二
    1907年底，刘师培回国，除与老朋友相会外，还帮助章太炎向清两江总督端方谋款。此时章太炎因和孙中山矛盾日深，对同盟会也日益不满，准备去印度出家为僧，但缺乏路费，遂通过刘师培夫妇与端方联系谋款，为此先后五次致书二人。端方要章太炎去福州鼓山或普陀等地出家，欲把章控制在国内，章坚拒之，事遂不成。刘师培却由此落入端方圈套，加之对革命失望，对孙中山与同盟会不满，以及其它一些因素，遂向端方自首，作《与端方书》，提出十条“弭乱之策”以镇压革命党人（注：《刘师培与端方书》，《洪业论学集》，中华书局1981年版，第130～133页；杨天石、王学庄：《章太炎与端方关系考析》，《南开学报》1978年第6期；曾业英：《章太炎与端方关系补证》，《近代史研究》1979年第1期。）。
    1908年2月，刘师培与何震回到日本东京，表面上仍以革命党人身份继续宣传无政府主义。不久他们与章太炎因事吵翻，还波及苏曼殊。“申叔把曼殊认作傻子，他们夫妇和端方的关系，都不避曼殊面谈讲着。曼殊听了，却把来告诉仲甫。”（注：柳无忌：《苏曼殊及其友人》，《苏曼殊全集》第5册，附录下第21页。）闻知刘师培的言行，陈独秀失望之极，开始疏远刘，两人之交谊走了下坡路。
    1908年11月，刘师培夫妇回国，不久投入端方幕中，先在南京，后随改任直隶总督的端方去天津。1909年秋，陈独秀回国，居杭州，曾在陆军小学堂任地理历史教员。两人虽不在一地，且因政见不同而关系疏远，但友谊并未中绝，还是彼此牵记，书信往来。刘师培曾有一诗记他收到陈独秀信的心情：“天南尺素书，中有瑶华辞。旧好见肝鬲，崇情凛箴规。……秋芳纫荃心，春荣镌留荑。愧无双玉盘，酬子琅玕贻。”（注：刘师培：《得陈仲甫书》，《刘申叔先生遗书》，第1915页。）1911年底，随端方去四川镇压保路运动的刘师培被革命后建立的新政权四川军政府资州军政分府拘留。时任安徽都督府秘书长的陈独秀闻讯后即于1912年初与李光炯等人致电中华民国临时大总统孙中山，希望对刘师培能“矜全曲为宽宥”，“延读书种子之传，俾光汉（刘师培曾用名刘光汉）得以课生著书赎罪。”（注：《临时政府公报》第2号，1912年1月30日。）实际上陈独秀致电时刘师培已被释，并应老友谢无量之请去成都任教于四川国学院。尽管因信息不畅使得此举劳而无功，但亦可见陈独秀对朋友的拳拳之情。1913年夏秋之际，刘师培夫妇离川赴沪，陈独秀也恰于此时因反袁失败逃至上海，两人得以在分别5年后见面，“独秀问他们怎么打算，他太太嚣张的说，要北上找‘袁项城’，使独秀不便说下去。”（注：台静农：《〈早期三十年的教学生活〉读后》，《龙坡杂文》，台湾洪范书店1988年版，第162～163页。）此后刘师培果然北上，先至太原阎锡山处，不久在阎推荐下，到北京投靠袁世凯，1915年加入“筹安会”，为袁世凯复辟帝制张目，直到1916年6月袁死后，才被迫移居天津。与此同时，陈独秀仍坚持他的反袁民主立场，先是在1914年东渡日本，协助章士钊编辑《甲寅杂志》，宣传民主，反对专制；1915年归国后，又在上海创办《新青年》，引发新文化运动。刘、陈二人的政治立场不仅相距极远，而且恰为对立面，在这种情形下，两人几乎没什么来往，友谊跌至低谷。
    三
    1917～1919年间，陈独秀与刘师培再度共事，这次是同在新文化运动的摇篮北京大学任教。两人虽在文化见解上差异甚大，但道不同仍相与谋，友谊进入新阶段，也是最后的阶段。
    1917年初，蔡元培出任北京大学校长，随即援引陈独秀任北大文科学长。陈就职后，将《新青年》迁至北京。不久陈向蔡元培推荐刘师培来北大任教。据与晚年陈独秀来往密切的台静农说：“关于申叔之入北大教授，据我听到的，还是陈独秀先生的意思。当袁世凯垮台后，独秀去看他，借住在庙里，身体羸弱，情形甚是狼狈。问他愿不愿教书，他表示教书可以，不过目前身体太坏，需要短期休养。于是独秀跟蔡先生说，蔡先生也就同意了。”（注：台静农：《〈早期三十年的教学生活〉读后》。）
