，纯从旧史的前后重复着眼，初非一概摒弃；其主别立《氏族》、《都邑》、《方物》三志，则又为郑樵、马端临所采用，浦起龙谓其“爬著痒处”，真是被他道着了。知几批评工作十分细致，不作一往偏至之论。如《载文》篇说，“文以将史，其流一也”，指三史以上言；《覈才》篇又说，“文之与史，较然异辙’，则针对六朝骈体流行后影响史笔而言。又说，“学者若不窥别录，不讨异书，专治周孔之章句，直守迁固之纪传，亦何能自致于此”？纵使“书有非圣，言多不经，学者博闻，盖在择之而已”（《杂述》）。这些都是知几的持平之论。
    郑樵所重，尤在实践。不但主张书本知识要和实践相“参合”，而且还提倡读《图谱》、《金石》，使人们由此多知道一些历史事物的形象。他尝以五六年时间研究天文地理和昆虫草木之学，且与田野农圃中劳动人民相往来，以检验他得之书本的知识。他曾说，“星辰之次舍，日月之往来，非图无以见天之象；山川之纪，夷夏之分，非图无以见地之形。《天官》有书，不可以仰观，《地理》有志，不可以俯察”。推而礼乐音书，车舆器服、昆虫草木，假使不下实践功夫，即“读书百遍，”理也不能“自见”的。后来学诚所说，“古人口耳之学，有非文字所能著者，贵其心领而神会也；至于图象文字，又非口耳之所能授者，贵其目击而道存也。”（《永清县志舆地图序例》）。正是郑说的发挥。郑樵对当时义理词章之学的批判，较之后来章学诚的观点，虽然还未达到“鞭辟向里”的程度，但在当时，他能说“词章虽富如朝霞晚照，徒焜耀人耳目，义理虽深如空谷寻声，靡有底止，二者殊途而同归，是皆从事于语言之末，而非为实学也”，则是十分彻底的见解。
    然而，他们三人也不是没有偏向。刘知几过信《左传》，《申左》篇既驳斥《公》《谷》，揭其五短；又于《鉴识》篇说，“二传理有乖僻，言多鄙野，方诸左氏，不可同年。故知膏肓墨守，乃腐儒之妄述；卖饼太官，诚智士之明鉴也”。则显有偏袒了。郑樵因不慊于班氏断代，乃并其“考迹诗书，推表山川”之《地理志》，亦轻诋为“谬举”；而原本刘歆《七略》的《艺文志》，以班氏故，也“未能平心以求其微旨”，这些都是贤者之蔽；章学诚虽为《申郑》篇，助其张目，但在这些地方，就不为之曲护，《校雠通义，补郑》篇中每多直谅之言，这种“爱而知其丑，憎而知其善”的精神，最为可贵。然而学诚本人的批评戴东原、袁子才，亦未能平心静气，其曰“鄙人所业文史校雠，文史之争义例，校雠之辨源流，……皆不能不驳正古人。……古人差谬，我辈既已明知，岂容为讳？但期于明道非争胜气也”（《与孙渊如观察论学十规》）又不啻为自己辩解了。
    学诚晚出，其受沾溉于刘知几、郑樵之处当为不少；然正如列宁所说，“判断历史的功绩，不是根据历史活动家没有提供现代所要求的东西，而是根据他们比他们的前辈提供了新的东西”（全集第二卷《评新经济浪漫主义》）。知几之于杨雄、王充、刘勰，郑樵之于司马迁、刘知几（曾把他们并称“二良史”），学诚之于刘知几、郑樵二人，其间相互影响，前后映发之处，上面各节已略加点染，而他们突过前人的创造性发挥精神，尤应该予以重视。最后，说到文章风格，乃至谋篇题目、词汇句法，他们三人间的影响，也不是没有针线痕迹可寻的。刘知几沿用《法言》、《文心》，郑樵沿用《史通》的文句，所在多有。学诚忍俊不禁，《言公》篇不避辞赋的文体，《感遇》篇取则杨刘的笔调，正可窥得其中消息。