    在北大，刘师培任中国文学门教授，为一年级学生开“中国文学”课，为二年级学生开“中国文学”和“中国古代文学史”两门课（注：《北京大学日刊》1917年11月29日。），同时做国文研究所“文”与“文学史”两个方向的指导教师。“君是时病瘵已深，不能高声讲演，然所编讲义，元元本本，甚为学生所欢迎。”（注：蔡元培：《刘君申叔事略》，《刘申叔先生遗书》第18页。）另外，当由国史馆改制而成的国史编纂处归并北大后，他又被聘为国史纂辑员，而陈独秀则以文科学长兼任纂辑股主任。不久两人又共同参加了蔡元培发起组织的进德会，并在1918年6月1日当选为该会评议员（注：《北京大学日刊》1918年6月3日。）。
    此时的北大，正处在新文化运动的高潮中，陈独秀、胡适等人以《新青年》为阵地，力倡新文化、新思想、新道德。与此同时，蔡元培校长本着“兼容并包”的治校方针，一些所谓旧派人物也被延揽在校讲授他们的思想与学说。在这方面，陈独秀亦有蔡元培之风，尽管鼓吹新文学不遗余力，但在校内对两派教授，“则一视同仁，不作左右袒。”（注：陈觉玄：《陈独秀先生印象记》，《大学》第1卷第9期，1942年9月。）他在致胡适的一封信中说道：“北京大学教员中，像崔怀庆（适）、辜汤生（鸿铭）、刘申叔（师培）、黄秀刚（侃）四位先生，思想虽然旧一点，但是他们都有专门的学问，和那班冒充古文家、剧评家的人不可同时而语。”（注：转引自杜学文：《从刘师培的另一面引起的话题》，《黄河》1999年第6期。）可见陈独秀对刘师培等人的学识是相当认可的，并不因思想观点的不同而有所歧视。
    在刘师培这边，虽所秉持之文学观念（以骈文为文体之正宗）与陈独秀倡导的白话文截然相异，但并非象林纾等顽固派人士那样攻击陈之主张，而且在守旧师生拥戴下于1919年1月出任《国故》月刊总编后，仍未对新文化加以指责，只是本着其一贯立场，“以昌明中国固有之学术为宗旨”（注：《本社记事录》，《国故》第1期，1919年3月20日。），专门发表研究古典学术之作。1919年3月18日，北洋政府安福系的喉舌《公言报》发表《请看北京学界思潮变迁之近状》，称陈独秀、刘师培分别为新派、旧派首领，两派各组织了《新潮》、《国故》杂志。“二派杂志，旗鼓相当，互相急辩，当亦有裨于文化。第不言忘其辩论之范围，纯任意气，各以恶声相报复耳。”这篇报道遭到《国故》月刊社和刘师培的驳斥，刘在致《公言报》函中说：“读十八日贵报《北京学界思潮变迁》一则，多与事实不符。鄙人虽主大学讲席，然抱疾岁余，闭关谢客，于校中教员素鲜接洽，安有结合之事？又《国故》月刊由文科学员发起，虽以保存国粹为宗旨，亦非与《新潮》诸杂志互相争辩也。祈即查照更正，是为至荷！”（注：《北京大学日刊》1919年3月24日。）可见在刘师培眼里，提倡国故，“保存国粹”，并不意味着排斥新思潮，两者可并行不悖。这就象他与陈独秀的关系，道不同仍相与谋，而且私底下，“两人感情极笃，背后也互相尊重，绝无间言”（注：陈觉玄：《陈独秀先生印象记》。）。当陈独秀1919年6月11日因公开散发《北京市民宣言》被捕后，刘师培迅即与马叙伦、马寅初等几十位教授联名致函京师警察厅，要求将其释放（注：参见唐宝林、林茂生：《陈独秀年谱》第102页。），此亦可见二人之关系。
    1919年11月20日，刘师培因病去世。12月3日，在妙光阁出殡、公祭，“丧事由陈独秀先生主持”（注：杨亮功：《早期三十年的教学生活》，《杨亮功先生丛著》，台湾商务印书馆1988年版，第661页。）。翌年3月，陈独秀又派刘师培之弟子刘文典等人将其灵柩送回扬州安葬。而且“申叔死后，他的太太何震发了神经病，时到北大门前喊叫，找蔡先生，找陈独秀。后来由独秀安排，请申叔的弟子刘叔雅（文典）将她送回扬州。”（注：台静农：《〈早期三十年的教学生活〉读后》。）这样，从1903年相识到1919年刘师培去世，十六年来陈刘之间的友谊尽管中经波折，亦可谓善始善终。